| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4618560 = | NA (NA) | 4 (0.010) | 3/98 | NT | 1.2% | noncoding (49/150 nt) | RIP354 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences and 1 IHF site | RIP354 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | CP009273 | 4618593 = | 336 (1.000) | noncoding (82/150 nt) | RIP354 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences and 1 IHF site | RIP354 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 3 REP sequences and 1 IHF site | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 605 total aligned reads displayed.
TGAGGATGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGTTTT > CP009273/4618493‑4618627 | cggatgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagg > 1:23743368‑M1/68‑68 (MQ=255) ggatgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagGc > 1:9277197‑M1/67‑68 (MQ=255) ggatgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagGc > 1:5705059‑M1/67‑68 (MQ=255) ggatgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagGc > 1:26286621‑M1/67‑68 (MQ=255) gAGGATGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGc < 1:8064579/68‑1 (MQ=255) gAGGATGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGc < 1:29840877/68‑1 (MQ=255) gAGGATGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGc < 1:29575301/68‑1 (MQ=255) ggATGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATg > 1:17857297/1‑65 (MQ=255) ggATGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATg > 1:16248302/1‑65 (MQ=255) ggATGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATg > 1:29351423/1‑65 (MQ=255) atgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagGcc > 1:23386140‑M1/65‑67 (MQ=255) tgcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagGCCTg > 1:23927963‑M1/64‑68 (MQ=255) gcggcgcgaacgccttatccggcctacaaaaccagcaatttcaatacgttgtaaaactgtagGCCTGa > 1:10026686‑M1/63‑68 (MQ=255) tGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGAt < 1:27500907/68‑1 (MQ=255) aaGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGa < 1:12515859/68‑1 (MQ=255) ggCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:22767530/1‑67 (MQ=255) ggCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:30790120/1‑67 (MQ=255) gCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:533810/1‑66 (MQ=255) gCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:19433384/1‑66 (MQ=255) gCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:6898790/1‑66 (MQ=255) gCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:29067453/1‑66 (MQ=255) gCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:16600569/1‑66 (MQ=255) gCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:16413899/1‑66 (MQ=255) gCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGAc > 1:28365788/1‑66 (MQ=255) cTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACg < 1:12017566/66‑1 (MQ=255) cTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACg < 1:2510871/66‑1 (MQ=255) cTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACg < 1:21119551/66‑1 (MQ=255) cTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACg < 1:18123087/66‑1 (MQ=255) cTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCt > 1:2474448/1‑68 (MQ=255) aGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACcgcg < 1:10482959/68‑1 (MQ=255) aGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACcgcg > 1:8818115/1‑68 (MQ=255) aGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACcgcg < 1:20712268/68‑1 (MQ=255) aGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACcgcg < 1:15042173/68‑1 (MQ=255) aGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACcgcg > 1:15390151/1‑68 (MQ=255) aGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACcgcg < 1:13039414/68‑1 (MQ=255) aGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACcgcg < 1:18260195/68‑1 (MQ=255) aCCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACcgcg > 1:6094704/1‑66 (MQ=255) aCCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACcgcg > 1:27824273/1‑66 (MQ=255) aCCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACcgcg > 1:7529974/1‑66 (MQ=255) aCCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACcgcg > 1:13125314/1‑66 (MQ=255) aCCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACcgcg > 1:17116223/1‑66 (MQ=255) cGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCtt < 1:26926121/68‑1 (MQ=255) ggAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTa < 1:23141083/68‑1 (MQ=255) aaCGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCa > 1:21471135/1‑68 (MQ=255) aCGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAg > 1:27292426/1‑68 (MQ=255) cGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAgg < 1:17417095/68‑1 (MQ=255) cGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAgg < 1:28047299/68‑1 (MQ=255) cGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAgg < 1:3699217/68‑1 (MQ=255) cGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAg > 1:4483609/1‑67 (MQ=255) ggTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAgg > 1:12388418/1‑67 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACa > 1:2167960/1‑68 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACa > 1:20255706/1‑68 (MQ=255) aCGCCGCATCCTGCATTCGGTGCGCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:23210458/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:18812610/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:13640563/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:29784355/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:30246509/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:31441452/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:6551246/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:18498664/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGt < 1:19644813/68‑1 (MQ=255) cgccgcATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGtt > 1:25944405/1‑68 (MQ=255) cgccgcATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGtt < 1:5002215/68‑1 (MQ=255) cgcATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGtttt < 1:1995171/67‑1 (MQ=255) aTCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACaa < 1:1764335/68‑1 (MQ=255) tCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAAc > 1:23625969/1‑68 (MQ=255) ccGGCATTCGGGGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACg < 1:11555468/68‑1 (MQ=255) cGGCTTTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:22031736/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:25456943/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:31268977/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:12766120/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:30517485/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:20600511/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:10970275/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:11403961/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:13844177/68‑1 (MQ=255) cGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGt < 1:1448327/68‑1 (MQ=255) ggCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTa < 1:19091101/68‑1 (MQ=255) ggCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTa < 1:15723752/68‑1 (MQ=255) acgttgtaaaactgtagGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTa < 1:24303951‑M1/51‑1 (MQ=255) ttCGGTGCTCAATGCCTGATGCTACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACATCGTATTGa < 1:9043018/68‑1 (MQ=255) ttCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGa > 1:9692078/1‑68 (MQ=255) ttCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGa > 1:16767047/1‑68 (MQ=255) tCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGaa > 1:10614729/1‑68 (MQ=255) ggTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAAt > 1:31964791/1‑68 (MQ=255) gCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAAtt > 1:5476296/1‑66 (MQ=255) tCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTg > 1:6217931/1‑68 (MQ=255) tCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTg > 1:13465272/1‑68 (MQ=255) tCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTg > 1:17245355/1‑68 (MQ=255) tCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTg > 1:3370030/1‑68 (MQ=255) aaTGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGt < 1:12179734/68‑1 (MQ=255) aaTGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGt < 1:7316450/68‑1 (MQ=255) aaTGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGt < 1:31597069/68‑1 (MQ=255) aaTGCCTGATGCGACGCTAACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGATATTGCTGGt < 1:265252/68‑1 (MQ=255) aTGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTgggt > 1:28580312/1‑66 (MQ=255) aTGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGGTTTGAAATTGCTGGtt > 1:8452744/1‑68 (MQ=255) tGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGttt < 1:4173794/68‑1 (MQ=255) GCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGtttt < 1:22228480‑M1/68‑1 (MQ=255) GCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGtttt < 1:9400901‑M1/68‑1 (MQ=255) GCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGtttt < 1:9756383‑M1/68‑1 (MQ=255) | TGAGGATGCTAAGGCTGTTGTAGACCGGAAACGGTGTTCACGCCGCATCCGGCATTCGGTGCTCAATGCCTGATGCGACGCTTACCGCGTCTTATCAGGCCTACAGTTTTACAACGTATTGAAATTGCTGGTTTT > CP009273/4618493‑4618627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |