| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 86,358 | C→T | 10.0% | H80Y (CAT→TAT) | mraZ → | RsmH methytransferase inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 86,358 | 0 | C | T | 10.0% | 1468.5 / 122.6 | 489 | H80Y (CAT→TAT) | mraZ | RsmH methytransferase inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (247/193); new base T (29/20); total (276/213) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 496 total aligned reads displayed.
AAAATTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGAATGTCAGATGGATGGCGCAGGTCGATTGTTAATCGCGCCAGTACTGCGGCAACATG > CP009273/86294‑86424 | aaaaTTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATg < 1:23712708/68‑1 (MQ=255)aaaaTTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATg < 1:1939815/68‑1 (MQ=255)aaaaTTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATg < 1:7268372/68‑1 (MQ=255)aaaaTTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATg < 1:19963498/68‑1 (MQ=255) aaTTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGcc > 1:29040281/1‑68 (MQ=255) aaTTATCGCGTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGcc > 1:7980865/1‑68 (MQ=255) cgcgTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGaa > 1:23301687/1‑68 (MQ=255) cgcgTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGaa > 1:31055119/1‑68 (MQ=255) cgcgTCTGTCGAGCATGAACCCGGTTGAGCGCCGTGTGCAGCGCCTACTGTTAGGTCATGCCAGCGaa > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |