| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2145164 | NA (NA) | 8 (0.020) | 6/90 | NT | NA | noncoding (10/28 nt) | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 2145172 | NA (NA) | noncoding (18/28 nt) | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2145088‑2145164‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggcggttgaaGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCT < CP009273/2145172‑2145109 AGAAGAAGCCGCCGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTTTATTTATTGTTTAAACTG > 1:11643203/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:4820061/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:11592451/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:27148759/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:264711/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:26007481/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 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AGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCG < 1:24104326/68‑1 AGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCG < 1:25688409/68‑1 AGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCG < 1:32123824/68‑1 AGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCG > 1:30473144/1‑68 AAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGT < 1:22142623/68‑1 AGCCGCCGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGT < 1:29942385/67‑1 AGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTT < 1:1152445/68‑1 AGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGT < 1:12140108/67‑1 AGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGT < 1:14899650/67‑1 AGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGT < 1:22763235/67‑1 AGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGT < 1:11362165/67‑1 CCGACGAGCTAAGTGGAAAATTAGTTCGCTAATCAGGCGTTATTTTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA < 1:28577110/68‑1 CCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA > 1:24829502/1‑68 CCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA > 1:21092214/1‑68 CCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA > 1:18257575/1‑68 CCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA > 1:1767991/1‑68 CGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA < 1:15779542/67‑1 CGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA < 1:32617768/67‑1 CGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA < 1:17465256/67‑1 CGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA < 1:12351912/67‑1 CGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA < 1:12377503/67‑1 CGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA < 1:7828315/67‑1 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CP009273/2145088‑2145164‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggcggttgaaGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCT < CP009273/2145172‑2145109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |