| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 226,794 | C→T | 6.0% | G192E (GGA→GAA) | yafC ← | LysR family putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 226,794 | 0 | C | T | 6.0% | 1378.3 / 53.5 | 418 | G192E (GGA→GAA) | yafC | LysR family putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (222/171); new base T (14/11); total (236/182) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 434 total aligned reads displayed.
CACCTCATGTAATTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAATATAATCGGG > CP009273/226727‑226861 | cACCTCATGTAATTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATc < 1:27872629/68‑1 (MQ=255) aCCTCATGTAATTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATc > 1:15967842/1‑67 (MQ=255) cccATGTAATTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCa > 1:22986887/3‑68 (MQ=255) cTCATGTAATTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCa > 1:31487199/1‑68 (MQ=255) cATGTAATTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAgg < 1:2057691/68‑1 (MQ=255) cATGTAATTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAgg < 1:25473442/68‑1 (MQ=255) cATGTAATTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAgg < 1:23295092/68‑1 (MQ=255) cATGTAATTGTCCATCGCTACCGCCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGTGTTCAGTGAATCCCAgg < 1:16657091/68‑1 (MQ=255) aTGTAATTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGc < 1:17925245/68‑1 (MQ=255) aTGTAATTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGc < 1:21661244/68‑1 (MQ=255) tGTAATTTTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCa < 1:12484497/68‑1 (MQ=255) tGTAATTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCa < 1:19409324/68‑1 (MQ=255) tGTAATTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCa < 1:33481181/68‑1 (MQ=255) tGTAATTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCa < 1:12737338/68‑1 (MQ=255) tAATTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCaaa > 1:21326366/1‑68 (MQ=255) aaTTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATTCCAGGCAAat < 1:4060166/68‑1 (MQ=255) aaTTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCaaa < 1:22310722/67‑1 (MQ=255) aaTTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCaaa < 1:25927102/67‑1 (MQ=255) aaTTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCaaa < 1:26186808/67‑1 (MQ=255) aaTTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCaaa < 1:8102426/67‑1 (MQ=255) aaTTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCaaa < 1:21059214/67‑1 (MQ=255) aaTTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAat < 1:28917674/68‑1 (MQ=255) ttGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAatat > 1:28325957/1‑68 (MQ=255) ttGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAatat > 1:10079432/1‑68 (MQ=255) tGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATTCCAGGCAAATATg > 1:1078608/1‑68 (MQ=255) tGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATg > 1:5715858/1‑68 (MQ=255) tGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATg > 1:12236212/1‑68 (MQ=255) ccATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATTCCAGGCAAATATGtt > 1:28557325/1‑67 (MQ=255) cATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATTCCAGGCAAATATGTTGc < 1:3875742/68‑1 (MQ=255) cATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGc < 1:13373943/68‑1 (MQ=255) cATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGc < 1:5310514/68‑1 (MQ=255) cATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGc < 1:29543516/68‑1 (MQ=255) cATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGc < 1:15280410/68‑1 (MQ=255) cATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGc < 1:11361096/68‑1 (MQ=255) cATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGGTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGc < 1:15035051/68‑1 (MQ=255) aTCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCt < 1:6857933/68‑1 (MQ=255) tCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCtt < 1:4649971/68‑1 (MQ=255) gCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATTCCAGGCAAATATGTTGCTTTa > 1:29117781/1‑68 (MQ=255) cGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGAATGCGGGTACAGTTAATCACATGCAAAAATGATGCTTTAAAtc > 1:6982686/1‑68 (MQ=255) gggCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAAtcg > 1:31927720/1‑68 (MQ=255) gggCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAAtcg > 1:13690251/1‑68 (MQ=255) gCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAAtcgtc > 1:9173871/1‑68 (MQ=255) gCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAAtcgtc > 1:854134/1‑68 (MQ=255) cTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAAtcgtcg > 1:32914917/1‑68 (MQ=255) aTCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGa > 1:34492199/1‑67 (MQ=255) cGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATTCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCg < 1:9509715/68‑1 (MQ=255) cGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCg < 1:183316/68‑1 (MQ=255) ggCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGt < 1:23727095/68‑1 (MQ=255) ggCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGt < 1:658070/68‑1 (MQ=255) ggCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGt > 1:31020243/1‑68 (MQ=255) ggCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGt < 1:19678036/68‑1 (MQ=255) ccAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATTCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGtt < 1:34036163/67‑1 (MQ=255) ccAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGtt < 1:19917083/67‑1 (MQ=255) ccAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGtt > 1:11077833/1‑67 (MQ=255) tATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTgg < 1:25198362/67‑1 (MQ=255) aTTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCt > 1:29862605/1‑68 (MQ=255) tGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCtt > 1:16228503/1‑67 (MQ=255) cgggAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTccc > 1:26441403/2‑68 (MQ=255) aGGGAAGCGGGTTCAGTGAATTCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTccc > 1:8845654/1‑68 (MQ=255) aGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTccc > 1:26906902/1‑68 (MQ=255) aGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTccc > 1:14460286/1‑68 (MQ=255) aGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTccc > 1:14779034/1‑68 (MQ=255) aGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTccc > 1:7684337/1‑68 (MQ=255) gggAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTccc < 1:14097759/67‑1 (MQ=255) gggAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCg > 1:5456620/1‑68 (MQ=255) gggAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCg > 1:9677347/1‑68 (MQ=255) gggAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCg > 1:599324/1‑68 (MQ=255) gggAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCg > 1:30742027/1‑68 (MQ=255) gggAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCg > 1:27483025/1‑68 (MQ=255) gggAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCg > 1:1902061/1‑68 (MQ=255) gggAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCg > 1:24266471/1‑68 (MQ=255) gAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTa > 1:16848800/1‑68 (MQ=255) gAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTa > 1:22588607/1‑68 (MQ=255) aGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGGCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGc < 1:8800084/68‑1 (MQ=255) gCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCg > 1:1741843/1‑68 (MQ=255) gggTTCAGTGAATTCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCgg < 1:10226966/67‑1 (MQ=255) gggTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCgg < 1:30256320/67‑1 (MQ=255) gggTGCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCgg < 1:27805536/67‑1 (MQ=255) gTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGaa > 1:11766841/1‑68 (MQ=255) gTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGaa > 1:7317683/1‑68 (MQ=255) ttCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGTTCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGaa < 1:3221497/67‑1 (MQ=255) ttCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGaa < 1:10542783/67‑1 (MQ=255) ttCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGaa < 1:8248559/67‑1 (MQ=255) ttCAGTGAATCCAAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGaa < 1:487042/67‑1 (MQ=255) tCATTGAATTCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAat < 1:32521199/68‑1 (MQ=255) tCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGaaa < 1:17016180/67‑1 (MQ=255) tCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAat < 1:13878538/68‑1 (MQ=255) tCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAat > 1:27164705/1‑68 (MQ=255) tCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAat < 1:7563379/68‑1 (MQ=255) cAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAata < 1:20418338/68‑1 (MQ=255) tGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAATAGaa > 1:21929091/1‑68 (MQ=255) tGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCATAGCGGGAAATATaa > 1:4390603/1‑68 (MQ=255) gAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAATATaa < 1:18757244/67‑1 (MQ=255) gAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAATATaa > 1:33082678/1‑67 (MQ=255) gAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAATATaa > 1:12902703/1‑67 (MQ=255) gAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAATATaa < 1:31676641/67‑1 (MQ=255) gAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAATATAAt < 1:6226881/68‑1 (MQ=255) gAATCCCAGGCAAATATGTGGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAAtata < 1:33258263/66‑1 (MQ=255) tCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAATATAATCgg > 1:24751152/1‑68 (MQ=255) cccAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAATATAATCggg > 1:16078260/1‑68 (MQ=255) | CACCTCATGTAATTGTCCATCGCTACGGGCTATCGGCCAGGTATTGAGGGAAGCGGGTTCAGTGAATCCCAGGCAAATATGTTGCTTTAAATCGTCGATCGTTTCTGGCTTCCCGTAGCGGGAAATATAATCGGG > CP009273/226727‑226861 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |