Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,991,409 | A→C | 6.8% | S23R (AGC→CGC) | uvrD → | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,991,409 | 0 | A | C | 6.8% | 1845.1 / 15.6 | 637 | S23R (AGC→CGC) | uvrD | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (214/366); new base C (50/6); total (264/373) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.19e-15 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 679 total aligned reads displayed.
AATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCC > CP009273/3991342‑3991474 | tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcagc > 1:22318528/1‑68 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcagc < 1:32082955/68‑1 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcagc < 1:31372691/68‑1 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCACgcagc > 1:3981695/1‑68 (MQ=255) cgcttcttcCCTGCCCGCCAGCCGTCATGACAAACCGCGCCACGCGGTGTCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:33796939/64‑1 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAcc < 1:11948409/68‑1 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:122837/67‑1 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:75276/67‑1 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:20656112/67‑1 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:7062693/67‑1 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:16986685/67‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:35280679/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:19466429/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:21709597/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:26079277/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:15729416/68‑1 (MQ=255) ttCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCtt < 1:11630561/67‑1 (MQ=255) tCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAAccg > 1:13360645/1‑64 (MQ=255) tCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCAACCt > 1:32290175/1‑65 (MQ=255) cTTACATGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTg < 1:31509762/68‑1 (MQ=255) ttACCTGCGCGCCAGCCTTAATGCCACACCGCGCGCAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTg < 1:12609631/67‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:2663910/68‑1 (MQ=255) aCCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCCACCATCTTGt > 1:10182145/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGCCAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:5249946/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCCACCTTgtggtgg > 1:10908324/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGt > 1:28782733/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGt > 1:2763791/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCGTCTGGt > 1:30604258/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCCGAAACCTTATggg > 1:1528976/1‑65 (MQ=255) 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ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAACCTTCTGGt > 1:21977900/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCCCGCAGCAACCGTCTGGTGc > 1:30012914/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCCCCCCGCAACCTTGTGGt > 1:36195088/1‑66 (MQ=255) gACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTggcggg < 1:37471573/68‑1 (MQ=255) aGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgc > 1:149246/1‑68 (MQ=255) aGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCGGGTGCTGgcgggcgc > 1:39024370/1‑68 (MQ=255) aGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGTGCTGgcgggcgc > 1:18545353/1‑68 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGACGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTggcgggcg < 1:29662110/64‑1 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTggcgggcg < 1:34198973/64‑1 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcgg < 1:23654846/67‑1 (MQ=255) cTTAATCCCAAACACCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGAGCTGgcgggcgcg < 1:25473402/66‑1 (MQ=255) aTGCCAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:26444240/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGACGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:33310155/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:29314755/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:15957435/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:36497375/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:24611124/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:22565805/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:17529939/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:38618739/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCCCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:28384842/68‑1 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg < 1:21027753/68‑1 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGCGCAGTg > 1:5822490/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAAACTTATGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:656517/1‑68 (MQ=39) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCGGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg > 1:8955631/1‑68 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:36828800/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:9404675/68‑1 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTTCTGGCGGGCGCGGGCAGGGGTAAg > 1:32723971/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:27159118/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGa < 1:13674244/68‑1 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:17273357/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCAAGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:25767534/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCCCCCCCCCCAGCAACCGTCTGGTGGGGGCGGGCGCGGGCAGGGGTAAg > 1:37945652/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCCCCCCACCCAGCAACCGTCGGGTGCAGGCGGGCGCGGGCACTGGTAAg > 1:28039405/1‑67 (MQ=255) cAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAACGTCGGGTTCGGGCGGGGCCCGGCAGGGTTAAGa > 1:8559220/1‑67 (MQ=255) accgcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcg < 1:8236221/66‑1 (MQ=255) aGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGGGGGAAGAc > 1:23249739/1‑67 (MQ=38) gcgcAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcg < 1:24860174/65‑1 (MQ=255) gcgcAGCGGGGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGGGGTAAGAcg < 1:16709246/65‑1 (MQ=38) cgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:31729479/55‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:29081389/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:30169567/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:19138931/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:1439934/68‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:10476936/68‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:33003821/68‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGGGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:31044235/66‑1 (MQ=255) actgcCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:12995470‑M1/63‑1 (MQ=255) actgcCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:448256‑M1/63‑1 (MQ=255) tgcCCGCGCCACGCAGCACCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGGGGTTAGGCGCGCGTACTGGt < 1:6864297‑M1/64‑1 (MQ=255) tGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGt < 1:35667552/67‑1 (MQ=255) gCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGc < 1:27402088/67‑1 (MQ=255) CCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGGGCGGGGAGTGGTAAGACGCGCGTAATGGTGCa < 1:20169109‑M1/67‑1 (MQ=255) CCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCAt < 1:26931111‑M1/68‑1 (MQ=255) CGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCAt > 1:20302218‑M1/1‑67 (MQ=255) CACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATc > 1:32551590‑M1/1‑68 (MQ=255) aCGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCg < 1:18788803/68‑1 (MQ=255) cGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATctc < 1:37285968/68‑3 (MQ=255) cGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGc < 1:11401597/68‑1 (MQ=255) gcagcaACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGcc < 1:18001932/68‑1 (MQ=255) gcagcaACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGcc < 1:24318558/68‑1 (MQ=255) | AATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCC > CP009273/3991342‑3991474 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |