| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 360104 = | 338 (0.710) | 547 (1.150) | 64/112 | NT | 61.8% | intergenic (‑38/+557) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | = 360286 | NA (NA) | intergenic (‑220/+375) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor | |||||
Only 100 of 1081 total aligned reads displayed.
ATCCAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAA > CP009273/360037‑360171 | aTCCAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCa > 1:28480286/1‑68 (MQ=255) aacagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattaa < 1:37253595‑M1/2‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGTTGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAAt < 1:8377830/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAAt > 1:17292018/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAAt > 1:31945814/1‑68 (MQ=255) acagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattaat < 1:35669939‑M1/3‑1 (MQ=255) acagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattaat < 1:1087806‑M1/3‑1 (MQ=255) acagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattaat > 1:8860732‑M1/66‑68 (MQ=255) acagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattaat < 1:8582024‑M1/3‑1 (MQ=255) acagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattaat < 1:12916352‑M1/3‑1 (MQ=255) taaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTg < 1:31304375‑M1/8‑1 (MQ=255) taaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTg < 1:13678485‑M1/8‑1 (MQ=255) taaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTg < 1:6933511‑M1/8‑1 (MQ=255) taaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTg < 1:15826324‑M1/8‑1 (MQ=255) acgaaacgcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgattcctggggaattAATTCCTGGCAg > 1:21996423‑M1/57‑68 (MQ=255) cgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgtgttatttgatgccgggggaattTATTCCTGGCAGt < 1:25464504‑M1/13‑1 (MQ=255) ccAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTa > 1:19114039/1‑68 (MQ=255) ccAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTa > 1:3239849/1‑68 (MQ=255) gcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATg < 1:3974519‑M1/18‑1 (MQ=255) cccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATgg > 1:250513‑M1/49‑67 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:5719887/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:34706980/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:33382052/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCGGGCAGTTTATggcg > 1:24598304/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTACGATCACCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:5369335/1‑68 (MQ=255) tctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg < 1:30860803‑M1/25‑1 (MQ=255) ctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg > 1:2431136‑M1/43‑67 (MQ=255) ctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt > 1:38852133‑M1/43‑68 (MQ=255) ctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt > 1:4634074‑M1/43‑68 (MQ=255) ctttcgaatgagcctttcgttttatttgatgcctggttaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt > 1:1480344‑M1/43‑68 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg > 1:3593003/1‑67 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg > 1:19903334/1‑67 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg > 1:25986017/1‑67 (MQ=255) aGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg > 1:27594633/1‑67 (MQ=255) tttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGGGGGCGt > 1:10509209‑M1/42‑67 (MQ=255) tttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt > 1:12526596‑M1/42‑67 (MQ=255) gCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt < 1:21352847/67‑1 (MQ=255) tcgactgagcctttcgttttatttgattcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCt > 1:21680905‑M1/40‑68 (MQ=255) tcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt < 1:7412958‑M1/26‑1 (MQ=255) tCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCt < 1:15537979/68‑1 (MQ=255) tCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCt < 1:4989068/68‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTTGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc > 1:33817845‑M1/38‑68 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:2795246‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:32213154‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:28791455‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:20098116‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:23974791‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:20891146‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:16704543‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:7744108‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:904990‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTACTGGCAGTTTATGGCGGTCGTCCTg < 1:30118565‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTACTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:26927174‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTACTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:3158773‑M1/30‑1 (MQ=255) actgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTACTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:15323377‑M1/31‑1 (MQ=255) ctgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTTccc < 1:4185157‑M1/33‑1 (MQ=255) gatAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTTGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGc < 1:26591057/68‑1 (MQ=255) gatAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGc < 1:23080088/68‑1 (MQ=255) gagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGc > 1:29203878‑M1/34‑68 (MQ=255) gagccgttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGGCCTGCCCGc > 1:1032537‑M1/34‑68 (MQ=255) tAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGcc < 1:39340604/67‑1 (MQ=255) tAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGcc > 1:22739787/1‑67 (MQ=255) aGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAcc < 1:34173413/68‑1 (MQ=255) aGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAc > 1:16452866/1‑67 (MQ=255) tttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:25634566‑M1/29‑68 (MQ=255) tttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:38645259‑M1/29‑68 (MQ=255) tttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:22512536‑M1/29‑68 (MQ=255) tttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:18729690‑M1/29‑68 (MQ=255) gCTGTCAAACATGAGAATTCCGCTCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAc > 1:3640668/1‑66 (MQ=255) gCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAc > 1:29789633/1‑66 (MQ=255) gCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAc > 1:12010793/1‑66 (MQ=255) ttcgttttattttatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCt > 1:35035127‑M1/28‑68 (MQ=255) tcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTc > 1:3281625‑M1/27‑68 (MQ=255) tGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc < 1:8090216/66‑1 (MQ=255) tGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc < 1:13536011/66‑1 (MQ=255) tGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc < 1:16993701/66‑1 (MQ=255) cgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTcc < 1:30471575‑M1/43‑1 (MQ=255) gttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCg < 1:9348296‑M1/44‑1 (MQ=255) gttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCg < 1:19588606‑M1/44‑1 (MQ=255) aaCATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCggg > 1:38078319/1‑67 (MQ=255) tttttgatgcctgggtaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGcc > 1:20344255‑M1/21‑68 (MQ=255) aCATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGcc > 1:36845523/1‑68 (MQ=255) aTGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGt > 1:17841294/1‑68 (MQ=255) ttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt > 1:13162229‑M1/18‑68 (MQ=255) ttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt < 1:11267009‑M1/51‑1 (MQ=255) tgatgcctggggaattAATTACTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt < 1:15093113‑M1/51‑1 (MQ=255) gatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:17516079‑M1/16‑68 (MQ=255) gcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTc < 1:23483293‑M1/56‑1 (MQ=255) gcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTc < 1:14064578‑M1/56‑1 (MQ=255) aTTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTc > 1:18314528/1‑68 (MQ=255) cctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGACACCCTCCGGGCCGTTGCTTc < 1:11537237‑M1/56‑1 (MQ=255) gATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTACCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAAc < 1:37487329/68‑1 (MQ=255) ggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAAc > 1:34552221‑M1/7‑67 (MQ=255) tCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt < 1:35374486/68‑1 (MQ=255) gaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt < 1:9581325‑M1/63‑1 (MQ=255) aattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt > 1:21123119‑M1/5‑67 (MQ=255) attAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTc < 1:10046173‑M1/65‑1 (MQ=255) tAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCaa < 1:16260988‑M1/67‑1 (MQ=255) tAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCaa < 1:29466416‑M1/67‑1 (MQ=255) aaTTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCaaa < 1:6508458/68‑1 (MQ=37) | ATCCAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAA > CP009273/360037‑360171 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |