| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,282,421 | A→C | 6.2% | intergenic (+439/+101) | narI → / ← rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,282,421 | 0 | A | C | 6.2% | 1048.7 / 5.9 | 495 | intergenic (+439/+101) | narI/rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (176/268); new base C (32/9); total (215/280) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 508 total aligned reads displayed.
GAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGA > CP009273/1282355‑1282488 | gAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGGTGAc > 1:37065661/1‑68 (MQ=18)gAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGAc > 1:38399009/1‑68 (MQ=33)gAAGGATTACTCAGCGCAGCGCGCTTAGCCCTTCCGGTCGTTGCCGGCGGCAACGCTCTCTCGCTGAc > 1:12183626/1‑68 (MQ=11) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGAc > 1:22856156/1‑66 (MQ=33) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACg < 1:2800169/67‑1 (MQ=35) aGGATTACTCAGCGCGGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACg < 1:15479708/67‑1 (MQ=25) gATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTc > 1:1848183/1‑68 (MQ=35) aTTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCg > 1:7478643/1‑68 (MQ=35) aTTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCATCGGGGCGTTGCCGGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGcgc > 1:35299121/1‑65 (MQ=11) tACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAg < 1:29056876/68‑1 (MQ=35) tACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAg < 1:3770167/68‑1 (MQ=35) tACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAg < 1:33441692/68‑1 (MQ=35) aCTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGc < 1:5561061/68‑1 (MQ=37) cTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGcc < 1:33160729/68‑1 (MQ=39) tCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGcc > 1:23661952/1‑67 (MQ=18) tCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGCCg > 1:19935504/1‑68 (MQ=25) tCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGcc > 1:25934214/1‑67 (MQ=39) tCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg > 1:13795075/1‑68 (MQ=40) tCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg > 1:7110344/1‑68 (MQ=40) cAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGa < 1:32390943/68‑1 (MQ=40) cAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGa > 1:17234273/1‑68 (MQ=40) cAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGa < 1:26729/68‑1 (MQ=40) cAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGa < 1:30022089/68‑1 (MQ=40) gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGaa > 1:22296006/1‑67 (MQ=40) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGCCGAACCt > 1:10870392/1‑68 (MQ=25) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGCCGAACCt > 1:21087156/1‑68 (MQ=25) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAAc < 1:20330881/66‑1 (MQ=40) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAAc < 1:11174925/66‑1 (MQ=40) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAAc < 1:18016478/66‑1 (MQ=40) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCt > 1:24719850/1‑68 (MQ=40) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCt > 1:10465128/1‑68 (MQ=40) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCt > 1:29136083/1‑68 (MQ=40) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCt > 1:125980/1‑68 (MQ=40) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCt > 1:25717282/1‑68 (MQ=40) gcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCt > 1:38658600/1‑68 (MQ=40) gcgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAg < 1:31362635/68‑1 (MQ=255) gcgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAg < 1:6491797/68‑1 (MQ=255) gcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGCGCCGCTCCTTAGTc > 1:35137942/1‑68 (MQ=14) gcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTc > 1:38867045/1‑68 (MQ=255) gcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGACACGAACCTTAGTCGa > 1:4475018/1‑68 (MQ=255) cTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTTGTCGaa > 1:8049843/1‑68 (MQ=255) tCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa > 1:34297095/1‑66 (MQ=255) cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCt < 1:16425789/68‑1 (MQ=255) cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCt < 1:24056486/68‑1 (MQ=255) cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCt < 1:36132115/68‑1 (MQ=255) cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCt < 1:19220779/68‑1 (MQ=255) cGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCt < 1:4006775/68‑1 (MQ=255) gCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCtt < 1:20893675/68‑1 (MQ=255) cccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCttg > 1:25389178/1‑67 (MQ=255) cccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCACGCTGCCGCTCGCGCCGGCCCTTAGTCGAAggg > 1:15893810/1‑64 (MQ=14) ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTtc < 1:9627263/67‑1 (MQ=255) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGCCGCACCTTAGTCGAAGCTTCTCa > 1:18905281/1‑67 (MQ=255) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAt < 1:36529907/68‑1 (MQ=255) tCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCAt < 1:33875924/68‑1 (MQ=255) gTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCt < 1:31780612/67‑1 (MQ=255) gTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCt < 1:32573383/67‑1 (MQ=255) tCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCTTCCtt > 1:2688409/1‑67 (MQ=255) tGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCg < 1:16626938/68‑1 (MQ=255) tGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCg < 1:26519889/68‑1 (MQ=255) tGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCg < 1:13022589/68‑1 (MQ=255) ggCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCTAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCg < 1:23188041/67‑1 (MQ=14) ccTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCa > 1:5729972/1‑68 (MQ=255) ccTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCGCGAGCCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTcctg > 1:6783056/1‑63 (MQ=11) cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCa < 1:20620154/67‑1 (MQ=255) tGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATg < 1:14587551/68‑1 (MQ=255) gCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATgg < 1:16885226/68‑1 (MQ=255) gCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATgg < 1:17713287/68‑1 (MQ=255) cGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATgg > 1:35765265/1‑67 (MQ=255) ggCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:37935983/67‑1 (MQ=255) ggCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:25023213/67‑1 (MQ=255) ggCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:6139059/67‑1 (MQ=255) ggCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:4840618/67‑1 (MQ=255) ggCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGc < 1:7281826/68‑1 (MQ=255) ggCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGc < 1:21504280/68‑1 (MQ=255) aaCGCTCTCTCGCTGACGCTCTAGCCGAACCTTAGTCTAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGa < 1:28568544/68‑1 (MQ=14) aaCGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGa < 1:27699873/68‑1 (MQ=255) aaCGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGa < 1:29354323/68‑1 (MQ=255) aaCGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGa < 1:21217169/68‑1 (MQ=255) aaCGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGa < 1:22078272/68‑1 (MQ=255) aaCGCTCTCTCGCTGACGCGCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGa < 1:34796608/68‑1 (MQ=255) aCGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGaa < 1:8646687/68‑1 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGACGCTCTAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAat < 1:16175398/68‑1 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAat < 1:9307757/68‑1 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAat < 1:10079401/68‑1 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAat < 1:11748862/68‑1 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAat < 1:36813382/68‑1 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAat < 1:21820618/68‑1 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAat < 1:34585333/68‑1 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAat < 1:30504642/68‑1 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAat < 1:27175826/68‑1 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAat < 1:29653805/68‑1 (MQ=255) tctctcGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAatat < 1:19320748/67‑1 (MQ=255) tctctcGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAatat < 1:31076837/67‑1 (MQ=255) cGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGTCAGAATATTTGAtt > 1:33355947/1‑68 (MQ=255) cGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGAtt < 1:38153098/68‑1 (MQ=255) gCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGAtt > 1:30773485/1‑67 (MQ=255) tGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGc < 1:11088441/67‑1 (MQ=255) tGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCg > 1:4256539/1‑68 (MQ=255) aCGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGa > 1:24368957/1‑68 (MQ=255) aCGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGa > 1:8417492/1‑68 (MQ=255) | GAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGA > CP009273/1282355‑1282488 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |