| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,586,312 | T→G | 10.2% | V169G (GTC→GGC) | yjjN → | L‑galactonate oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,586,312 | 0 | T | G | 10.2% | 898.0 / 10.6 | 342 | V169G (GTC→GGC) | yjjN | L‑galactonate oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (195/103); new base G (2/40); total (197/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.88e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 378 total aligned reads displayed.
CCTTTCGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGGCGCACAGGTGGTGGTG > CP009273/4586245‑4586379 | tCGCTATTCGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGGcggg < 1:302635/68‑1 (MQ=255) tCGCTATTAGCGCTCCTGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCTAGCAGTTGCTGGTGGTcggg < 1:26128634/68‑1 (MQ=255) tCGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTcggg < 1:1283884/68‑1 (MQ=255) gccctactaGCGCTCATGCGGAGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTcggg < 1:9601010/65‑1 (MQ=255) cGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTcgggg < 1:22536452/68‑1 (MQ=255) cGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTcgggg < 1:11252598/68‑1 (MQ=255) gCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTcggggc > 1:3978007/1‑68 (MQ=255) cTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTcggggcg > 1:12147981/1‑68 (MQ=255) cTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTcggggcg > 1:13149600/1‑68 (MQ=255) tATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTcggggcgg > 1:24646334/1‑68 (MQ=255) aTTCGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGgcggggcggg < 1:23572978/68‑1 (MQ=255) aTTAGCGCTCTTGCGGGGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGGGAGCAGGTGCTGGTGGTcggggcggg < 1:32108475/68‑1 (MQ=255) aTTAGCGCTCATGCGGTGCGGCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTcggggcggg < 1:6111147/68‑1 (MQ=255) aTTACCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCTGGTGCTGGGGGgcggggcggg < 1:19120304/68‑1 (MQ=255) ttAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTcggggcgggg < 1:24272190/68‑1 (MQ=255) ttAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTcggggcggg > 1:11754454/1‑67 (MQ=255) aGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGcc > 1:3756601/1‑68 (MQ=255) aGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGcc > 1:15733964/1‑68 (MQ=255) cgcTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGTGCCaa > 1:29640642/1‑68 (MQ=255) cgcTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCaa > 1:2803787/1‑68 (MQ=255) cgcTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCaa > 1:31272569/1‑68 (MQ=255) cgcTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCaa > 1:6612836/1‑68 (MQ=255) cgcTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCaa > 1:22235983/1‑68 (MQ=255) cgcTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCaa > 1:19202854/1‑68 (MQ=255) cgcTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCaa > 1:10272104/1‑68 (MQ=255) cgcTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCaa > 1:15349282/1‑68 (MQ=255) cTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCAAt > 1:28590365/1‑67 (MQ=255) cATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCAATCgg < 1:7126586/68‑1 (MQ=255) aTGCGGTGCGTCGCGCATCCTTTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCAATCGGt < 1:21812442/68‑1 (MQ=255) 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gCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGAt > 1:18648091/1‑68 (MQ=255) gCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGAt > 1:6478813/1‑68 (MQ=255) cGAGCAGGTGCTGGGGGTCGGGGCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGAt < 1:8069013/67‑1 (MQ=255) cGAGCAGGTGCTGGGGGGCGGGGCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGAt < 1:3459381/67‑1 (MQ=255) gCAGGTGCTGGTGGGCGGGGCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGgc < 1:16166259/67‑1 (MQ=255) gCAGGTGCTGGTGGGCGGGGCGGGGCCAATCGGGCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGgc < 1:30095498/67‑1 (MQ=255) gCAGGTGCTGGGGGGCGGGGCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGgc < 1:16540320/67‑1 (MQ=255) aGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGgcgc < 1:7304694/67‑1 (MQ=255) aGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGgcgc > 1:4638258/1‑67 (MQ=255) aGGTGCTGGTGGGCGGGGCGGGGCCAATCGGGCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGgc < 1:10739420/65‑1 (MQ=255) 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tCGGGGCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGGCGCACAGgtggtggtg > 1:12381402/1‑68 (MQ=255) | CCTTTCGCTATTAGCGCTCATGCGGTGCGTCGCGCAGCCATTGCTCCCGGCGAGCAGGTGCTGGTGGTCGGGGCGGGGCCAATCGGTCTGGGCGCGGCGGCAATCGCTAAAGCCGATGGCGCACAGGTGGTGGTG > CP009273/4586245‑4586379 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |