| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2787742 = | 396 (1.030) | 33 (0.100) | 10/96 | NT | 9.8% | coding (131/1401 nt) | gabP | gamma‑aminobutyrate transporter |
| ? | CP009273 | 2787778 = | 271 (0.820) | coding (167/1401 nt) | gabP | gamma‑aminobutyrate transporter | |||||
Only 100 of 493 total aligned reads displayed.
GTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATGGCGGTTGCCACGCCCGATACCGGTTCGTT > CP009273/2787711‑2787844 | gTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCt < 1:19483633/68‑1 (MQ=255)gTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCt < 1:15327626/68‑1 (MQ=255) cGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTAc < 1:9896756/68‑1 (MQ=255) cGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTAc < 1:13480401/68‑1 (MQ=255) ggTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCt > 1:11836791/1‑65 (MQ=255) ggTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCGGTTCGCCGGGCt > 1:3012785/1‑65 (MQ=255) tCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggt < 1:1732742/68‑1 (MQ=255) tCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggt < 1:23973535/68‑1 (MQ=255) tCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggt < 1:19156156/68‑1 (MQ=255) ccAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggtg < 1:14076876/68‑1 (MQ=255) ccAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggtg < 1:30835584/68‑1 (MQ=255) ccAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggtg < 1:2153652/68‑1 (MQ=255) ctgCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggtgg < 1:6851859/66‑1 (MQ=255) ccgcataatcataaccaccagtagcccggcgaacagataggccagtaataccgccgggcTACtggtgg < 1:13005733‑M2/9‑1 (MQ=255) ccgcataatcataaccaccagtagcccggcgaacagataggccagtaataccgccgggcTACtggtgg < 1:26623861‑M2/9‑1 (MQ=255) ccgcataatcataaccaccagtaccccggcgaacagataggccagtaataccgccgggcTACtggtgg < 1:11632921‑M2/9‑1 (MQ=255) ccccataatcatacccaccagtagcccggcgaacagataggccagtaataccgccgggcTACtggtgg < 1:5722797‑M2/9‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCTCCGAAGCGGGCCGGTCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggagg < 1:16762175/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggtgg < 1:29411551/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggtgg < 1:17100921/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggtgg < 1:21676189/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggtgg < 1:8714782/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggtgg < 1:2527730/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggtgg < 1:24376691/68‑1 (MQ=255) cAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggtgg < 1:13987237/68‑1 (MQ=255) gcataatcataaccaccagtagcccggcgaacagataggccagtaataccgccgggcTACTGGTGGtt < 1:2419448‑M2/11‑1 (MQ=255) gCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACtggtg < 1:31566038/65‑1 (MQ=255) cGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTa > 1:9057711/1‑68 (MQ=255) taatcataaccaccagtagcccggcgaacagataggccagtaataccgccgggcTACTGGTGGTTATg < 1:26998981‑M2/14‑1 (MQ=255) ataaccaccagtagcccggcgaacagataggccagtaataccgccgggcTACTGGTGGTTATGATTAt < 1:29805964‑M2/19‑1 (MQ=255) aTCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTAt < 1:28597404/68‑1 (MQ=255) ccaccagtaGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCgg < 1:9724609‑M1/59‑1 (MQ=255) ccaccagtaGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCgg < 1:23291706‑M1/59‑1 (MQ=255) ccaccagtaGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCgg < 1:19748579‑M1/59‑1 (MQ=255) ccaccagtaGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCgg < 1:20949439‑M1/59‑1 (MQ=255) ccaccagtaGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCgg < 1:27735190‑M1/59‑1 (MQ=255) ccaccagtaGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCgg < 1:22164043‑M1/59‑1 (MQ=255) ccaccagtaGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGGGGGTATGAGTATGCgg < 1:15645536‑M1/59‑1 (MQ=255) cGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGa > 1:28135223/1‑68 (MQ=255) 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aGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGc < 1:25069064‑M1/67‑1 (MQ=255) aGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGc < 1:14205614‑M1/67‑1 (MQ=255) aGCCCGGCGGTAGTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGc < 1:15782379‑M1/67‑1 (MQ=255) aGCCCGGCGGGATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGc < 1:23663382‑M1/67‑1 (MQ=255) CCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCgg < 1:12040608‑M1/68‑1 (MQ=255) CCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGa > 1:22476930‑M1/1‑68 (MQ=255) GGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGaaa < 1:17766921‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCTGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATg < 1:7876637‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATg < 1:12545873‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGCGGAAATg < 1:12881849‑M1/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |