| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2749471 | 385 (0.810) | 25 (0.070) | 10/90 | NT | 7.0% | intergenic (+734/‑47) | smpB/intA | trans‑translation protein/CP4‑57 prophage; integrase |
| ? | CP009273 | = 2749488 | 353 (0.920) | intergenic (+751/‑30) | smpB/intA | trans‑translation protein/CP4‑57 prophage; integrase | |||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2749396‑2749471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taggcccaacgTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT < CP009273/2749488‑2749423 CCTCAATTTGTCCCGCGAATTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:3825578/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:6542082/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:27220324/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:5882155/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:35435957/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:4628531/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:15060518/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:18707563/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:14223370/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:30076112/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:36002681/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:36834078/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:8911144/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:21629065/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:33089974/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:22784441/68‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:18909424/67‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG < 1:12189890/67‑1 CCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGG > 1:938554/1‑67 CCTCAAATTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGC < 1:25104205/68‑1 TCAATTTGTCCAGCGAAGTCCGAAGATAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCGATTGATAGGCCC < 1:6956318/68‑1 ATTTGTCCGGCGAAGTCCGAATAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC < 1:6888575/68‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGACCCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC < 1:22877390/68‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC < 1:13393238/68‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC < 1:37033218/68‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC < 1:39630537/68‑1 ATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAAC > 1:19030055/1‑68 TTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGATAACTAATTAAATCAGAACCTGTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACt > 1:4869324/1‑67 TTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG > 1:3353115/1‑68 TTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG > 1:11256961/1‑68 TTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG > 1:10567901/1‑68 GAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCC > 1:33104295/1‑43 ACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTCACCAATAGAGCTGTTCGGTGG > 1:39140109/1‑67 TCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATG > 1:29917749/1‑68 TCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTGTTCGTTGGGCCTATCAATG > 1:7992191/1‑68 CCGAAGCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGCGCTTTTCGTTGAGCCGATCAATGG > 1:28375346/1‑68 TTAGGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAcg < 1:21453604/68‑3 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAATCAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGg > 1:26427604/1‑66 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACCATAGCGCTTTTAGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGT > 1:38744371/1‑67 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGTGGTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGT > 1:31755714/1‑67 GGCCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGT > 1:1711420/1‑67 CCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCG > 1:37836561/1‑68 CCCATTGATAGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAAGGGGCCTAAAAGGTGCG > 1:9169464/1‑68 AGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATT > 1:12505790/1‑68 AGGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATT > 1:28874527/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGTTTTAATTA > 1:13990284/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:39337315/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:15266219/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:7805061/1‑68 GGCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTA > 1:8376474/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:4277051/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:19108246/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:31718007/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:27080830/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:33245734/1‑68 GCCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAG > 1:13687551/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:10895768/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:33904372/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:34403050/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:34496373/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:6410071/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:35904346/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:37427061/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:31536525/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:24142149/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:15111973/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:14542990/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:26944463/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:30345661/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:12037579/1‑68 CCCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:29945466/1‑68 cccACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:3774508/4‑67 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:20963655/1‑67 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:20330766/1‑67 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:27984400/1‑67 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT < 1:21881386/67‑1 CCAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT > 1:17775490/1‑67 CAACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTC < 1:25338177/68‑1 ACGTAAACAATATAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:1684781/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:16186149/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:10948295/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:18258759/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:32276953/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:13927142/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:1303471/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:22967995/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:2476554/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:26304520/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:28218795/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:30582178/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:31161813/68‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGT < 1:17599024/64‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGT < 1:21124549/49‑1 ACGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGGTCGGATTTAATTAGTTCTC < 1:2573386/68‑1 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT < 1:5176814/68‑1 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT < 1:25887787/68‑1 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:1598490/1‑68 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:36255363/1‑68 CGTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT > 1:29251888/1‑68 GTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGC < 1:15534151/38‑1 GCCCTCAATTTGTCCCGCGAAGTCCGAAGAGAACTAATTAAATCCGAACCTTTTAGGCCCATTGATAGGCCCAACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2749396‑2749471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taggcccaacgTAAACAATAGAGCTTTTCGTTGGGCCTATCAATGGGCCTAAAAGGTTCGGATTTAATTAGTTCTCT < CP009273/2749488‑2749423 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |