| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4506708 = | 332 (0.860) | 22 (0.070) | 11/94 | NT | 7.9% | coding (827/954 nt) | fecR | FecI pro‑sigma factor; transmembrane signal transducer for ferric citrate transport; periplasmic FecA:ferric citrate sensor and cytoplasmic FecI ECF sigma factor activator |
| ? | CP009273 | 4506742 = | 231 (0.710) | coding (793/954 nt) | fecR | FecI pro‑sigma factor; transmembrane signal transducer for ferric citrate transport; periplasmic FecA:ferric citrate sensor and cytoplasmic FecI ECF sigma factor activator | |||||
Only 100 of 476 total aligned reads displayed.
TTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTC > CP009273/4506675‑4506809 | ttCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCg < 1:8465252/68‑1 (MQ=255) tCAGCGGGAACGTCCCTCTCTGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCgg < 1:28752919/68‑1 (MQ=255) tCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCCCGCCGTTGCgg > 1:12742216/1‑68 (MQ=255) tCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCgg > 1:1865069/1‑68 (MQ=255) tCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCgg > 1:30173296/1‑68 (MQ=255) tCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCgg < 1:11159615/68‑1 (MQ=255) tCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCgg > 1:26378239/1‑68 (MQ=255) tCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCgg < 1:12269737/68‑1 (MQ=255) tCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCgg > 1:25961439/1‑68 (MQ=255) tCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCgg < 1:25623529/68‑1 (MQ=255) tCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCgg > 1:7155033/1‑68 (MQ=255) tCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCgg > 1:17224977/1‑68 (MQ=255) tCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCgg > 1:8046264/1‑68 (MQ=255) cGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAAc > 1:32029255/1‑68 (MQ=255) gggAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTa < 1:17084179/65‑1 (MQ=255) gggAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAAc < 1:8911523/67‑1 (MQ=255) gAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACgg < 1:15240945/67‑1 (MQ=255) tgatagccacgctaacccgttaccgccacggcgtgctgcgctgcgatcccgccgttgcGGTAACggg < 1:16655352‑M2/9‑1 (MQ=255) tgatagccacgctaacccgttaccgcaacggcgtgctgcgctgcgatcccgccgttgcGGTAACggg < 1:3753399‑M2/9‑1 (MQ=255) cgatagccacgctaacccgtaaccgcaacggcgggctgcgctgcgatcccgccggggcGGTAACgg < 1:3423257‑M2/8‑1 (MQ=255) aCGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGtt < 1:5310135/68‑1 (MQ=255) tacccacgctaacccgttaccgcaacggcgtgctgcgctgcgatcccgccgttgcGGTAACGGGTTAg < 1:29949406‑M2/13‑1 (MQ=255) gTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAg < 1:19737626/68‑1 (MQ=255) agccacgctaacccgttaccgcaccggcgtgctgcgctgcgagcccgccgttgcGGTAACGGGTTAGc < 1:1883970‑M2/14‑1 (MQ=255) agccacgctaacccgttaccGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGc < 1:30288358‑M1/48‑1 (MQ=255) gccacgctaacccgttaccGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCTCGCCGTGGCGGTGCCGGGTTAGCg < 1:26944161‑M1/49‑1 (MQ=255) cccGCTCAGGTGCATCCCGGCAACGTCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGc < 1:28364015/67‑1 (MQ=255) cccGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGc < 1:1343978/67‑1 (MQ=255) cccGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCg > 1:14313458/1‑68 (MQ=255) cccGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCg > 1:28083349/1‑68 (MQ=255) ccacgctaacccgttaccGCAACGGCGGGATCGCCGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGt < 1:5719038‑M1/50‑1 (MQ=255) ccGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGt < 1:8741459/68‑1 (MQ=255) gCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTgg < 1:9452774/68‑1 (MQ=255) gCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTgg < 1:30855893/68‑1 (MQ=255) cTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTg > 1:2733959/1‑66 (MQ=255) tgaGGAGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCATCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGc < 1:31702453/65‑1 (MQ=255) tCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGc < 1:7442253/67‑1 (MQ=255) tCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGc < 1:6380184/67‑1 (MQ=255) tCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGc < 1:28602246/67‑1 (MQ=255) tCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGc < 1:11273479/67‑1 (MQ=255) tCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGc < 1:31561806/67‑1 (MQ=255) tCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCt > 1:11793652/1‑68 (MQ=255) tCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCt > 1:24851293/1‑68 (MQ=255) gcgcAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACgg < 1:18310751/52‑1 (MQ=255) cgcAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtca > 1:215547/1‑67 (MQ=255) cgcAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtca > 1:228571/1‑67 (MQ=255) gcAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtcac < 1:16321127/67‑1 (MQ=255) gcAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtcac < 1:20840358/67‑1 (MQ=255) gcAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtcac < 1:10474990/67‑1 (MQ=255) gcAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtca > 1:10895543/1‑66 (MQ=255) gcAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtca > 1:14750215/1‑66 (MQ=255) gcAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtca > 1:5156216/1‑66 (MQ=255) ccgttaccGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtca < 1:12596675‑M1/58‑1 (MQ=255) cccGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtcacctca > 1:25393312/1‑67 (MQ=255) cccGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtcacctca > 1:16168958/1‑67 (MQ=255) ccGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtcacctcacc < 1:31406777/68‑1 (MQ=255) ccGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtcacctcac < 1:17424528/67‑1 (MQ=255) ccGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtcacctcac < 1:20333229/67‑1 (MQ=255) AACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCCCCCAGCg < 1:2225443‑M1/68‑1 (MQ=255) AACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGc > 1:19064010‑M1/1‑67 (MQ=255) AACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGc > 1:7692752‑M1/1‑67 (MQ=255) AACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGc > 1:3548992‑M1/1‑67 (MQ=255) CGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGt > 1:4357596‑M1/1‑68 (MQ=255) GGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGtt < 1:13801447‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTa < 1:24162517‑M1/68‑1 (MQ=255) aTCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCCCCTCACCCAGCGGTTTATc > 1:19244349/1‑66 (MQ=255) aTCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCg < 1:6032882/67‑1 (MQ=255) aTCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCg < 1:30563815/67‑1 (MQ=255) tCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCt < 1:11550045/68‑1 (MQ=255) agcgcagcACGTCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTTTCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGaa > 1:13629750/1‑67 (MQ=255) agcgcagcACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGaa < 1:462771/67‑1 (MQ=255) gcgcagcACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGaa > 1:16236038/1‑66 (MQ=255) gcagcaCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAGGc < 1:21861932/66‑1 (MQ=255) gcagcaCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAg < 1:20094318/65‑1 (MQ=255) gcagcaCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAg < 1:17819028/65‑1 (MQ=255) gcagcaCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAg < 1:15707701/65‑1 (MQ=255) gcagcaCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAg < 1:4799108/65‑1 (MQ=255) gcagcaCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGc < 1:6220006/66‑1 (MQ=255) gcagcaCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGc < 1:6594147/66‑1 (MQ=255) gcagcaCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGc < 1:15491429/66‑1 (MQ=255) gcagcaCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGc < 1:10002887/66‑1 (MQ=255) gcagcaCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTc > 1:23313731/1‑68 (MQ=255) gcagcaCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTc > 1:10242294/1‑68 (MQ=255) gcaCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAgg > 1:9797003/1‑68 (MQ=255) gcaCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAgg > 1:3628130/1‑68 (MQ=255) gcaCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAgg > 1:2946830/1‑68 (MQ=255) aCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAgg < 1:27233223/66‑1 (MQ=255) aCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGa < 1:23193318/67‑1 (MQ=255) aCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGa < 1:21153684/67‑1 (MQ=255) aCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGAt > 1:15875350/1‑68 (MQ=255) gccgttgcGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATg > 1:24574976‑M2/9‑67 (MQ=255) gccgttgcGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGt < 1:26155275‑M2/60‑1 (MQ=255) gccgttgcGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGt < 1:17988955‑M2/60‑1 (MQ=255) gccgttgcGGTAACGGGGTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGt < 1:547767‑M2/60‑1 (MQ=255) cgttgcGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTcc < 1:23510381‑M2/62‑1 (MQ=255) cgttgcGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTc < 1:14468314‑M2/61‑1 (MQ=255) tgcGGTAAGGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTc < 1:2262586‑M2/65‑1 (MQ=255) ggTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGt < 1:27760897/67‑1 (MQ=255) ggTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGt > 1:14198323/1‑67 (MQ=255) ggTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTc < 1:9180335/68‑1 (MQ=255) | TTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTC > CP009273/4506675‑4506809 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |