| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,106,586 | G→T | 100% | R189S (CGT→AGT) | glpK ← | glycerol kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,106,586 | 0 | G | T | 98.7% | 2740.4 / 12.3 | 715 | R189S (CGT→AGT) | glpK | glycerol kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/2); new base T (390/315); total (398/317) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 716 total aligned reads displayed.
ATATCCAGCACTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACGAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATAAGCCACGTA > CP009273/4106522‑4106650 | atatCCAGCACTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACtag < 1:20518539/67‑1 (MQ=255) cAGCACTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGt > 1:18669343/1‑68 (MQ=255) cAGCACTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGt > 1:33013023/1‑68 (MQ=255) cAGCACTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGCATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGt > 1:15977004/1‑68 (MQ=255) cAGCACTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGCTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGt > 1:11068903/1‑68 (MQ=255) cAGCACTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCAAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGt > 1:11544866/1‑68 (MQ=255) gCACTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTg > 1:28206472/1‑68 (MQ=255) gCACTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTg > 1:5126761/1‑68 (MQ=255) tcTTCCAGCATTTTGTCGTCGCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAAGATGGTACTAGAGGCGTTgg < 1:8917907/66‑1 (MQ=255) aCTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTgg < 1:23961959/67‑1 (MQ=255) aCTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTgg < 1:16614790/67‑1 (MQ=255) aCTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTgg < 1:37871086/67‑1 (MQ=255) aCTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTgg < 1:38702307/67‑1 (MQ=255) aCTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTgg < 1:33477544/67‑1 (MQ=255) aCTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTgg < 1:3266423/67‑1 (MQ=255) aCTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGgt > 1:14646962/1‑68 (MQ=255) aCTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGgt > 1:22784746/1‑68 (MQ=255) aCTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGgt < 1:27417641/68‑1 (MQ=255) aCTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGgt > 1:27648266/1‑68 (MQ=255) aCTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGgt > 1:17059537/1‑68 (MQ=255) cTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGgtg < 1:9347285/68‑1 (MQ=255) gCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCg > 1:30796264/1‑68 (MQ=255) aTTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGt < 1:19394126/68‑1 (MQ=255) aTTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGt < 1:19828911/68‑1 (MQ=255) tGTCGTCCCTGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTcaca < 1:21964499/68‑1 (MQ=255) tGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTcaca < 1:12785827/68‑1 (MQ=255) cgtcCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATgg > 1:12495459/1‑68 (MQ=255) cccAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGac < 1:37267402/67‑1 (MQ=255) ccAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGacac > 1:3596784/1‑68 (MQ=255) gcAGGGTATGGATGTTGAACAAAATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc < 1:1630814/65‑1 (MQ=255) ccAGGGTTTGGATGTTGAACAACGTGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc < 1:13172041/66‑1 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACgg < 1:21489940/65‑1 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc < 1:27019235/66‑1 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc < 1:25137301/66‑1 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc < 1:25525167/66‑1 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc < 1:13549505/66‑1 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc < 1:23848162/66‑1 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc < 1:27993601/66‑1 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc > 1:8195972/1‑66 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc < 1:29140864/66‑1 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc < 1:29654080/66‑1 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc > 1:33897932/1‑66 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc < 1:38185401/66‑1 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc < 1:21286492/66‑1 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc < 1:37662295/66‑1 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc < 1:18333221/66‑1 (MQ=255) ccAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACGAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGc < 1:24383147/66‑1 (MQ=255) gggTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGa > 1:24750307/1‑68 (MQ=255) ggTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAg > 1:4259345/1‑68 (MQ=255) gTATGGATGTTGATCAACATCGTACTAGAGGCGTTCGTGTAATCGGTCACATGGACACCGCCCTGAg > 1:30002450/1‑67 (MQ=255) gTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGa < 1:16855476/66‑1 (MQ=255) gTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAg > 1:3917885/1‑67 (MQ=255) gTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAg > 1:34484112/1‑67 (MQ=255) gTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAg > 1:35044257/1‑67 (MQ=255) gTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAg > 1:7240060/1‑67 (MQ=255) gTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAg > 1:9604986/1‑67 (MQ=255) gTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAg > 1:36765989/1‑67 (MQ=255) gTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAg > 1:15149090/1‑67 (MQ=255) gTATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAg > 1:17870948/1‑67 (MQ=255) tATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGt < 1:14343800/67‑1 (MQ=255) tATGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGt < 1:12255392/67‑1 (MQ=255) aaggATGTTTAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTc < 1:35424344/65‑1 (MQ=255) aTGGATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCa > 1:6940253/1‑68 (MQ=255) gATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGaca > 1:6440915/1‑52 (MQ=255) gATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCAttt > 1:15460706/1‑68 (MQ=255) gATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCAttt > 1:11876943/1‑68 (MQ=255) gATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCAttt > 1:31350940/1‑68 (MQ=255) gATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCAttt > 1:34202282/1‑68 (MQ=255) gATGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGCTCACATGGACACGGCACTGAGTCAttt > 1:32425688/1‑68 (MQ=255) gATGTTGAACAACATGGTACGAGAGGCGTTGGTGTAAACGGTCACATGGACACGGCCCGGAGTCAttt > 1:7780769/1‑68 (MQ=255) aTGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCAttt > 1:28599449/1‑67 (MQ=255) aTGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCAttt > 1:5255683/1‑67 (MQ=255) aTGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCAttt < 1:6038781/67‑1 (MQ=255) tGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCAtttt > 1:22151663/1‑67 (MQ=255) tGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCAtttt < 1:23219555/67‑1 (MQ=255) tGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCAtttt > 1:2361253/1‑67 (MQ=255) tGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCAtttt > 1:25906882/1‑67 (MQ=255) tGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCAtttt > 1:31847241/1‑67 (MQ=255) tGTTGAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCAtttt > 1:29248769/1‑67 (MQ=255) gAACAACATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGa < 1:11692748/68‑1 (MQ=255) aacaacATGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGAt > 1:17468755/1‑68 (MQ=255) acaacaTGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATa > 1:15668225/1‑68 (MQ=255) acaacaTGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATa > 1:26524209/1‑68 (MQ=255) acaacaTGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATa > 1:8518529/1‑68 (MQ=255) acaacaTGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATa > 1:32054953/1‑68 (MQ=255) acaacaTGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATa > 1:20947965/1‑68 (MQ=255) aacaTGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGCCACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATaa > 1:5655736/1‑67 (MQ=255) aacaTGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATAAg < 1:10154416/68‑1 (MQ=255) acaTGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATAAGc < 1:11948669/68‑1 (MQ=255) caTGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATAAGcc < 1:38495851/68‑1 (MQ=255) aTGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATAAGcc > 1:20145364/1‑67 (MQ=255) aTGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATAAGcc > 1:26076431/1‑67 (MQ=255) aTGGTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATAAGcc > 1:4641362/1‑67 (MQ=255) aTGGTAATAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACCCGGCCATGAGTCATTTTCCAGATAAGca > 1:31098351/1‑66 (MQ=255) ggTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGGCCTGAGTCATTTTCCAGATAAGCCACg < 1:10596558/68‑1 (MQ=255) ggTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATAAGCCACg < 1:3627192/68‑1 (MQ=255) ggTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATAAGCCACg < 1:8687647/68‑1 (MQ=255) ggTACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATAAGCCACg < 1:18977743/68‑1 (MQ=255) tACTAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATAAGCCACGt < 1:33290256/67‑1 (MQ=255) aCGAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATAAGCCACGTa > 1:13870101/1‑67 (MQ=255) | ATATCCAGCACTTCCAGCATTTTGTCGTCCCAGTCCAGGGTATGGATGTTGAACAACATGGTACGAGAGGCGTTGGTGTAATCGGTCACATGGACACGGCCCTGAGTCATTTTCCAGATAAGCCACGTA > CP009273/4106522‑4106650 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |