| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,991,405 | A→C | 9.7% | P21P (CCA→CCC) | uvrD → | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,991,405 | 0 | A | C | 9.7% | 1854.3 / 35.0 | 679 | P21P (CCA→CCC) | uvrD | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (222/377); new base C (74/6); total (296/383) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-22 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 689 total aligned reads displayed.
GCCAATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCG > CP009273/3991339‑3991472 | cAATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACg < 1:23439676/67‑1 (MQ=255) cAATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACg < 1:26995369/67‑1 (MQ=255) cAATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCACgc > 1:8726501/1‑68 (MQ=255) aaTGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACCGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgca < 1:31296375/68‑1 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCgccg > 1:200587/1‑65 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcagc > 1:38539445/1‑68 (MQ=255) gACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcagcc > 1:23812747/1‑66 (MQ=255) aCGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCATCaa > 1:7235777/1‑67 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCAAcc > 1:5374002/1‑68 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:11776136/67‑1 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:36859203/67‑1 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:33354467/67‑1 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:16986685/67‑1 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:29776800/67‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:19466429/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:27783922/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:15729416/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:31477569/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:3223297/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:12039588/68‑1 (MQ=255) ctcatcaaccaggcgatacgatgcaccagtacgcgcgtcttaccacagcCCGCCCCACGCCGCCaccg < 1:39093701‑M1/19‑2 (MQ=255) cTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTg < 1:6579454/68‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:28495485/68‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:12734781/68‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:4207479/68‑1 (MQ=255) aCCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCCACCATCTTGt > 1:10182145/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCAACCGTCTGGTgg > 1:31947409/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCCACCTTgtggtgg > 1:10908324/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCGGGt > 1:12434695/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAAACGTCTGGt > 1:35332892/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCCGAAACCTTATggg > 1:1528976/1‑65 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGt > 1:19738775/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGt > 1:17258521/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGt > 1:38260487/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAACGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCCACCTTCTGGTGc > 1:25882341/1‑68 (MQ=255) aCAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTGTGGTGCTggcgggc > 1:37746100/1‑68 (MQ=255) aGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCACCCCGCAACCTTCTGGTTCTcgcgggaga > 1:34956437/1‑65 (MQ=255) cTTAATGCCAACCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcggg < 1:30123261/68‑1 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcggg < 1:3164802/68‑1 (MQ=255) aTGACAACCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:23136322/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACCGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:24821121/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGACGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCGGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:13113490/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:36215557/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:15957435/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:19171482/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:17529939/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:21514385/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:26299627/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:33037085/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:13445656/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:11416824/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:33888904/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGGGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:18925866/68‑1 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCACCAACCGTCTGGTGGTGGCGGGCCCGGGCAGTg > 1:622281/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:20267900/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:8960628/1‑68 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:22123988/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:18015587/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:3046000/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:14085760/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:37169266/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:9404675/68‑1 (MQ=255) aaCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:35683572/1‑68 (MQ=255) gcgcgtcttaccactgcCCGCGCCCCGCCGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGGAAg < 1:21870538‑M1/50‑1 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCCGCAACCGTGGGGTGCGGGCGGGCGCGGGCAGGGGTAAg > 1:24470578/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCCACCGTCTGGGGGTGGCGGGGGCGGGCAGGGGTAAg > 1:13775130/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCAACCGGCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:14939071/1‑67 (MQ=38) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCCACCTTGTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:6896904/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCCACCGGGTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGGAAg > 1:20518429/1‑67 (MQ=37) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTGTGGTGCTGGCGGGCGCGGGGAGTGGTAAg > 1:7751838/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGGAGTGGTTAg > 1:36544997/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:22504235/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:32678018/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCCCGCCCCGCAGCAACCATGTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCCGTGGTAAg > 1:29556847/1‑67 (MQ=37) aGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAc > 1:20866508/1‑67 (MQ=255) gcgcAGCGGGGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGGGGTAAGAcg < 1:16709246/65‑1 (MQ=38) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:26845348/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:25598450/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:18576131/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgc < 1:5923369/66‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcg < 1:25126371/65‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGGGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcg < 1:29151580/65‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:5137013/67‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:28088339/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:27244946/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:8256347/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:10476936/68‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:32455088/68‑1 (MQ=255) actgcCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCTGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:37508263‑M1/63‑1 (MQ=255) actgcCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:30869650‑M1/63‑1 (MQ=255) actgcCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:3429056‑M1/63‑1 (MQ=255) tgcCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGTGGTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGt < 1:26459119‑M1/64‑1 (MQ=255) tGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGt < 1:14422947/67‑1 (MQ=255) ggCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGc < 1:24028041/68‑1 (MQ=255) ggCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGc < 1:18323357/68‑1 (MQ=255) cCCGCGCCACGCCGCAACCTTCTGGGGCTGGCGGGCGGGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCa < 1:27451755‑M1/67‑1 (MQ=255) CCGCGCCACGCCGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGGGCGTACTGGTGCa < 1:28912199‑M1/67‑1 (MQ=255) CCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGCCGCGCGTACTGGTGCa < 1:37344677‑M1/67‑1 (MQ=255) CGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATc > 1:5709717‑M1/1‑68 (MQ=255) GCCACGCAGCAACCTTCTGGGGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGt > 1:38855333‑M1/1‑67 (MQ=255) | GCCAATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCG > CP009273/3991339‑3991472 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |