| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2436008 | 315 (0.660) | 16 (0.040) | 7/94 | NT | 5.9% | coding (766/2007 nt) | mnmC | fused 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine‑forming enzyme methyltransferase and FAD‑dependent demodification enzyme |
| ? | CP009273 | = 2436093 | 244 (0.610) | coding (851/2007 nt) | mnmC | fused 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine‑forming enzyme methyltransferase and FAD‑dependent demodification enzyme | |||||
Only 100 of 473 total aligned reads displayed.
TGGGCGCAAACGGGAAATGCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGT > CP009273/2435941‑2436074 | gattgccggaagcacccagtgcgggggcctcatccgcgcaataaagcgttacctgccagCCGCGCCGt > 1:26165395‑M1/60‑68 (MQ=255)gattgccggaagcacccagtgcgggggcctcatccgcgcaataaagcgttacctgccagCCGCGCCGt > 1:18776608‑M1/60‑68 (MQ=255)gattgccggaagcacccagtgcgggggcctcatccgcgcaataaagcgttacctgccagCCGCGCCGt > 1:26841572‑M1/60‑68 (MQ=255)gattgccggaagcacccagtgcgggggcctcatccgcgcaataaagcgttacctgccagCCGCGCCGt < 1:16367791‑M1/9‑1 (MQ=255)gattgccggaagcacccagtgcgggggcctcatccgcgcaataaagcgttacctgccagCCGCGCCGt < 1:15459707‑M1/9‑1 (MQ=255) gggCGCAAACGGGAAATGCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTg < 1:11126806/68‑1 (MQ=255) gggCGCAAACGGGAAATGCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTg < 1:11574051/68‑1 (MQ=255) gggCGCAAACGGGAAATGCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTg < 1:31678808/68‑1 (MQ=255) ggCGCAAACGGGAAATGCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTgg > 1:30572162/1‑68 (MQ=255) ggCGCAAACGGGAAATGCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTgg > 1:35490372/1‑68 (MQ=255) cgcAAACGGGAAATGCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGt < 1:27708160/67‑1 (MQ=255) cgcAAACGGGAAATGCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGt < 1:29808085/67‑1 (MQ=255) cgcAAACGGGAAATGCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGt < 1:7636792/67‑1 (MQ=255) aaCGGGAAATGCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTaa > 1:23915536/1‑67 (MQ=255) cccagtgcgggggcctcatccgcgcaataaagcgttacctgccagCCGCGCCGt > 1:5145304‑M1/46‑54 (MQ=255) aaTGCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACgg > 1:4414696/1‑68 (MQ=255) aaTGCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACgg > 1:27129131/1‑68 (MQ=255) aaTGCTTTGCGGGGTGAGGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACgg < 1:8968122/68‑1 (MQ=255) aTGCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACggg < 1:1381353/68‑1 (MQ=255) aTGCTGTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACggg < 1:24648178/68‑1 (MQ=255) tGCTTTGCGGGGTGATGTAACAGACATTACCTCTCCCCTGCTCCGCTACGTGGATTAACCGCACGGgc > 1:27880852/1‑68 (MQ=255) tGCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGgc > 1:30845070/1‑68 (MQ=255) gCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGgca > 1:23076220/1‑68 (MQ=255) gCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGgca > 1:22354169/1‑68 (MQ=255) cGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGgcagcagca > 1:21528269/1‑68 (MQ=255) ggggTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTACCCGCACGGGCAGCAGCaa > 1:38295347/1‑68 (MQ=255) ggggTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCaa > 1:28973813/1‑68 (MQ=255) ggggTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGAACGGGCATAAGCaa > 1:32313810/1‑68 (MQ=255) tccgcgcaataaagcgttacctgccagCCGCGCCGTGGGTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAacgggga < 1:19807072‑M1/41‑3 (MQ=255) ggAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGaa > 1:17481875/1‑67 (MQ=255) ggAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGaa > 1:11804900/1‑67 (MQ=255) ggAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGaa > 1:17802791/1‑67 (MQ=255) aaCAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAgcg > 1:35314220/1‑68 (MQ=255) aaCAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAgcg > 1:9646220/1‑68 (MQ=255) aaCAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAgcg > 1:4660015/1‑68 (MQ=255) aaCAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAgcg > 1:5193720/1‑68 (MQ=255) aCAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAgcgg < 1:3947460/68‑1 (MQ=255) aCAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAgcg < 1:23485510/67‑1 (MQ=255) aCAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAgcg > 1:28608048/1‑67 (MQ=255) cAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAACCGGGAAgcggc > 1:26280199/1‑68 (MQ=255) cAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAgcggc > 1:37439179/1‑68 (MQ=255) cAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAgcggc > 1:16667716/1‑68 (MQ=255) gACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGa < 1:36283853/68‑1 (MQ=255) cATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGAtt > 1:23561105/1‑68 (MQ=255) cATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGAtt > 1:10535082/1‑68 (MQ=255) cATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGAtt > 1:34183268/1‑68 (MQ=255) cATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGAtt > 1:14985396/1‑68 (MQ=255) cATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGAtt > 1:18192439/1‑68 (MQ=255) cATTACCGCTCCCCTGCTCAGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCCGCAGCCAACGGGCCGCGGCGAtt > 1:39627730/1‑68 (MQ=37) gcgttacctgccagCCGCGCCGTGGTTTACCCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATcg < 1:13408558‑M1/54‑1 (MQ=255) gcgttacctgccagCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATcg < 1:20096847‑M1/54‑1 (MQ=255) aCCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCCGCAAACGGGAAGCGGCGATTAtgg > 1:10077328/1‑66 (MQ=255) aCCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATcg > 1:22758082/1‑68 (MQ=255) ccGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTaatagcgccagcgccaacaacgcgctggcaataccaccgccgataa > 1:7993601‑M1/1‑22 (MQ=255) ccGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATcg > 1:4885405/1‑67 (MQ=255) ccGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATcg > 1:28759049/1‑67 (MQ=255) gttacctgccagCCGCGCCGTGGTTTAACCGCGCGGGCAGCAGCAATCGGGAAGCGGCGATTATcggc < 1:26525815‑M1/56‑1 (MQ=255) cGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATcggc < 1:14291043/68‑1 (MQ=255) cGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATcggc < 1:11397403/68‑1 (MQ=255) gCTCCCCTGCTCCGCGCCGTaatagcgccagcgccaccaccgcgcgggcaatacccccgccgataatc > 1:9795116‑M1/1‑20 (MQ=255) gCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATcggcg > 1:940848/1‑68 (MQ=255) gCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATcggcg > 1:20409937/1‑68 (MQ=255) tCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCggt < 1:31947188/68‑1 (MQ=255) ctgccagCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGGAAACGGGACGCGGCGATTATCGGCggtgg < 1:24185220‑M1/61‑1 (MQ=255) ccgtGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCggtgg < 1:107283/65‑1 (MQ=255) cccTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCggtgg < 1:31086039/68‑1 (MQ=255) cccTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCggtgg < 1:32054786/68‑1 (MQ=255) cccTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCggtgg < 1:38698310/68‑1 (MQ=255) cccTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCggtgg < 1:25870788/68‑1 (MQ=255) ccTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCggtggt > 1:5366769/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCggtggt > 1:301136/1‑68 (MQ=255) ccagCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTAt < 1:2221949‑M1/64‑1 (MQ=255) gCTCCGCGCCGTaatagcgccagcgacaacaacgcgctggcaataccaccgccgataatcgccgctt > 1:17140902‑M1/1‑12 (MQ=255) gCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTAtt > 1:39080548/1‑68 (MQ=255) tCCGCGCCGTaatagcgccagcgacaacaacgcgctggcaataccaccgccgattatcgccgcttccc > 1:12240690‑M1/1‑10 (MQ=255) tCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGACGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTg > 1:33605224/1‑67 (MQ=255) tCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTg > 1:24927354/1‑67 (MQ=255) tCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTg > 1:29200627/1‑67 (MQ=255) tCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTg > 1:28351756/1‑67 (MQ=255) tCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTg > 1:8460609/1‑67 (MQ=255) tCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTg > 1:12782907/1‑67 (MQ=255) tCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTg > 1:12937552/1‑67 (MQ=255) tCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTg > 1:6731441/1‑67 (MQ=255) tCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTg > 1:5850317/1‑67 (MQ=255) tCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTg > 1:32599750/1‑67 (MQ=255) tCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTg > 1:32952383/1‑67 (MQ=255) tCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTg > 1:3486482/1‑67 (MQ=255) tCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACAGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTg > 1:705168/1‑67 (MQ=255) tCCGCGCCGGGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTg > 1:15226495/1‑67 (MQ=255) gCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTg < 1:19103745‑M1/66‑1 (MQ=255) CCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCGGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTGcc < 1:37001298‑M1/68‑1 (MQ=255) gcgcCGTaatagcgccagcgacaacaacgcgctggcaataccaccgccgataatcgccgcttcccgtt > 1:18554592‑M1/1‑7 (MQ=255) GCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTGCCAgc < 1:4829058‑M1/67‑1 (MQ=255) GCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTGCCAgc < 1:20694572‑M1/67‑1 (MQ=255) GCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTGCCAgc < 1:28101283‑M1/67‑1 (MQ=255) GCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTGCCAgc < 1:37990064‑M1/67‑1 (MQ=255) GCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTGCCAgc < 1:10301014‑M1/67‑1 (MQ=255) cGTaatagcgccagcgacaacaacgcgctggcaataccaccgccgataatcgccgcttcccgtttgct < 1:19439365‑M1/68‑66 (MQ=255) CGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGCAGCGGCGATTATCGGCGGGGGTATTGCCAGcgcg < 1:21026904‑M1/68‑1 (MQ=255) CGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTGCCAgcgc > 1:38451437‑M1/1‑67 (MQ=255) | TGGGCGCAAACGGGAAATGCTTTGCGGGGTGATGGAACAGACATTACCGCTCCCCTGCTCCGCGCCGTGGTTTAACCGCACGGGCAGCAGCAAACGGGAAGCGGCGATTATCGGCGGTGGTATTGCCAGCGCGT > CP009273/2435941‑2436074 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |