| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 699831 = | 272 (0.710) | 25 (0.080) | 8/96 | NT | 10.4% | coding (432/1947 nt) | nagE | fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components |
| ? | CP009273 | 699861 = | 196 (0.590) | coding (462/1947 nt) | nagE | fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components | |||||
Only 100 of 384 total aligned reads displayed.
TGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCT > CP009273/699795‑699928 | tgtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCgg < 1:11123078/68‑1 (MQ=255)tgtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCgg < 1:27286817/68‑1 (MQ=255) tccactcgccgcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccgg < 1:30301791‑M2/2‑1 (MQ=255) tccactcgccgcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGt < 1:20685316‑M2/3‑1 (MQ=255) tccactcgccgcctgcatggatagcgtgctgtaccGGCGGGCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:28575913‑M1/33‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:6972209/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:19755565/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:4457080/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:2568671/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:4250512/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGAGGCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:18832119/68‑1 (MQ=255) gCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTAc < 1:8844218/68‑1 (MQ=255) tcgccgcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTACAGc < 1:21522267‑M2/8‑1 (MQ=255) gATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGc < 1:9239315/68‑1 (MQ=255) cgccgcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTACAGCa < 1:4288969‑M2/9‑1 (MQ=255) cgccgcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTACAGCa < 1:8325371‑M2/9‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc > 1:2670234/1‑68 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc < 1:16669888/68‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc > 1:30741135/1‑68 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc < 1:21389550/68‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGACCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCa < 1:28959138/67‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGAGTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc < 1:6602951/68‑1 (MQ=255) gccgcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTACAGCAc < 1:25927659‑M2/10‑1 (MQ=255) tGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACg < 1:13375244/68‑1 (MQ=255) gcctgcatggatagcgggctgtaccggcggccagacgcaaccaaaaatggccgccGGTACAGCACGCt < 1:2531586‑M2/13‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:22658337/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:16453898/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:15818394/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:11448171/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTa < 1:17793180/68‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTa < 1:16156754/68‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTa < 1:12971329/68‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTa < 1:24653257/68‑1 (MQ=255) ctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTACAGCACGCTAt < 1:23389831‑M2/15‑1 (MQ=255) aCCGTATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:3024032/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:31292354/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:31779141/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:29310759/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:10050139/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:25170352/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGGGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:3898042/68‑1 (MQ=255) ggcatggagcgcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaagggccgccGGTACAGCACGCTATc < 1:13465288‑M2/16‑1 (MQ=255) ccGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATc < 1:9752609/68‑1 (MQ=255) ccGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATc < 1:11915453/68‑1 (MQ=255) ccGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATc < 1:15330142/68‑1 (MQ=255) gATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCAt > 1:17153574/1‑68 (MQ=255) aTTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCag > 1:22142378/1‑66 (MQ=255) aTTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCAt > 1:28190551/1‑67 (MQ=255) atagcgtgctgtaccGGCGGCGATTTTTGGTTAGGTCTGGCCGCCGGTTCAGCACGCTATCCATGCAg < 1:8929623‑M1/53‑1 (MQ=255) tctGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCTCGCTATCCATGCAggc > 1:29960035/1‑68 (MQ=255) tctGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAggc > 1:28268898/1‑68 (MQ=255) ctGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAggcg > 1:17456937/1‑68 (MQ=255) gtgctgtaccGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAggcggc < 1:27016088‑M1/58‑1 (MQ=255) gCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAggcggc > 1:12722610/1‑68 (MQ=255) tgctgtaccGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGgcggcg < 1:6831372‑M1/59‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCCCGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:3387174/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa < 1:10225566/68‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:4827857/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:13111888/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:25500922/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:12348109/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:11760700/1‑68 (MQ=255) gCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCCTGCAGGCGGCGAGTGGa > 1:15481556/1‑68 (MQ=255) gCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGa > 1:27333439/1‑68 (MQ=255) gCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGa > 1:15766010/1‑68 (MQ=255) gCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGa > 1:30843384/1‑68 (MQ=255) gCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGa < 1:2970745/68‑1 (MQ=255) accGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGa < 1:21857268‑M1/65‑1 (MQ=255) tGGCGGCCATTTCTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATc < 1:23096927/68‑1 (MQ=255) GGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCg < 1:16864408‑M1/68‑1 (MQ=255) GGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCg < 1:23844848‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCCCGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:14103476‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGCTCGtt < 1:27822035‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:5498196‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:29462723‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:2092132‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:8188666‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGt > 1:16720291‑M1/1‑67 (MQ=255) CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGt > 1:7507182‑M1/1‑67 (MQ=255) CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGt > 1:32100004‑M1/1‑67 (MQ=255) GGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGttt > 1:17320565‑M1/1‑68 (MQ=255) GGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGttt > 1:9407940‑M1/1‑68 (MQ=255) GGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGttt > 1:17719182‑M1/1‑68 (MQ=255) tttGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCggg < 1:15047452/68‑1 (MQ=255) ggTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcgc < 1:27401319/68‑1 (MQ=255) gTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcgc > 1:26360164/1‑67 (MQ=255) gTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcgc > 1:25840894/1‑67 (MQ=255) ttACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcgc > 1:20104360/1‑66 (MQ=255) ttACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcgc > 1:7272768/1‑66 (MQ=255) tACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcgcgc < 1:5861456/67‑1 (MQ=255) cggcTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTgg < 1:19291716/65‑1 (MQ=255) cGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTgg < 1:31109385/68‑1 (MQ=255) gTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTggg > 1:18262056/1‑68 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:14484259/67‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:18552007/67‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:31528687/67‑1 (MQ=255) gccgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCg > 1:23019314‑M2/7‑68 (MQ=255) gccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTa < 1:22358821‑M2/65‑1 (MQ=255) cGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTAt < 1:6322312‑M2/66‑1 (MQ=255) ggTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCt > 1:24107735/1‑68 (MQ=255) | TGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCT > CP009273/699795‑699928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |