| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 931,040 | A→T | 7.7% | P787P (CCA→CCT) | ftsK → | DNA translocase at septal ring sorting daughter chromsomes |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 931,040 | 0 | A | T | 7.7% | 608.0 / 2.6 | 262 | P787P (CCA→CCT) | ftsK | DNA translocase at septal ring sorting daughter chromsomes |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (106/127); new base T (5/21); total (114/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
ATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAG > CP009273/930973‑931106 | aTCACCAGCCACAACAGCCGGTTGCTCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCca < 1:12652080/68‑1 (MQ=255) cagcagCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCcaca < 1:1074125/68‑1 (MQ=255) agcagcCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCCCACTATCAGCAGCAGCAACAGCAGGTTGCGCcaca > 1:20037623/1‑67 (MQ=17) agcagcCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAGCCGGTTGCGCCAcag > 1:11462379/1‑68 (MQ=255) agcagcCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCctca > 1:15609661/1‑67 (MQ=255) gcagcCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCGCCAcag > 1:20495219/1‑67 (MQ=255) cagcCACAACAGCCTGTTGCGCCGCATCCACAATATCAGCAGCCGCAACCACCGGTTGCGCCTcagc > 1:2992946/1‑67 (MQ=18) cagcCACAACAGCCGTTTGCTACGCAGCCACAATAACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCAcagca < 1:3702989/68‑1 (MQ=18) cagcCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCGCAGTATCCGCAGCCTCAACAACCGGTTGGGCCTcagga > 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ttGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGcc < 1:21349392/67‑1 (MQ=255) tGCGACGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCTCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCg < 1:8439128/67‑1 (MQ=255) gcgcCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCTCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGca < 1:28771311/68‑1 (MQ=255) gcgcCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCCCAGCAGCAATATCAGCAGCCGca > 1:11272665/1‑68 (MQ=255) gcgcCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGca < 1:11633647/68‑1 (MQ=255) gccgcAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGcaac > 1:4339641/1‑68 (MQ=255) gccgcAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGcaac > 1:16414394/1‑68 (MQ=255) aGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCg < 1:24506766/68‑1 (MQ=255) cacaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGtt < 1:2971838/68‑1 (MQ=255) cacaATATCAGCAGCCCCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCg < 1:9387030/65‑1 (MQ=255) 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cacaGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCacaaca > 1:12004533/1‑67 (MQ=255) | ATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAG > CP009273/930973‑931106 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |