| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 930,950 | A→C | 12.8% | Q757H (CAA→CAC) | ftsK → | DNA translocase at septal ring sorting daughter chromsomes |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 930,950 | 0 | A | C | 12.8% | 692.5 / 13.2 | 298 | Q757H (CAA→CAC) | ftsK | DNA translocase at septal ring sorting daughter chromsomes |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/181); new base C (17/15); total (91/207) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.35e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATAT > CP009273/930883‑931013 | ttgttgAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGcaacaa < 1:27655447/68‑1 (MQ=255)ttgttgAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGcaacaa < 1:13823187/68‑1 (MQ=255) aCCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCAGtt < 1:29742948‑M2/67‑3 (MQ=255) aCCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAGCCAGtt < 1:12631650‑M2/67‑3 (MQ=255) aCCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGtt < 1:24025683‑M2/67‑3 (MQ=255) aCCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGtt < 1:21522300‑M2/67‑3 (MQ=255) aCCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGtt < 1:5472103‑M2/67‑3 (MQ=255) aCCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCCCAACAGCCAGtt < 1:14415053‑M2/67‑3 (MQ=255) 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gCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAat < 1:7430867/68‑1 (MQ=255) aacaacCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACaa < 1:19555164/65‑1 (MQ=255) | TTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATAT > CP009273/930883‑931013 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |