| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4559156 = | 730 (1.540) | 4 (0.010) | 4/96 | NT | 0.68% | pseudogene (342/921 nt) | yjiP | pseudogene, transposase_31 family protein |
| ? | CP009273 | 4559196 = | 550 (1.350) | pseudogene (382/921 nt) | yjiP | pseudogene, transposase_31 family protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 815 total aligned reads displayed.
CTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGT > CP009273/4559090‑4559220 | ttccgtgcggtagtcgggtcggcaaattcgtccagccagcacagggaccaggggtaaggactacgGCt < 1:10598452‑M1/3‑1 (MQ=255) tCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTAc < 1:23839115/68‑1 (MQ=255) gCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCg > 1:38694098/1‑68 (MQ=255) gCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCg > 1:30615993/1‑68 (MQ=255) gCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCg > 1:1458459/1‑68 (MQ=255) tGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTc > 1:11326116/1‑68 (MQ=255) gcTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATc < 1:31044306/68‑1 (MQ=255) gcTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATc < 1:25339018/68‑1 (MQ=255) tCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt < 1:34840532/68‑1 (MQ=255) tCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt > 1:33446460/1‑68 (MQ=255) tCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt < 1:25869881/68‑1 (MQ=255) aTGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCt > 1:19118323/1‑68 (MQ=255) aTGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCt > 1:19877879/1‑68 (MQ=255) aTGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGGCATCCCGATGCt > 1:36290309/1‑68 (MQ=255) ggCGGTGTTGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCttt < 1:5029763/68‑3 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATTTAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt > 1:2359552/1‑68 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATATACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt < 1:13175909/68‑1 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt < 1:31544755/68‑1 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt > 1:24488114/1‑68 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt > 1:26712446/1‑68 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt < 1:4316008/68‑1 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt > 1:6078422/1‑68 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt > 1:28487142/1‑68 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt > 1:6438830/1‑68 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt > 1:9268846/1‑68 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt < 1:18220017/68‑1 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt < 1:17860427/68‑1 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt > 1:10012519/1‑68 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt > 1:1357887/1‑68 (MQ=255) 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cgcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTa > 1:17589182/1‑67 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAg > 1:33053289/1‑67 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAg > 1:36657918/1‑67 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAg > 1:2129069/1‑67 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAg > 1:12653506/1‑67 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAg > 1:9757725/1‑67 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAg > 1:11592012/1‑67 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGc < 1:38310461/68‑1 (MQ=255) ccATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGcc > 1:3984044/1‑68 (MQ=255) cATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGcc < 1:3186747/67‑1 (MQ=255) cATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGcc < 1:37011065/67‑1 (MQ=255) cATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGcc < 1:39397982/67‑1 (MQ=255) ataGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACg > 1:21974182/1‑58 (MQ=255) ataGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAg > 1:39127287/1‑68 (MQ=255) ataGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAg > 1:29514988/1‑68 (MQ=255) ataGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAg > 1:12260231/1‑68 (MQ=255) ataGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAg > 1:1547483/1‑68 (MQ=255) ataGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAg > 1:31408907/1‑68 (MQ=255) agagCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGt > 1:1651380/1‑67 (MQ=255) agagCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGt > 1:20466169/1‑67 (MQ=255) agagCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTc < 1:27490070/68‑1 (MQ=255) agagCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTc < 1:10902024/68‑1 (MQ=255) gagCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGt > 1:26935760/1‑66 (MQ=255) gagCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGt > 1:17336704/1‑66 (MQ=255) gaccaggggtaaggcctacgGCTACCGTTGGTCATCCCGATGGGATTTTATCACGGTAGCCGTAGt < 1:23292359‑M1/46‑1 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTcc < 1:2630692/66‑1 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:32790138/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:5636675/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:30283990/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:3782857/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:14194324/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:14758006/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:36096697/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:35677018/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:35339132/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:8732029/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:25649343/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:28004826/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:25051386/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:701963/1‑68 (MQ=255) aTGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTa > 1:8094013/1‑67 (MQ=255) tGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc < 1:10327481/68‑1 (MQ=255) tGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc < 1:8313494/68‑1 (MQ=255) tGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc < 1:2079927/68‑1 (MQ=255) tGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc < 1:22795138/68‑1 (MQ=255) aTAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc > 1:34424580/1‑66 (MQ=255) aTAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc > 1:11902161/1‑66 (MQ=255) aTAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc > 1:19485302/1‑66 (MQ=255) aTAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc > 1:7303009/1‑66 (MQ=255) aTAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc > 1:6782301/1‑66 (MQ=255) aTAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc > 1:3241441/1‑66 (MQ=255) aaaCGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTg < 1:29154256/68‑1 (MQ=255) aaaCGCCAGCCGCTACCGTTGGGCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTg > 1:29982684/1‑68 (MQ=255) cGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTc < 1:8969999/68‑1 (MQ=255) cGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTc < 1:37411605/68‑1 (MQ=255) gCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTc > 1:2821515/1‑67 (MQ=255) gCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTc > 1:4684531/1‑67 (MQ=255) ccAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTc > 1:24724730/1‑66 (MQ=255) ccAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTc > 1:18407616/1‑66 (MQ=255) cGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCCCGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCtgt > 1:21556291/1‑66 (MQ=255) cGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCtgt < 1:5409664/66‑1 (MQ=255) | CTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGT > CP009273/4559090‑4559220 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |