| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 66,726 | T→C | 67.0% | intergenic (‑194/‑148) | araD ← / → araC | pseudogene, truncated/ara regulon transcriptional activator; autorepressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 66,726 | 0 | T | C | 67.0% | 1355.1 / inf | 1106 | intergenic (‑194/‑148) | araD/araC | pseudogene, truncated/ara regulon transcriptional activator; autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (192/172); new base C (361/378); total (555/551) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1126 total aligned reads displayed.
GCAAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGC > CP009273/66659‑66792 | gCAAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCt < 1:25734641/68‑1 (MQ=255) aaaTAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTGATGGCttt > 1:21515808/1‑68 (MQ=255) aataatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTg < 1:24890033/68‑1 (MQ=255) ataatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTgg < 1:26833313/68‑1 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTTCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTGTGTCATGGCTTTgg > 1:20275232/1‑67 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTgg > 1:3582889/1‑67 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGt < 1:10285407/68‑1 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTgg > 1:33532024/1‑67 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTgg > 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gCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAAt > 1:16649353/1‑66 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:19527740/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:13446861/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:24387890/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCTTGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:23142799/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAAt > 1:28144993/1‑66 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:8112235/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:27710051/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:23600312/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:2124758/68‑1 (MQ=255) 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GCAAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGC > CP009273/66659‑66792 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |