New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 1958516 = | 311 (0.880) | 13 (0.040) | 6/96 | NT | 5.6% | coding (792/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein |
? | CP009273 | 1958598 = | 170 (0.560) | coding (710/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein |
AAGTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1958588‑1958516 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccgccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958598‑1958664 AAGTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACC > 1:1888185/1‑67 GTTATTCGCTATTGAGCATTGGCGACGGTCTGGTGTCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:4444620/68‑1 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:1134929/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:11429218/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:11996756/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:3984754/1‑68 GTTATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC > 1:22897658/1‑68 tcTACGCTATTGACCATTGGCGACGGGCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCG < 1:10275747/65‑1 tagACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGGGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCG < 1:12036742/64‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGC < 1:18851828/68‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCG < 1:6422761/67‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCG < 1:5028230/67‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:13474989/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:28303719/66‑1 TATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCC < 1:28775930/66‑1 ATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG > 1:1227975/1‑68 ATACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCG > 1:8283525/1‑68 ACGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTG < 1:7868982/68‑1 CGCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGT < 1:14965798/68‑1 GCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTC < 1:27636879/68‑1 GCTATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTC < 1:27297367/68‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:4583724/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:15129749/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:4551153/67‑1 TATTGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCGGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:25456109/67‑1 TATTCACCATTGGCGACGGTCTGGGGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCC < 1:14236617/67‑1 TGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATG < 1:15958015/68‑1 TGACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATG < 1:1677383/68‑1 tACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGC < 1:12422871/67‑1 GACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGC < 1:8622941/68‑1 GACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGC < 1:18145558/68‑1 GACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGC < 1:16910527/68‑1 GACCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGC < 1:14708914/68‑1 GACCATTCGCGACGGGCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGC < 1:19156008/68‑1 CCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCT < 1:17856637/67‑1 CCATTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCT < 1:14801053/67‑1 TTGGCGACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATG < 1:16338070/68‑1 GGCGACGGTCTGCTGGCACAAATTCCGCCGCTGGTCATTTCAACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCC < 1:6458526/68‑1 GACGGTCTGGTGGCACAAATTCCGGCGCTGGTGATTTCTACCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAT < 1:3120021/67‑1 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG < 1:556951/68‑1 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG < 1:4415524/68‑1 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG < 1:5059620/68‑1 CCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG > 1:24662034/1‑68 CGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA < 1:12065226/68‑1 CGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATG > 1:1632801/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCTTGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:9787255/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCCCGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:5525999/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGCCCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:25182726/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:3408319/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC > 1:5256266/1‑68 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:23708980/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:4998153/68‑1 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:3418066/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:21953173/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:21618892/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:20073823/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:12846137/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:19604399/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:28272323/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:17658509/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGA > 1:27731379/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAGGTTAATGA > 1:4248511/1‑67 GCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCACCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAC < 1:7133615/68‑1 CCGCGGGGCCCATGCTCAAGGCATGTTGCAGCACGCCGACCCGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC < 1:24017363/68‑1 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCA < 1:9889857/68‑1 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCA < 1:24740819/68‑1 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC < 1:28822306/67‑1 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC < 1:6471868/67‑1 CGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACC < 1:8178265/67‑1 GCGTGTCCCATGCTCATTCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCAT < 1:183361/68‑1 GCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCAT < 1:1626263/68‑1 GCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCAT < 1:17402950/68‑1 GCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCAT < 1:22124195/68‑1 GCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCAT < 1:28000083/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:216470/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:16942617/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:6826176/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:6557045/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:18215720/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:19917620/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:21087234/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:21569422/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:8580750/68‑1 GTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA < 1:23240808/68‑1 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |