| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4538708 | 448 (0.940) | 19 (0.050) | 7/94 | NT | 5.0% | coding (84/903 nt) | fimH | minor component of type 1 fimbriae |
| ? | CP009273 | = 4538723 | 340 (0.850) | coding (99/903 nt) | fimH | minor component of type 1 fimbriae | |||||
Only 100 of 528 total aligned reads displayed.
TGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGG > CP009273/4538656‑4538790 | gCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTa > 1:27155227‑M2/1‑67 (MQ=255) gCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTa < 1:30226953‑M2/68‑2 (MQ=255) gCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTa < 1:24518914‑M2/68‑2 (MQ=255) tGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTatt < 1:37020671‑M2/68‑4 (MQ=255) tGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTatt < 1:59949‑M2/68‑4 (MQ=255) tGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTatt < 1:21703724‑M2/68‑4 (MQ=255) aTGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGCTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAAACGAACCGCTATCCCTaatg < 1:29090058‑M2/67‑5 (MQ=255) tGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggc < 1:26454738‑M2/68‑7 (MQ=255) tGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattgg > 1:32730652‑M2/1‑62 (MQ=255) gggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcg > 1:12732489‑M2/1‑61 (MQ=255) ggatGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCgg > 1:34022015/4‑68 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:33091083‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:7456234‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:11834864‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:17625087‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:30063406‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:38829150‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcgg < 1:6781995‑M2/68‑9 (MQ=255) ggCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCGGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTataggcgg < 1:7700188‑M2/68‑9 (MQ=255) gCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcggt < 1:2344062‑M2/68‑10 (MQ=255) gCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcggt < 1:37382163‑M2/68‑10 (MQ=255) tGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcggtt > 1:5086452‑M2/1‑57 (MQ=255) tGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTgg < 1:35124402/68‑1 (MQ=255) cGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAgc < 1:34476867/68‑1 (MQ=255) cGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAgc < 1:9157704/68‑1 (MQ=255) ggTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAgcg < 1:27908317/68‑1 (MQ=255) gTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAgcg > 1:1156854/1‑67 (MQ=255) aaaTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcggttttacaggcg > 1:26923552‑M2/1‑49 (MQ=255) aaaTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcggttttacaggcg > 1:26654307‑M2/1‑49 (MQ=255) aaaTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTattggcggttttacaggcg > 1:5747353‑M2/1‑49 (MQ=255) aaaTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGcc < 1:38513948/67‑1 (MQ=255) aaaTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCa > 1:13180327/1‑68 (MQ=255) aaaTGCATGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCa > 1:29692494/1‑68 (MQ=255) aaTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCaa > 1:28152132/1‑68 (MQ=255) aTGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAAt < 1:21455235/68‑1 (MQ=255) tGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATg < 1:18565681/68‑1 (MQ=255) tGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATg < 1:36776122/68‑1 (MQ=255) tGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATg < 1:9575682/68‑1 (MQ=255) tGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATg < 1:14988327/68‑1 (MQ=255) tGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATg < 1:21229115/68‑1 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:3457858/1‑68 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:2382275/1‑68 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:1525325/1‑68 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:3111055/1‑68 (MQ=255) ccTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGtt > 1:30629473/1‑68 (MQ=255) cTGGTCATACGCCGGTAAAACCGCCACCGGTACCGCTATCCCTattggcggttttacaggcgaatgac > 1:14057521‑M2/1‑43 (MQ=255) tGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTa < 1:6349690/68‑1 (MQ=255) tGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTa < 1:11397658/68‑1 (MQ=255) ggTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTAt < 1:5359770/68‑1 (MQ=255) ggTCATCCGGCTGTACACCCGCCAATGGGACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTAt < 1:2878439/68‑1 (MQ=255) gTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATg > 1:27472190/1‑68 (MQ=255) gTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATg > 1:20150691/1‑68 (MQ=255) tCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGt > 1:25852866/1‑68 (MQ=255) tCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGt > 1:30766633/1‑68 (MQ=255) cATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTa > 1:35552826/1‑68 (MQ=255) tCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAAc < 1:17377448/68‑1 (MQ=255) tCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAAc < 1:16999530/68‑1 (MQ=255) cGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAAcc < 1:29368125/68‑1 (MQ=255) cGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAAcc < 1:32040046/68‑1 (MQ=255) cGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAAcc < 1:32433544/68‑1 (MQ=255) cGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAAcc < 1:33482868/68‑1 (MQ=255) cGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGAAAAcc < 1:15549556/68‑1 (MQ=255) gCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCt > 1:14631867/1‑68 (MQ=255) gCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCt > 1:8160058/1‑68 (MQ=255) ccTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCtt > 1:19174889/1‑68 (MQ=255) ccTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCtt > 1:25500940/1‑68 (MQ=255) aaaaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTgcgc > 1:10000210/1‑67 (MQ=255) aaaaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTgcgc > 1:3826998/1‑67 (MQ=255) aaaaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGcc < 1:10814679/68‑1 (MQ=255) aaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCGAATGTTTATGTAAACCTTGCGccct < 1:37771296/68‑2 (MQ=255) aaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAGACCTTGCGCCcg > 1:32836992/1‑68 (MQ=255) aaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcg < 1:4767009/68‑1 (MQ=255) aaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcg > 1:1884561/1‑68 (MQ=255) aaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcg > 1:16064813/1‑68 (MQ=255) aCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcgt < 1:36037701/68‑1 (MQ=255) aCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcg > 1:39211157/1‑67 (MQ=255) ccGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcgtc < 1:10111836/68‑1 (MQ=255) ccGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcgtc < 1:22479994/68‑1 (MQ=255) cGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcgtcg < 1:24396442/68‑1 (MQ=255) gCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcgtcgt < 1:10498775/68‑1 (MQ=255) ggTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCcg < 1:33728443/58‑1 (MQ=255) gTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCCGCGCCAATGTTTATGTAAACCATGCGCCCGTCGTGAAtgtg > 1:2034263/1‑68 (MQ=255) tACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTgg > 1:14346262/1‑68 (MQ=255) ccGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTgggg < 1:35731654/68‑1 (MQ=255) ccGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTgggg < 1:9362370/68‑1 (MQ=255) ccGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTgggg < 1:12031349/68‑1 (MQ=255) cGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGc > 1:2227052/1‑68 (MQ=255) gCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCa > 1:4244914/1‑68 (MQ=255) 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ccTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCaaaa > 1:35337204/1‑65 (MQ=255) tATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTgg < 1:19759735/68‑1 (MQ=255) | TGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGG > CP009273/4538656‑4538790 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |