| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1958516 = | 340 (0.720) | 19 (0.050) | 8/96 | NT | 6.7% | coding (792/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein |
| ? | CP009273 | 1958598 = | 238 (0.580) | coding (710/2079 nt) | flhA | putative flagellar export pore protein | |||||
Only 100 of 439 total aligned reads displayed.
CACCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958531‑1958664 | acgctattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgtg < 1:1521495‑M2/2‑1 (MQ=255) cgcttttgaccattggcgacggtctggtggcacatattccggcgctggtgattgctaccgccgcgtga < 1:21044779‑M2/3‑2 (MQ=255) cgctattgcccattggcgacgtgctgggggcacaaattccgccgctggtgatttctaccgccgcgtgt < 1:21463891‑M2/3‑1 (MQ=255) cgctattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgtgt < 1:18437467‑M2/3‑1 (MQ=255) cgctattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgtgt < 1:4631950‑M2/3‑1 (MQ=255) cgctattgaccattggcgacgggctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgtgt < 1:12154669‑M2/3‑1 (MQ=255) cgcaattcaccattgccgccggtctgggggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgtgt < 1:20261645‑M2/3‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCCGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtg > 1:28949833/1‑67 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:11693970/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:33871130/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:15884904/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtgt < 1:25388506/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCgtg > 1:38766042/1‑67 (MQ=255) gctattgaccattggcgacggtctgggggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTc < 1:905999‑M2/4‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTc < 1:39178582/68‑1 (MQ=255) tattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTcc < 1:14126500‑M2/5‑1 (MQ=255) tattgaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTcc < 1:31786553‑M2/5‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTGTAACTTTCCGCCGCGTGTCCCAt > 1:18093947/1‑68 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:36234697/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:38645612/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:1716123/65‑1 (MQ=255) gcCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTcc < 1:30388093/65‑1 (MQ=255) gaccattggcgacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTCCCATGc < 1:9441964‑M2/10‑1 (MQ=255) cGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGCCCCATg < 1:28555101/67‑1 (MQ=255) ccattggcgacggtctgggggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTCCCATGCt < 1:39280019‑M2/11‑1 (MQ=255) ccattggcgacggtcgggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGCCCCATGCt < 1:17763153‑M2/11‑1 (MQ=255) aaTTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCa > 1:4838091/1‑68 (MQ=255) tttGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATg < 1:29692466/68‑1 (MQ=255) tgtgCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGcc < 1:24329393/68‑1 (MQ=255) gacggtctggtggcacaaattccggcgctggtgatttctaccgccgcgTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:25711055‑M2/19‑1 (MQ=255) gCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:38529604/67‑1 (MQ=255) gCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:4068447/67‑1 (MQ=255) gCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCAt < 1:6475773/67‑1 (MQ=255) caccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGt < 1:1312294/67‑1 (MQ=255) caccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGt < 1:16821300/67‑1 (MQ=255) caccaGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGt < 1:16089920/67‑1 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:14725323/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:37557101/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:26465228/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:8570001/1‑67 (MQ=255) aCCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTgcagc > 1:19804501/1‑67 (MQ=255) cGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCGTGCTCATGCCATGTTGCAGCAc > 1:27801391/1‑67 (MQ=255) cGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCAc > 1:20956827/1‑67 (MQ=255) gCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGa < 1:38235325/68‑1 (MQ=255) gCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGa < 1:5650351/68‑1 (MQ=255) gCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCACATGCTCATGCAAACTTGCAGCACGCCg > 1:33416208/1‑67 (MQ=255) ggTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCa > 1:13871141/1‑68 (MQ=255) gTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACAAGCa > 1:36703147/1‑67 (MQ=255) tCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCaa > 1:24087490/1‑67 (MQ=255) tCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCaa > 1:19460945/1‑67 (MQ=255) cAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAcc < 1:5010253/68‑1 (MQ=255) cAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAAcc < 1:616104/68‑1 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAcccc > 1:37878220/1‑67 (MQ=255) aTAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccg < 1:30858450/68‑1 (MQ=255) tAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccg > 1:18728928/1‑67 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGCCCAGCAACccgcc > 1:5913217/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:34419395/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:7912041/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:28108828/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:29807334/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:10713014/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:11430455/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:28731403/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:27334837/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:27144630/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgcc > 1:26018116/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACcagcc > 1:31241005/1‑68 (MQ=255) aGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATG‑CATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgccg > 1:12546701/1‑68 (MQ=255) gCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCCTGCCATGTTGCAGCACGCCGCCCAGCAACccgccg > 1:23557333/1‑68 (MQ=255) gCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCCCGCCGACCAGCAACccgccg > 1:13371789/1‑68 (MQ=255) gCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgccg > 1:21921253/1‑68 (MQ=255) gCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgccg > 1:8926695/1‑68 (MQ=255) gCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgccg > 1:7329066/1‑68 (MQ=255) gCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgccg > 1:30500880/1‑68 (MQ=255) gCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgccg > 1:32331487/1‑68 (MQ=255) gCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACccgccg > 1:37326812/1‑68 (MQ=255) gTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGAc < 1:24495218/68‑1 (MQ=255) ataACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACaa > 1:6856401/1‑68 (MQ=255) ataACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACaa > 1:34959465/1‑68 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:11784340/68‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:20057444/68‑1 (MQ=255) taACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAAt < 1:10086063/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCACCCCGCCGACAATGt > 1:29298065/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACGCGCCGACAATGt > 1:6731802/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:20667255/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt > 1:16577570/1‑68 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:3525616/68‑1 (MQ=255) aCTTTCCGCCGCGTGGCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGt < 1:14500597/68‑1 (MQ=255) tttCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTa > 1:1500176/1‑68 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGa > 1:10538682‑M2/7‑67 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGa > 1:22646555‑M2/7‑67 (MQ=255) gccgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTAAATGAc < 1:35654355‑M2/62‑1 (MQ=255) cgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAcc < 1:19109468‑M2/63‑1 (MQ=255) cgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAcc < 1:19623725‑M2/63‑1 (MQ=255) cgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAcc < 1:24834044‑M2/63‑1 (MQ=255) cgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCa > 1:8808061‑M2/5‑68 (MQ=255) cgcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAACACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGAcc < 1:7692125‑M2/63‑1 (MQ=255) gcgTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCAt < 1:32908130‑M2/65‑1 (MQ=255) gTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGa < 1:5418286‑M2/67‑1 (MQ=255) gTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGa < 1:26625244‑M2/67‑1 (MQ=255) | CACCAGCGCCGGAATTTGTGCCACCAGACCGTCGCCAATGGTCAATAGCGTATAACTTTCCGCCGCGTGTCCCATGCTCATGCCATGTTGCAGCACGCCGACCAGCAACCCGCCGACAATGTTAATGACCATGA > CP009273/1958531‑1958664 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |