| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,554,344 | C→A | 8.5% | intergenic (+87/‑383) | yffL → / → yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,554,344 | 0 | C | A | 8.5% | 741.0 / 8.9 | 259 | intergenic (+87/‑383) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (102/128); new base A (18/10); total (120/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.94e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAAT > CP009273/2554277‑2554410 | cGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCaaaa < 1:24053390/68‑1 (MQ=255) cGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCaaaa > 1:14863915/1‑68 (MQ=255) gCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAg > 1:28017762/1‑68 (MQ=255) ccTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGt > 1:3114576/1‑68 (MQ=255) ccTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGt > 1:9827962/1‑68 (MQ=255) ccTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGt > 1:31565052/1‑68 (MQ=255) ccTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGt > 1:10311330/1‑68 (MQ=255) ccTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAaaaatt > 1:4446031/1‑66 (MQ=255) ttttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTg > 1:8365458/1‑68 (MQ=255) ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:6851478/68‑1 (MQ=255) ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:7096985/68‑1 (MQ=255) ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:74621/68‑1 (MQ=255) ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:6481105/68‑1 (MQ=255) ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:18958748/68‑1 (MQ=255) ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:15269619/68‑1 (MQ=255) ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:8844168/68‑1 (MQ=255) ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:21704361/68‑1 (MQ=255) ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:23638750/68‑1 (MQ=255) ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:13493314/68‑1 (MQ=255) ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:12901818/68‑1 (MQ=255) ttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:25875997/68‑1 (MQ=255) tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:7761704/68‑1 (MQ=255) tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGcct > 1:5657935/1‑67 (MQ=255) cTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTCGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 1:27308990/68‑1 (MQ=255) tttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt > 1:309450/1‑68 (MQ=255) tttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt > 1:30274762/1‑68 (MQ=255) tttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt > 1:11430004/1‑68 (MQ=255) tGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 1:32056703/68‑1 (MQ=255) ccTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAgg > 1:23286786/1‑68 (MQ=25) ccTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg > 1:33097236/1‑68 (MQ=255) ccTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg > 1:2632991/1‑68 (MQ=255) ccTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAAgg > 1:22812308/1‑68 (MQ=255) ccTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAgg > 1:28314967/1‑68 (MQ=255) tAATTCCATGAATTCAGGTGGGTC‑AAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:29462956/68‑1 (MQ=255) aaTTCCATGATATCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:7535507/68‑1 (MQ=255) aaTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:23507622/68‑1 (MQ=255) aaTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:22009009/68‑1 (MQ=255) aaTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:18899264/68‑1 (MQ=255) ttCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc > 1:9504107/1‑68 (MQ=255) ttCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGGGGGTc > 1:11305084/1‑68 (MQ=255) tCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTTTGGTGGGTAAAAAGATGCCTTAAAGGAGGGTCa > 1:21212788/1‑68 (MQ=18) tCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa > 1:3798725/1‑68 (MQ=255) cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa < 1:15154694/68‑1 (MQ=255) tGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg > 1:22250889/1‑68 (MQ=255) tGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg > 1:948038/1‑68 (MQ=255) aTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAAGTTg > 1:16396965/1‑68 (MQ=17) tCAGGTGGGTGAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTGAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:15585327/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTgaa > 1:22303385/1‑66 (MQ=14) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:13154927/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:3063516/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc > 1:13821478/1‑68 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:5035404/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc > 1:26795448/1‑68 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:20231326/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:34409493/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGGGGGGCAAAAGTTGcc < 1:22985681/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGGCAAAAGCATCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:11548824/68‑1 (MQ=17) tCAGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:12150862/68‑1 (MQ=255) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGACGtt > 1:29970929/1‑68 (MQ=14) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGGCGtt > 1:31691866/1‑68 (MQ=17) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAAGTTTCAGtt > 1:34089222/1‑68 (MQ=14) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTAGCCGTTTAGGAGGGGCAAAAGTTGACGtt > 1:12635745/1‑68 (MQ=17) gTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGAAGTTa > 1:11048846/1‑68 (MQ=14) gTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa > 1:28819658/1‑68 (MQ=255) gTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTTCCGttt > 1:25216502/1‑67 (MQ=17) tGGGTCAACAGGTGCCGTTAGTGGTGGGTCAATTGCTGCCGTTACGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 1:8527583/65‑1 (MQ=17) tGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa > 1:14009889/1‑68 (MQ=255) ctaaaGATGGCTTTAGTGGTGGGTAAAAAGTCGCCTTTAAGTTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTgg < 1:30125355/66‑1 (MQ=12) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:20010321/68‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:8131318/68‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:17823443/68‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTAGGGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:16588336/68‑1 (MQ=18) aaaaGATGGCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:2092308/68‑1 (MQ=18) aaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:17244103/68‑1 (MQ=255) aGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGTGTCa > 1:17602929/1‑68 (MQ=255) aGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa > 1:28079746/1‑68 (MQ=255) aGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCa > 1:19894024/1‑68 (MQ=255) gTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCaa > 1:32920574/1‑68 (MQ=255) gTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATAAGGAGGGTCaa > 1:22372330/1‑68 (MQ=255) agCCGTTCGTGGGGGGTAATATGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa < 1:20519287/66‑1 (MQ=17) ctttACTGGTGGGTCAAAAGTAGCCGTTAATTTGTGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt < 1:1799581/65‑1 (MQ=14) cGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt > 1:10632708/1‑68 (MQ=255) gTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGACAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt > 1:1964744/1‑67 (MQ=255) gtggtgGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa > 1:24260392/1‑68 (MQ=255) tggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCTAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAg > 1:17049166/1‑68 (MQ=255) ggtggGTCAAATGTTGCATTTACGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAg < 1:28257553/67‑1 (MQ=14) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGt > 1:32140096/1‑68 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGt < 1:12515450/68‑1 (MQ=255) ggtggGTAAAATGCTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa < 1:1858930/66‑1 (MQ=14) ggggggTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa < 1:14175537/63‑1 (MQ=255) gtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa > 1:29174756/1‑68 (MQ=255) gtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa > 1:33658832/1‑68 (MQ=255) gtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa > 1:32803568/1‑68 (MQ=255) gtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa > 1:13646561/1‑68 (MQ=255) gggggTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGt < 1:31798489/65‑1 (MQ=17) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGaa > 1:6195783/1‑68 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGaa > 1:33373600/1‑68 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:3983482/67‑1 (MQ=255) gTCAAAAGTGGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:24480760/67‑1 (MQ=255) ctCAAAACTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:8270771/66‑1 (MQ=18) | TTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAAT > CP009273/2554277‑2554410 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |