| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 360070 = | 298 (0.770) | 142 (0.490) +CTGATCAGTGAATT |
16/84 | NT | 38.0% | intergenic (‑4/+591) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | = 561564 | 319 (0.830) | pseudogene (269/279 nt) | exoD | pseudogene, DLP12 prophage; phage‑type exonuclease family;Phage or Prophage Related | |||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
TCGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/360098‑360070‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTACCT < CP009273/561564‑561525 |||||||||||||| attGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:24933501/64‑1atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT > 1:19454063/3‑68atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:30633833/65‑1atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:18687509/65‑1atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:4830431/65‑1atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:19043055/65‑1atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:14222298/65‑1atGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGA < 1:15299604/65‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:5028833/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:1089440/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:17871399/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:19141073/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:20028278/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:20216216/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:21683948/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:9210915/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:9094772/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:25445258/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:26084701/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:27708747/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:3017843/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:1208612/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:12943078/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:15967009/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:9753631/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:6347969/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:15635316/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:16884803/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:13975312/66‑1 tGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGAT < 1:14363227/66‑1 GGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGCCGCATCCTCACGATAA > 1:30778750/1‑68 GGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAA > 1:31702634/1‑68 GAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT > 1:1550954/1‑68 aaaTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:936417/64‑1 AATTCTCATGTTTGACATCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:20136240/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTTATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:31957100/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA > 1:19598849/1‑68 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:31683918/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:31491015/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:28698231/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:7878745/67‑1 AATTCTCATGTTTGACAGCTTATAACTGATCAGTTAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAAT < 1:17333792/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGATTTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:2895440/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:9656670/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:1631654/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:19318290/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:7279467/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:31332297/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:20313237/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:6763258/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:7249554/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:19676604/68‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:29570486/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:30888359/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:13345405/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:25701155/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:25177644/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:5725983/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:9045307/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:22525368/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:14439477/67‑1 ATTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATA < 1:21902884/67‑1 ATTCACATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT < 1:23967086/68‑1 TTCTCATGTTTGAGAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT > 1:21969305/1‑67 TTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT > 1:26193034/1‑67 TTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT > 1:584723/1‑67 TTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT > 1:31453584/1‑67 TTCTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATAT > 1:25161350/1‑67 CTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCG > 1:21307810/1‑68 CTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCG < 1:13054316/68‑1 CTCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCG > 1:16640401/1‑68 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:6984188/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:30495064/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:109953/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:12007538/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:15825091/68‑1 TCATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGG < 1:16996429/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATGAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG < 1:27461821/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCTATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG < 1:5353232/68‑1 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:30897625/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:15471718/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:18723870/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:3544350/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:22782722/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:25819569/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:29090617/1‑68 CATGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGG > 1:29561632/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:8017277/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:9799341/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:24462572/1‑68 TGTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTA > 1:22952272/1‑68 GTTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAg < 1:28805688/68‑2 TTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAg > 1:28977333/1‑66 TTTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAg > 1:205217/1‑66 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc < 1:26435626/68‑4 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAggc < 1:23888967/68‑4 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAgg < 1:30190175/67‑3 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAgg > 1:19785219/1‑65 TTGACAGCTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTAgg < 1:15942916/67‑3 CTTATCACTGATCAGTGAATTAATGGCGATGACGCATCCTCACG < 1:1090748/44‑1 |||||||||||||| TCGGAATTCTCATGTTTGACAGCTTATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/360098‑360070‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATGGCGATGACGCATCCTCACGATAATATCCGGGTACCT < CP009273/561564‑561525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |