| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,176,299 | A→G | 82.9% | N341S (AAC→AGC) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,176,299 | 0 | A | G | 82.9% | 2185.5 / inf | 882 | N341S (AAC→AGC) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/87); new base G (274/456); total (338/544) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 901 total aligned reads displayed.
TCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGT > CP009273/4176232‑4176363 | aCAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTg < 1:16693770/68‑1 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCTACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCt > 1:30363028/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCt > 1:6234553/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCt > 1:9293584/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCt > 1:15659155/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCt > 1:12536120/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCt > 1:11428380/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCt > 1:3950950/1‑66 (MQ=255) aGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTc > 1:17982532/1‑68 (MQ=255) cGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAAAAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCgg > 1:17487225/1‑68 (MQ=255) gTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCg < 1:34164095/66‑1 (MQ=255) gTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGt < 1:8608924/68‑1 (MQ=255) ccTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTaa > 1:20852730/1‑68 (MQ=255) ctctGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAg < 1:25826193/68‑1 (MQ=255) ctGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCg < 1:24641752/68‑1 (MQ=255) ctGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCg < 1:19828880/68‑1 (MQ=255) ctGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCg < 1:24918957/68‑1 (MQ=255) tGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCgt < 1:21966589/68‑1 (MQ=255) tGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCgt < 1:30559461/68‑1 (MQ=255) aaaTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCgtgt < 1:32449655/68‑1 (MQ=255) aaTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCgtgt < 1:30777789/67‑1 (MQ=255) aaTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCgtgt < 1:976583/67‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTg < 1:27925207/68‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTg < 1:5844790/68‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTg < 1:8019591/68‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTg < 1:11215901/68‑1 (MQ=255) tCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTg > 1:31087184/1‑67 (MQ=255) tCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGa < 1:22746428/68‑1 (MQ=255) cTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGCGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTg > 1:10549945/1‑66 (MQ=255) tttGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGact < 1:12775360/68‑1 (MQ=255) tGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGactac < 1:16469728/68‑1 (MQ=255) gCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGactact > 1:25454309/1‑67 (MQ=255) ccGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTc < 1:34518399/67‑1 (MQ=255) cGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCg > 1:8883980/1‑68 (MQ=255) cATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGt < 1:12156019/67‑1 (MQ=255) aTGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCg < 1:7726533/68‑1 (MQ=255) tGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGt < 1:3289589/68‑1 (MQ=255) tGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGt < 1:32045911/68‑1 (MQ=255) tGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGt < 1:33545485/68‑1 (MQ=255) tGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGt < 1:10071274/68‑1 (MQ=255) tGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGAAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGt < 1:28994119/68‑1 (MQ=255) tGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGt < 1:18890770/68‑1 (MQ=255) tGATCAAAGGTAAACAGGGGCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGt < 1:14836318/68‑1 (MQ=255) tCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTc < 1:5170126/67‑1 (MQ=255) tCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTc < 1:1230062/67‑1 (MQ=255) cAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTg < 1:27333286/68‑1 (MQ=255) aaaGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGt > 1:7306870/1‑68 (MQ=255) aGGTAAACAGGGGCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa < 1:30030442/68‑1 (MQ=255) ggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa > 1:29433498/1‑67 (MQ=255) ggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa > 1:28340121/1‑67 (MQ=255) gTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATc > 1:28606184/1‑68 (MQ=255) gTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATc > 1:4370856/1‑68 (MQ=255) aaaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCa < 1:8246823/67‑1 (MQ=255) aaaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAc < 1:7637293/68‑1 (MQ=255) aaaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAc < 1:14447289/68‑1 (MQ=255) caCAGGGTCGTGGCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGGCGGTCTGTAATCAcc < 1:4606264/67‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:33832262/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:15967706/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:17222623/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:1819859/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:4908237/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:26900194/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:19310865/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGGCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGGCGTTCTGTAATCAcc < 1:22539380/68‑1 (MQ=255) aCAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCg > 1:13636007/1‑68 (MQ=255) aCAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCg > 1:19555899/1‑68 (MQ=255) aCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCg > 1:20399913/1‑68 (MQ=255) cAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGt > 1:6575182/1‑68 (MQ=255) aGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTa > 1:15334975/1‑68 (MQ=255) aGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTa > 1:2098702/1‑68 (MQ=255) aGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTa > 1:2420167/1‑68 (MQ=255) aGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTa > 1:13105168/1‑68 (MQ=255) aGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTa > 1:24403022/1‑68 (MQ=255) gTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCTCCGTAgg < 1:23646281/67‑1 (MQ=255) gTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAgg > 1:26225412/1‑67 (MQ=255) gTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAgg > 1:23341972/1‑67 (MQ=255) gTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAgg > 1:9050200/1‑67 (MQ=255) tCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGt < 1:15118473/67‑1 (MQ=255) tCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGt < 1:6833295/67‑1 (MQ=255) 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aCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGt < 1:27083834/65‑1 (MQ=255) | TCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGT > CP009273/4176232‑4176363 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |