Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,554,355 | G→T | 7.6% | intergenic (+98/‑372) | yffL → / → yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,554,355 | 0 | G | T | 7.6% | 635.2 / 8.9 | 233 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (99/112); new base T (6/16); total (105/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAA > CP009273/2554288‑2554421 | tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:4574579/68‑1 (MQ=255) tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:14136928/68‑1 (MQ=255) tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:139851/68‑1 (MQ=255) tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:19203278/68‑1 (MQ=255) cTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt > 1:27174735/1‑68 (MQ=255) tttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt > 1:22631462/1‑68 (MQ=255) tttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGta > 1:25045730/1‑67 (MQ=255) gCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 1:144992/68‑1 (MQ=255) cTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAgga > 1:11554302/1‑67 (MQ=255) aaTTCCATGAATTCAGGTGTGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggt < 1:26202507/68‑2 (MQ=255) aaTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:3132439/68‑1 (MQ=255) aaTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:4271326/68‑1 (MQ=255) aaTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:10129946/68‑1 (MQ=255) aTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:1533370/68‑1 (MQ=255) aTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:10562868/68‑1 (MQ=255) ttCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGtg > 1:23020123/1‑67 (MQ=255) ttCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc > 1:24555957/1‑68 (MQ=255) tCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa > 1:19457941/1‑68 (MQ=255) tCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCATTTAAGGTGGGTCa > 1:7708804/1‑68 (MQ=255) tGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg > 1:19785446/1‑68 (MQ=17) tGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg > 1:28417306/1‑68 (MQ=255) gAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt < 1:24408958/68‑1 (MQ=255) gAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt < 1:23987902/68‑1 (MQ=255) aTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGTGTAAAAAttt > 1:19603966/1‑67 (MQ=17) aTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATAGTGGAGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGTGTCAAAAtttt > 1:18727998/1‑67 (MQ=17) tCAGGTGGGTCACAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGATGcc < 1:6338297/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:186629/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:4164277/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc > 1:3695796/1‑68 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:812847/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:23292255/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:2115267/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:25747232/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:17686584/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:18522063/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAAttttaa > 1:1141784/1‑65 (MQ=17) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:15889059/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:13507462/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGCCAACAGTGGCCGTTATTTTTGGGTCAAAAGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:16973389/68‑1 (MQ=14) tCAGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:5501079/68‑1 (MQ=255) cAGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:2476880/68‑1 (MQ=255) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt > 1:2641210/1‑68 (MQ=255) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt > 1:9631675/1‑68 (MQ=255) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt > 1:14734239/1‑68 (MQ=255) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTAAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGtt > 1:23370692/1‑68 (MQ=255) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTCAAAATTTGCCTTTAAGGTGTGTCAAAATTTGCAGtt > 1:5129538/1‑68 (MQ=11) ggggTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 1:6656242/64‑1 (MQ=255) gggTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 1:10261972/67‑1 (MQ=255) tacaGTAGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCGGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:15554570/65‑1 (MQ=18) aaaaTTTGCCTTTAGTTGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:13347775/68‑1 (MQ=18) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:20944692/68‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:2243420/68‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:28518746/68‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:25495181/68‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:840912/68‑1 (MQ=255) aaaGGTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAACGATGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:7178405/68‑1 (MQ=21) aGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa > 1:16446122/1‑68 (MQ=255) ccccGTTAGGGGGGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa < 1:6854414/66‑1 (MQ=17) gTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt > 1:1760880/1‑67 (MQ=255) tAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc > 1:1120389/1‑68 (MQ=255) tgtgtggGTCAAATCGTGCCTTTAATGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa < 1:27483483/65‑1 (MQ=14) ctgggggGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa < 1:26015900/67‑1 (MQ=17) tggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAg > 1:15461554/1‑68 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAg < 1:23700330/67‑1 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGt > 1:16135269/1‑68 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGt > 1:707342/1‑68 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGt > 1:12967947/1‑68 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTATCCCTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGt > 1:6064826/1‑68 (MQ=17) tggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTaa > 1:28481006/1‑68 (MQ=255) tggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa < 1:2961292/67‑1 (MQ=255) tggGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa < 1:16818563/67‑1 (MQ=255) tggGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa < 1:4842481/67‑1 (MQ=255) gggTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAg > 1:13904125/1‑68 (MQ=255) gtaaaaaGGAGCCTTTAATTTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:12742288/64‑1 (MQ=14) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGaa > 1:20191180/1‑68 (MQ=255) gTCAAAACTTGCCTTTACGTGGGGGCAAATGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:18049530/67‑1 (MQ=17) cAAAAGTAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAAtt < 1:11345243/68‑1 (MQ=255) aaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct > 1:11075673/1‑67 (MQ=255) aaGTTGCCGTTAAGGTGGGCCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct > 1:11895130/1‑67 (MQ=255) agctGCCGTTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctac < 1:5978416/65‑1 (MQ=21) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGTCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct > 1:29062836/1‑66 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctac < 1:22366889/68‑1 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctac < 1:8705797/68‑1 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctac < 1:10403428/68‑1 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctac < 1:18194464/68‑1 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct > 1:148382/1‑66 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct > 1:3473660/1‑66 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct > 1:16427851/1‑66 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct > 1:16330769/1‑66 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctac < 1:1739559/68‑1 (MQ=255) tGCCGTTAATGTGTGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt < 1:25642120/68‑1 (MQ=255) tGCCGTTAAGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt < 1:10010784/68‑1 (MQ=255) tGCCGTTAAGTTGGGTAAAAAGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt < 1:506156/68‑1 (MQ=25) tGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt > 1:23156562/1‑68 (MQ=255) cGTTACTGTGGGTCAAAACTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt < 1:9835855/65‑1 (MQ=18) cGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTCTTa < 1:6393997/67‑1 (MQ=255) cGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTaa > 1:7213876/1‑68 (MQ=255) cGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTaa > 1:9038274/1‑68 (MQ=255) cGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTa < 1:4915316/67‑1 (MQ=255) cGTTAAGGTGCGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTa < 1:27664569/67‑1 (MQ=255) | TCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAA > CP009273/2554288‑2554421 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |