| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 728285 = | NA (NA) | 10 (0.020) | 9/108 | NT | NA | coding (3247/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| ? | CP009273 | 728314 = | NA (NA) | coding (3276/4194 nt) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin | |||||
Only 100 of 391 total aligned reads displayed.
AACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGA > CP009273/728218‑728346 | aaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:15804066/1‑68 (MQ=33)aaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:10944470/1‑68 (MQ=33)aaCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:20301844/1‑68 (MQ=33) aCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTgg < 1:32826727/68‑1 (MQ=35) aCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTgg < 1:28179618/68‑1 (MQ=35) aCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:10023590/1‑67 (MQ=33) aCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:27851545/1‑67 (MQ=33) aCCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTg > 1:30139406/1‑67 (MQ=33) CGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCg > 1:14714401‑M1/1‑68 (MQ=255) CACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAg < 1:30646293‑M1/68‑1 (MQ=255) aCCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAg > 1:35983128/1‑67 (MQ=35) aCCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGa < 1:26152012/68‑1 (MQ=35) aCCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGa < 1:19618820/68‑1 (MQ=35) cGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACg > 1:28932021/1‑68 (MQ=35) cGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACg < 1:28823732/68‑1 (MQ=35) cGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACg > 1:23962267/1‑68 (MQ=35) cGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACg < 1:39340742/68‑1 (MQ=35) cGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACg < 1:34239634/68‑1 (MQ=35) cGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACg < 1:755874/68‑1 (MQ=35) gTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGt > 1:37511160/1‑68 (MQ=35) tGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGt < 1:14137417/67‑1 (MQ=35) tGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGt < 1:32224030/67‑1 (MQ=35) tGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGt < 1:15495490/67‑1 (MQ=35) tGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGt < 1:6675999/67‑1 (MQ=35) gCTGGCGATAACGCAGCTCCGCTGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGc < 1:38631737/67‑1 (MQ=11) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGc < 1:18860038/67‑1 (MQ=35) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGc < 1:26747999/67‑1 (MQ=35) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGc < 1:19531559/67‑1 (MQ=35) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGc < 1:3678845/67‑1 (MQ=35) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGc < 1:23906093/67‑1 (MQ=35) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCa > 1:27475061/1‑68 (MQ=35) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCa > 1:6898721/1‑68 (MQ=35) gCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCa > 1:17737674/1‑68 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgt < 1:35739583/68‑1 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgt < 1:28389296/68‑1 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgt < 1:11794628/68‑1 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgt < 1:5296394/68‑1 (MQ=35) tGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAg < 1:19313481/67‑1 (MQ=35) cGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgtgt < 1:13067561/67‑1 (MQ=35) cGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAgtgt < 1:12831664/67‑1 (MQ=35) cGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGtgtg > 1:29845157/1‑68 (MQ=35) cGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGtgtg > 1:1791922/1‑68 (MQ=35) aaaaCGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTgtggt > 1:32796426/1‑68 (MQ=35) aaaCGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTgtggtg < 1:38324119/68‑1 (MQ=35) gccgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccg < 1:24465298/65‑1 (MQ=35) gccgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccg < 1:35118057/65‑1 (MQ=35) gccgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCccg < 1:7214363/65‑1 (MQ=35) cgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGt < 1:31383112/68‑1 (MQ=35) cgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGt < 1:37101908/68‑1 (MQ=35) cgcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGt < 1:15032794/68‑1 (MQ=35) gcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTg < 1:8574401/68‑1 (MQ=35) gcAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTg < 1:17204255/68‑1 (MQ=35) aGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGt > 1:2223026/1‑65 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:26455010/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:26214865/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:13983228/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:35601915/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTgg < 1:22397463/67‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTg < 1:7831163/66‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTg < 1:25272794/66‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTg < 1:18131206/66‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGt < 1:6005437/68‑1 (MQ=35) cTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGt < 1:10355141/68‑1 (MQ=35) ggCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGc < 1:21373716/68‑1 (MQ=35) ggCGGATACCCTTCAGCAGGCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGGTGGTGc < 1:634361/68‑1 (MQ=255) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:25466950/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:18446359/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:4452379/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:38925473/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:13851041/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:25553985/1‑68 (MQ=35) ggATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGa > 1:9019150/1‑68 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:25742321/1‑67 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGc > 1:38730012/1‑67 (MQ=35) aCCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGGGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCt < 1:34824416/68‑1 (MQ=255) cccTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTc > 1:12046297/1‑68 (MQ=35) cTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCg > 1:33600078/1‑67 (MQ=35) ttCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTg > 1:35179631/1‑50 (MQ=38) tCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGAcc > 1:39124932/1‑68 (MQ=35) cagcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg < 1:9730751/68‑1 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:13593536/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:12502235/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:20609241/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:1613883/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:8703960/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:6168657/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:5088948/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:5023434/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:4571308/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:39585958/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:2310907/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:29172994/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:29650650/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:31077970/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:32039121/1‑66 (MQ=35) gcagTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCg > 1:34560367/1‑66 (MQ=35) ccagTCCGGTGGCGAAGACGGGGGCAGTGGGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGc < 1:16670197/67‑1 (MQ=11) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTg > 1:38149719/1‑68 (MQ=35) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTg > 1:36639715/1‑68 (MQ=35) agTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTg > 1:13537900/1‑68 (MQ=35) | AACCGCCACCGGTGAGCTGGCGAAAACGCAGCGCCGCAGCCTGGCGGATACCCTTCAGCAGTCCGGTGGCGAAGACGGTGGCAGTGTGGTGTTCCCGCCGGTGCTGGTGCAGATGCTCGACCGGCTGGA > CP009273/728218‑728346 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |