Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,991,409 | A→C | 5.7% | S23R (AGC→CGC) | uvrD → | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,991,409 | 0 | A | C | 5.7% | 1792.4 / 6.3 | 623 | S23R (AGC→CGC) | uvrD | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (224/348); new base C (45/5); total (269/354) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.25e-13 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 658 total aligned reads displayed.
AATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCC > CP009273/3991342‑3991474 | tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACATCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcag > 1:652652/1‑67 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCgcagc > 1:3028623/1‑68 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCCAc > 1:5806433/1‑67 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAcc < 1:25549492/68‑1 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:27461549/67‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:19068779/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:28098586/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:9352395/68‑1 (MQ=255) tCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAAcca > 1:13760267/1‑64 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:11233655/68‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:14858034/68‑1 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTATTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGc > 1:5382528/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCAACCGTCTGGTgg > 1:8593699/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGt > 1:17717743/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCGGGTGc > 1:28285916/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCAACCTTCTGGt > 1:22091525/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCAACCTTCAGGt > 1:12300389/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCCACCTTCTGGt > 1:15431188/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:23507621/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:27611190/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:21735525/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:31734704/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:31067106/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGc > 1:11409743/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGt > 1:9154304/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAACCCTCgggggg > 1:2997406/1‑65 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCCCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:12200876/1‑66 (MQ=255) caggcgatacgatgcaccagtacgcgcgtcttaccactgcccgcgccaCGCAGCAACCTTCTGGt < 1:25941577‑M1/17‑1 (MQ=255) tCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCACCAACCATGTGGTGCTggcg > 1:23174765/1‑68 (MQ=255) 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aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:18855658/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:30826634/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:26706330/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:17304440/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:15941394/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:8304861/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:3811585/68‑1 (MQ=255) aaaCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCATTGGTaa > 1:10677784/1‑68 (MQ=255) aaCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGTGCTGGGGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:26194280/1‑68 (MQ=255) aaCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCACGCAGCAAACATCTGGTGCTGGAGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:25232464/1‑68 (MQ=38) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCCACCTTCTGGGGCTGGCGGGCGCGGGCCGGGGTAAg > 1:24792030/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:7936926/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:10286858/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:10072475/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:8798701/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGa < 1:4208998/68‑1 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGGGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:12723483/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCGGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGGGGTaac > 1:10940327/1‑66 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCATCTTGTGCTGGCGGGCGCGGGGAGTGGTAAg > 1:23831596/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCCGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:17134856/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAACCTTCAGGTGCTGGCGGGCCCGGGCATTGGTAAg > 1:593350/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCACGCAGCCACCATCTGGTGCGGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:21400742/1‑67 (MQ=255) aGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCCGCAACCGTGTGGTGCGGGGGGGCGCGGGGAGGGGGTAGAc > 1:18624191/1‑67 (MQ=255) aGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCAGCCACCATCGGGTGGTGGGCGGCGCGGGGAGTGGGTAGAc > 1:2263532/1‑67 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCAGCAACCTTCTGGTGCTGGGGGGGGCGGGCAGTGGGAAAAcgcgc > 1:314746/1‑68 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:3680940/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:29234591/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:13141833/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcg < 1:1612408/65‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcg < 1:18259563/65‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcg < 1:19596452/65‑1 (MQ=255) gAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGt < 1:20008027/68‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:32096112/67‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:26311057/67‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:21032753/67‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:15664658/67‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:11680164/67‑1 (MQ=255) gCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGGTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgcgg > 1:15092711/1‑64 (MQ=255) ccactgcccgcgccaCGCCGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGt < 1:9657201‑M1/50‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:13522377/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:8121095/66‑1 (MQ=255) actgcccgcgcccCGCAGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCGGTGGTAAGACGCGCGGACTgg < 1:14408373‑M1/55‑1 (MQ=255) actgcccgcgccaCGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGGGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:22275765‑M1/55‑1 (MQ=255) tGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGt < 1:28677182/67‑1 (MQ=255) cccGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTgga > 1:31371968/2‑66 (MQ=255) cccGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCa > 1:21892975/2‑68 (MQ=255) ccGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCa > 1:24517884/1‑67 (MQ=255) ccGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCa > 1:7740854/1‑67 (MQ=255) cgcgCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCAt < 1:16587985/67‑1 (MQ=255) gcgcCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCg < 1:5669808/68‑1 (MQ=255) 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gcagcaACCTTCTGGAGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGcc < 1:4791142/68‑1 (MQ=255) | AATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCC > CP009273/3991342‑3991474 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |