Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,991,416 | T→G | 10.9% | L25R (CTT→CGT) | uvrD → | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,991,416 | 0 | T | G | 10.9% | 1732.6 / 34.2 | 683 | L25R (CTT→CGT) | uvrD | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (186/394); new base G (66/11); total (278/405) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.32e-20 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 707 total aligned reads displayed.
GTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTTGAT > CP009273/3991349‑3991482 | gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:19763043/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:21709597/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:31477569/68‑1 (MQ=255) tCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCAACCt > 1:32290175/1‑65 (MQ=255) cTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTg < 1:6579454/68‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:4207479/68‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:12734781/68‑1 (MQ=255) aCCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCCACCATCTTGt > 1:10182145/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCAACCGTCTGGTgg > 1:31947409/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCCACCTTgtggtgg > 1:10908324/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGt > 1:28782733/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGt > 1:33404391/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCGGGt > 1:12434695/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCAACCTTATGGt > 1:37547845/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGGACCCTTGTgggtg > 1:8913686/1‑65 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:18264887/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTACTGGt > 1:6956548/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGt > 1:21401261/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCCGCAACCGTATGGt > 1:1534918/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCCCGAACCCTCTGGTGc > 1:34868991/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAACCTTGTGGt > 1:35260232/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCCCGCAGCAACCGTCTGGTGc > 1:30012914/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCCCGCACCAACCATCTGGt > 1:27196597/1‑66 (MQ=255) gACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTggcggg < 1:1346515/68‑1 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcggg < 1:11384521/68‑1 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcggg < 1:3164802/68‑1 (MQ=255) aaTGACAAACAGCGCGAAGCGGGGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAg < 1:29669131/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACCGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:24821121/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:36215557/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:26299627/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:7980519/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:39042881/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:38618739/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:20193293/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:17133490/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:33037085/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:36497375/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:18447818/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCCGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:27730817/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCCCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:28384842/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACACCGCGAAGCGGTGGCCGCCACACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:9268175/68‑1 (MQ=38) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCCACCTTCTGGTGGTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:2381570/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCACCAACCGTCTGGTGGTGGCGGGCCCGGGCAGTg > 1:622281/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCAGCACCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAggg > 1:20824862/1‑66 (MQ=38) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:30961568/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:25920032/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCCCCCCGCAACCATCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:10601621/1‑68 (MQ=37) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:37169266/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:19494611/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:22537810/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGCCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:38313856/68‑1 (MQ=255) aaaCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTaa > 1:16805791/1‑68 (MQ=255) aaCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:37338208/1‑68 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCGTGTGGTGCTGGCGGGCGCGGGGAGTGGGAAg > 1:26467439/1‑67 (MQ=37) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCCGCAACCGTGGGGTGCGGGCGGGCGCGGGCAGGGGTAAg > 1:24470578/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCAGCAACCGTATGGTGCGGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:20440262/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCAACCGGCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:14939071/1‑67 (MQ=38) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:36856942/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTTAg > 1:23457372/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCAACCAGCACCCTTCTGGTGCTGGGCGGCGCCGGGAGTGGTaaa > 1:26960448/1‑66 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCCCCCCCCCCAGCAACCGTCTGGTGGGGGCGGGCGCGGGCAGGGGTAAg > 1:37945652/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCCCCCCACCCAGCAACCGTCGGGTGCAGGCGGGCGCGGGCACTGGTAAg > 1:28039405/1‑67 (MQ=255) gcgACGCGGGGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:30461724/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc > 1:22203504/1‑68 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgc < 1:5923369/66‑1 (MQ=255) aaGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:25161425/68‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:21929128/67‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:33736137/67‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:5137013/67‑1 (MQ=255) gCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTTAGACGCGCGt > 1:17656524/1‑65 (MQ=255) ccactgcCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAG‑‑GTAAGACGCGCGTACTgg < 1:16179458‑M1/61‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:29081389/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:14089183/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:19138931/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:34136981/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:8349727/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:5351653/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:30169567/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:15778623/68‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:24060874/68‑1 (MQ=255) actgcCCGCGCCACGCAGCACCCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGGGGGAAGCCGCGCGGACTgg < 1:27440821‑M1/63‑1 (MQ=255) actgcCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:35436979‑M1/63‑1 (MQ=255) actgcCCGCGCCACGCAGCAACCGGCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:29397647‑M1/63‑1 (MQ=255) tGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGt < 1:14422947/67‑1 (MQ=255) ggCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGc < 1:25715626/68‑1 (MQ=255) CGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATc > 1:5709717‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCg > 1:18703981‑M1/1‑68 (MQ=255) GCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGt > 1:17409214‑M1/1‑67 (MQ=255) CACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATc > 1:32551590‑M1/1‑68 (MQ=255) aCGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCg < 1:7316931/68‑1 (MQ=255) gcagcaACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGcc < 1:18001932/68‑1 (MQ=255) cagcaACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCg > 1:32732733/1‑65 (MQ=255) gcaACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTgg > 1:23104719/1‑68 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTg < 1:35887193/65‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTg < 1:31337686/65‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:1386848/67‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:13151292/67‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:11594638/67‑1 (MQ=255) aCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTtg > 1:26770635/1‑68 (MQ=255) aCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTtg > 1:11982420/1‑68 (MQ=255) | GTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTTGAT > CP009273/3991349‑3991482 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |