| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2006338 = | 322 (0.910) | 16 (0.060) | 8/92 | NT | 6.4% | coding (158/315 nt) | fliE | flagellar basal‑body component |
| ? | CP009273 | 2006392 = | 205 (0.710) | coding (104/315 nt) | fliE | flagellar basal‑body component | |||||
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
TCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCTGTAACT > CP009273/2006326‑2006458 | tCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGc > 1:17777602/1‑68 (MQ=255) gcctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCaga > 1:15606746/1‑66 (MQ=255) gcctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCaaa > 1:2028283/1‑68 (MQ=255) cctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCaaa > 1:7634492/1‑67 (MQ=255) cctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCaaa > 1:1986558/1‑67 (MQ=255) agttttgccgggcagctgcacgccgcgctcgatcgcattagtgatacacaaacagctgcccgGCaaaa < 1:27146260‑M2/6‑1 (MQ=255) agttttgcCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCaaa < 1:8775051‑M1/59‑1 (MQ=255) ctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCaaaa < 1:26964391/67‑1 (MQ=255) ctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCaaaa < 1:15433341/67‑1 (MQ=255) ctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAAc < 1:56156/68‑1 (MQ=255) ctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAAc < 1:3828884/68‑1 (MQ=255) ctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTAGCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAAc < 1:29118891/68‑1 (MQ=255) ctgcGTGCGGGCAGCTGTTTGGGTATCCCTAATGCGATGGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAAc < 1:463120/68‑1 (MQ=255) ttttgcCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACt < 1:785482‑M1/62‑1 (MQ=255) tttgccgggcagctgcacgccgcgctcgatcgcattagtgatacacaaacagctgcccgGCAAAAc < 1:4418120‑M2/7‑1 (MQ=255) tttgccgggcagctgcacgccgcgctcgatcgcattagtgatacacaaacagctgcccgGCAAAAc < 1:7369733‑M2/7‑1 (MQ=255) gcCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATg < 1:16675337‑M1/66‑1 (MQ=255) CGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATgg < 1:4013845‑M1/67‑1 (MQ=255) GGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCg < 1:4874712‑M1/68‑1 (MQ=255) gcagctgcacgccgcgctcgatcgcattagtgatacacaaacagctgcccgGCAAAACTAATGGTCg < 1:1661176‑M2/16‑1 (MQ=255) CAGCTGTTTGTGTATCACTAGTGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCgg > 1:5258795‑M1/1‑67 (MQ=255) AGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGtt < 1:13584944‑M1/68‑1 (MQ=255) TGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGtt > 1:22842957‑M1/1‑65 (MQ=255) TGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCg < 1:26161330‑M1/68‑1 (MQ=255) TGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCg < 1:3126221‑M1/68‑1 (MQ=255) ttGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCa > 1:11784470/1‑68 (MQ=255) acgccgcgctcgatcgcattagtgatacacaaccagctgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGc < 1:21923959‑M2/24‑1 (MQ=255) tgtgTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAg < 1:2580094/68‑1 (MQ=255) cgccgcgctcgatcgcattagtgatacacaaacagctgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAg < 1:23083961‑M2/26‑1 (MQ=255) gtgtATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGt > 1:14986906/1‑68 (MQ=255) gtgtATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGt > 1:12361426/1‑68 (MQ=255) tgtATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTg > 1:5411905/1‑68 (MQ=255) tgtATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTg > 1:20530377/1‑68 (MQ=255) gtATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTg < 1:24514780/67‑1 (MQ=255) cgcgctcgatcgcattagtgatacacaaacagctgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGa < 1:17170588‑M2/29‑1 (MQ=255) tATCACTAATGCGATCGAGCGCGGGGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:6346795/1‑68 (MQ=255) tATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:25476430/1‑68 (MQ=255) tATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:3722259/1‑68 (MQ=255) tATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:27940744/1‑68 (MQ=255) tATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:18672354/1‑68 (MQ=255) tATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:13106362/1‑68 (MQ=255) tATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAt > 1:5840520/1‑68 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:8416441/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:18294355/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:12912798/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:23502700/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:22219887/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:12461722/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGAtt > 1:16794288/1‑65 (MQ=255) aCTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCt < 1:13019541/68‑1 (MQ=255) tAATGGGATCGAGCGCGTCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgc < 1:9455720/68‑1 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGGTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgca < 1:4270154/68‑1 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCTAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:9025643/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgca < 1:11707008/68‑1 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:11961406/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:11251106/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:28461029/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:10269281/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:24063210/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:13318505/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:16247851/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:17323272/1‑67 (MQ=255) tGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgc > 1:20893547/1‑67 (MQ=255) gCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcac > 1:21356437/1‑68 (MQ=255) gATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacg < 1:23172511/67‑1 (MQ=255) gATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacg < 1:19005942/67‑1 (MQ=255) tCGAGCGCGGCGTGCAGCTGGCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacgcg < 1:26844631/67‑1 (MQ=255) tCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacgcgc > 1:19638223/1‑68 (MQ=255) tCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacgcg < 1:12525453/67‑1 (MQ=255) cGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacgcgc > 1:17577761/1‑67 (MQ=255) cGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacgcgc > 1:18497197/1‑67 (MQ=255) gAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacgcgcac < 1:10465597/68‑1 (MQ=255) gAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTgcgcacgcgcac < 1:13915555/68‑1 (MQ=255) gcgcGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTGATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACt < 1:25063269/67‑1 (MQ=255) gcggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCa < 1:12110799/67‑1 (MQ=255) gcggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCa < 1:23771459/67‑1 (MQ=255) ggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATc < 1:14630185/67‑1 (MQ=255) ggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATc > 1:26747913/1‑67 (MQ=255) ggcgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATc < 1:1155085/67‑1 (MQ=255) cgggCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTGGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGc < 1:24888744/64‑1 (MQ=255) cgTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGcc > 1:12837156/1‑68 (MQ=255) agctgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAg > 1:8549400‑M2/10‑67 (MQ=255) agctgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAg < 1:962208‑M2/58‑1 (MQ=255) agctgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAg < 1:16496512‑M2/58‑1 (MQ=255) gctgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAg > 1:20810413‑M2/9‑66 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAg > 1:28579134‑M2/7‑64 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAg > 1:21305489‑M2/7‑64 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:9114835‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:7988301‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:17992216‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:6861106‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:28820695‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:1939319‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:21710204‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:23617709‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:26348058‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:27536342‑M2/59‑1 (MQ=255) tgcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGc < 1:28953542‑M2/59‑1 (MQ=255) gcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCTGt < 1:15135443‑M2/63‑1 (MQ=255) gcccgGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCTGt < 1:16104660‑M2/63‑1 (MQ=255) | TCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCGCGGCGTGCAGCTGCCCGGCAAAACTAATGGTCGGTTGCGGCAGTGATTCCTGCGCACGCGCACTCATCGCCGTAGCCTGTAACT > CP009273/2006326‑2006458 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |