| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 66,726 | T→C | 85.4% | intergenic (‑194/‑148) | araD ← / → araC | pseudogene, truncated/ara regulon transcriptional activator; autorepressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 66,726 | 0 | T | C | 85.4% | 8468.0 / inf | 3206 | intergenic (‑194/‑148) | araD/araC | pseudogene, truncated/ara regulon transcriptional activator; autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (217/250); new base C (1198/1536); total (1417/1789) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 3220 total aligned reads displayed.
GCAAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCC > CP009273/66659‑66793 | aataatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTg > 1:31365235/1‑68 (MQ=255) aataatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTg > 1:17321409/1‑68 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTgg > 1:27222051/1‑67 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTgg > 1:25150313/1‑67 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTgg > 1:23969755/1‑67 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTgg > 1:2753399/1‑67 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGt < 1:29290966/68‑1 (MQ=255) tCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTccc > 1:27863539/1‑68 (MQ=255) tCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTccc > 1:22432176/1‑68 (MQ=255) tCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTccc > 1:26238410/1‑68 (MQ=255) tCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTccc > 1:15624713/1‑68 (MQ=255) tCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTccc > 1:26964974/1‑68 (MQ=255) tCAAGGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCAGGGCCTTGGTccc > 1:8528785/1‑68 (MQ=255) cAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCg < 1:17612453/68‑1 (MQ=255) aTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCt < 1:14638353/68‑1 (MQ=255) aTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCt < 1:8795578/68‑1 (MQ=255) aTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCt < 1:17002806/68‑1 (MQ=255) tgtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCtt > 1:5961060/1‑68 (MQ=255) tgtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCtt > 1:24805321/1‑68 (MQ=255) tgtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCtt > 1:37212158/1‑68 (MQ=255) tgtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCtt > 1:38598186/1‑68 (MQ=255) tgtgGACTTTTCTGCCGCGAGTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCtt < 1:31678244/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCt < 1:38397868/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCttt < 1:28098182/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCttt < 1:23167930/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCttt > 1:33621992/1‑68 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:28990711/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:31006897/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:11237422/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:13783876/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:37998481/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:4853224/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:20309267/68‑1 (MQ=255) tgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTg > 1:34917323/1‑68 (MQ=255) ggACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGt < 1:32475801/68‑1 (MQ=255) ggACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGt < 1:7385021/68‑1 (MQ=255) ggACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGt < 1:29858394/68‑1 (MQ=255) ggACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGt < 1:14238709/68‑1 (MQ=255) ggACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGt < 1:38957897/68‑1 (MQ=255) ggACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGt < 1:18562645/68‑1 (MQ=255) ggACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGt < 1:18290010/68‑1 (MQ=255) ggACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGt < 1:1788658/68‑1 (MQ=255) gACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGtt > 1:19171584/1‑68 (MQ=255) aCTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGtt < 1:10047538/67‑1 (MQ=255) aCTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GGTACGCGTTTTTGTCTTGGCTTTCGTCCCGCTTTGtt > 1:34005597/1‑67 (MQ=255) cTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTaa > 1:14899081/1‑67 (MQ=255) cTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTAc < 1:12978933/68‑1 (MQ=255) cTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTAc > 1:922774/1‑68 (MQ=255) ttttCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACa > 1:19901300/1‑68 (MQ=255) tttCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCTTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAg < 1:4166890/68‑1 (MQ=255) ttCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGa < 1:10442678/68‑1 (MQ=255) ttCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGa < 1:5662058/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:25875867/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAAt > 1:21533033/1‑66 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:35314673/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:34320675/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:32825803/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:23588110/68‑1 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTT‑‑GTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtt > 1:21818922/1‑68 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTT‑‑GTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCt < 1:11854095/67‑1 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTT‑‑GTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCt < 1:22123762/67‑1 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTCCGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCt < 1:7014198/67‑1 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtt > 1:36861670/1‑68 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtt > 1:663765/1‑68 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCt < 1:30548157/67‑1 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCt < 1:16348682/67‑1 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGACCCGCTTTGTTACAGAATGCtt > 1:15965166/1‑68 (MQ=255) gTGATTATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCttt < 1:9635191/68‑1 (MQ=255) ttATAGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaat > 1:30203569/1‑68 (MQ=255) ataGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaataa < 1:36200383/68‑1 (MQ=255) aGACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGc > 1:11583535/1‑68 (MQ=255) gACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCg > 1:12155452/1‑68 (MQ=255) gACACTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCg > 1:35891408/1‑68 (MQ=255) acacTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:320264/1‑68 (MQ=255) acacTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:26639767/1‑68 (MQ=255) acacTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:5348921/1‑68 (MQ=255) cacTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCggg < 1:36575978/68‑1 (MQ=255) acTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgggg < 1:29632027/68‑1 (MQ=255) acTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgggg < 1:25472434/68‑1 (MQ=255) acTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgggg < 1:35638921/68‑1 (MQ=255) acTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgggg < 1:15253152/68‑1 (MQ=255) cTTTT‑‑GCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGt < 1:19587678/68‑1 (MQ=255) gctACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCg > 1:8139675/3‑68 (MQ=255) gTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCg > 1:21102218/1‑68 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGt > 1:3767749/1‑68 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCgg < 1:24391398/67‑1 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCgg < 1:22902194/67‑1 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCgg < 1:630333/67‑1 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGt > 1:34666497/1‑68 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGt > 1:1262626/1‑68 (MQ=255) ggttttGTCATGACCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGGTTGGt < 1:28381604/66‑1 (MQ=255) tttGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAg < 1:28665115/68‑1 (MQ=255) tGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCg < 1:3323788/68‑1 (MQ=255) gTCATGGCCTTGGTCCCGCTTAGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCga > 1:10809927/1‑68 (MQ=255) cATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCgaga > 1:4486634/1‑68 (MQ=255) aTGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGagaa < 1:16689107/68‑1 (MQ=255) ggCTTTGGGCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGagaaga < 1:7794550/68‑1 (MQ=255) ggCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGagaaga < 1:13402554/68‑1 (MQ=255) ggCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGagaaga < 1:1883175/68‑1 (MQ=255) cTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAagag < 1:20703242/67‑1 (MQ=255) | GCAAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTT‑‑GTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCC > CP009273/66659‑66793 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |