| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2145164 | NA (NA) | 11 (0.040) | 6/90 | NT | NA | noncoding (10/28 nt) | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 2145172 | NA (NA) | noncoding (18/28 nt) | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP148 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2145088‑2145164‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggcggttgaaGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCTC < CP009273/2145172‑2145108 AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:9914810/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:17816701/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:21395024/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:4851305/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:4976662/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:14964626/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:32054668/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:22877565/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:3070356/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:13688309/1‑68AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTG > 1:23025519/1‑68 AGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCG < 1:1892906/68‑1 AGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCG < 1:4416291/68‑1 AGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC < 1:18067433/67‑1 AAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGT > 1:22309985/1‑68 AAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGT > 1:6936860/1‑68 AAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGATATATTTATTGTATAAACTGGCGGa > 1:22273333/1‑67 AGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGT < 1:4053287/67‑1 GCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTG > 1:29218146/1‑68 CGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA < 1:3288786/67‑1 CGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA < 1:25512282/67‑1 CGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA < 1:3950915/67‑1 CGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGA < 1:27376909/67‑1 AGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAGACAAGAATTCA > 1:17802750/1‑68 AGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAGACAACAATTCA > 1:5729627/1‑68 AGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAGACAACAATTCA > 1:21330440/1‑68 GCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAGACAACAATTCA > 1:4144297/1‑67 GCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAGACAACAATTCA > 1:172816/1‑67 ATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCC > 1:15409620/1‑68 TAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCAAG > 1:28854436/1‑68 TTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTT > 1:14106739/1‑68 TTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTT > 1:19739501/1‑68 GCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAAT > 1:430384/1‑68 GCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAAT > 1:27097054/1‑68 TGGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAA < 1:14674536/68‑1 TGGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAA < 1:1186379/68‑1 TGGCGGGTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAA < 1:485405/68‑1 tGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT < 1:21121770/67‑1 GGCGGTTGGAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT < 1:14060001/68‑1 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATATATATTACGGCTGATTAGCGAACTAAT < 1:24135224/68‑1 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT < 1:5061143/68‑1 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT > 1:30062144/1‑68 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT < 1:8516342/68‑1 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT < 1:29183496/68‑1 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT < 1:28718059/68‑1 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT > 1:23137528/1‑68 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT < 1:1559523/68‑1 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT > 1:26042875/1‑68 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT > 1:16286483/1‑68 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT < 1:19499470/68‑1 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT > 1:13302981/1‑68 GGCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAT < 1:2140864/68‑1 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:688020/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:27247421/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:22651683/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:22983453/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:11745073/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:906004/1‑68 GCGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATT > 1:10795093/1‑68 CGGTTGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTT > 1:9169560/1‑68 TGAAGCCAACAATTCAACCGCCAGTTTATACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAAATTTGCT < 1:13090934/68‑1 TGAAGACAACAATTCTACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGC < 1:14185210/67‑1 TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCT < 1:19021796/68‑1 TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCT < 1:6812085/68‑1 TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCT < 1:15434711/68‑1 TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCT < 1:201616/68‑1 TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCT < 1:20585786/68‑1 TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCT < 1:20982380/68‑1 TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCT < 1:25919266/68‑1 TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGC < 1:3229516/67‑1 TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGC < 1:22900547/67‑1 TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGC < 1:7529919/67‑1 TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGC < 1:28929275/67‑1 TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGC < 1:9745524/67‑1 TGAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGC < 1:27060352/67‑1 GAAGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCTC < 1:10158169/68‑1 AGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGCGGTTGAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2145088‑2145164‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggcggttgaaGACAACAATTCAACCGCCAGTTTAAACAATAAATATAACGGCTGATTAGCGAACTAATTTTGCTC < CP009273/2145172‑2145108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |