Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 66,726 | T→C | 68.4% | intergenic (‑194/‑148) | araD ← / → araC | pseudogene, truncated/ara regulon transcriptional activator; autorepressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 66,726 | 0 | T | C | 68.4% | 1536.7 / inf | 1155 | intergenic (‑194/‑148) | araD/araC | pseudogene, truncated/ara regulon transcriptional activator; autorepressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (175/189); new base C (369/418); total (544/611) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1165 total aligned reads displayed.
GCAAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGC > CP009273/66659‑66792 | ataatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTgg < 1:6169897/68‑1 (MQ=255) ataatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTCTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTgg < 1:26602781/68‑1 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGCTTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTgg > 1:37800378/1‑67 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTgg > 1:18340310/1‑67 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTgg > 1:4835697/1‑67 (MQ=255) taatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGt < 1:9669746/68‑1 (MQ=255) atCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTc > 1:13806554/1‑67 (MQ=255) atCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTc > 1:6785672/1‑67 (MQ=255) tCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTccc > 1:29479045/1‑68 (MQ=255) tCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTccc > 1:1650332/1‑68 (MQ=255) tCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGAGTTTTTGGCATGGATTTGGAccc > 1:24728467/1‑68 (MQ=255) cAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCg < 1:34934074/68‑1 (MQ=255) cAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCg < 1:17287990/68‑1 (MQ=255) aaTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTccc > 1:29074429/1‑66 (MQ=255) aTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCt > 1:11930312/1‑68 (MQ=255) aTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCt < 1:36638394/68‑1 (MQ=255) aTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCt < 1:1215236/68‑1 (MQ=255) aTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGACCCGCt < 1:5275595/68‑1 (MQ=255) tgtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCtt > 1:10774469/1‑68 (MQ=255) tgtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCtt > 1:11634354/1‑68 (MQ=255) tgtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCtt > 1:12588118/1‑68 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCttt < 1:20901241/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt > 1:8134728/1‑68 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:25793484/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:22535523/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:25117183/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:30201479/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt > 1:35805957/1‑68 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:37458676/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:38699149/68‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCttt < 1:1475309/68‑1 (MQ=255) ggACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGt < 1:8481128/68‑1 (MQ=255) ggACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGt < 1:18719153/68‑1 (MQ=255) ggACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGt < 1:16891134/68‑1 (MQ=255) ggACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGt < 1:7126391/68‑1 (MQ=255) ggACTTTGCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGt < 1:19343678/68‑1 (MQ=255) gACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTACCGCTTTGtt > 1:32689680/1‑68 (MQ=255) cTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTAc < 1:31749216/68‑1 (MQ=255) cTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTAc > 1:29883459/1‑68 (MQ=255) cTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTAc > 1:13458482/1‑68 (MQ=255) ttCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGa < 1:38939450/68‑1 (MQ=255) ttCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGa < 1:765639/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAAt > 1:23406291/1‑66 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAAt > 1:34420071/1‑66 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAAt > 1:30906891/1‑66 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:11125182/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:27660126/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:32297719/68‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACATTTGTTACGGGTTTTAGTCATGGCTTTCGTCCCGCTTTGTTACAGACTGc < 1:4568012/68‑1 (MQ=255) cgcgATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCt < 1:33298875/64‑1 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtt > 1:4376264/1‑68 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGGTTTTGTCATGGCTTTGGGCCCGCTTTGTTACAGAATGCt < 1:36892668/67‑1 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtt > 1:14186714/1‑68 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtt > 1:5075188/1‑68 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtt > 1:16123575/1‑68 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtt > 1:33978159/1‑68 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtt > 1:33148587/1‑68 (MQ=255) cGTGATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtt > 1:20586202/1‑68 (MQ=255) gATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtttt < 1:21311452/67‑1 (MQ=255) gATTATAGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTta < 1:31167303/68‑1 (MQ=255) tataGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaata < 1:20310707/68‑1 (MQ=255) tataGACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaata < 1:10000664/68‑1 (MQ=255) gACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCg > 1:30424524/1‑68 (MQ=255) gACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCg > 1:26099478/1‑68 (MQ=255) gACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCg > 1:8934713/1‑68 (MQ=255) gACACTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCg > 1:33637957/1‑68 (MQ=255) acacTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:36132296/1‑68 (MQ=255) acacTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:15571145/1‑68 (MQ=255) acacTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:32008363/1‑68 (MQ=255) acacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:15172398/1‑68 (MQ=255) acacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:17986629/1‑68 (MQ=255) acacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:28545685/1‑68 (MQ=255) acacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg > 1:5793789/1‑68 (MQ=255) cacTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCggg < 1:25444904/68‑1 (MQ=255) cacTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCggg < 1:17554529/68‑1 (MQ=255) cacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCggg > 1:23060204/1‑68 (MQ=255) cacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCggg < 1:3836117/68‑1 (MQ=255) cacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCggg < 1:21918116/68‑1 (MQ=255) cacTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCg < 1:24062089/66‑1 (MQ=255) acTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgggg < 1:11466489/68‑1 (MQ=255) acTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgggg < 1:32881474/68‑1 (MQ=255) acTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgggg < 1:27124529/68‑1 (MQ=255) cTTTTGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGt < 1:38012480/68‑1 (MQ=255) tttGCTACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGtt > 1:23712926/1‑67 (MQ=255) tgctACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTAcc < 1:4031036/65‑1 (MQ=255) tgctACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTAcc < 1:22141111/65‑1 (MQ=255) gctACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCg > 1:39169999/3‑68 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGt > 1:6403205/1‑68 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGt > 1:24307278/1‑68 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGt > 1:15838320/1‑68 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGt > 1:27331729/1‑68 (MQ=255) gcgTTTTTGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTg < 1:35400576/68‑1 (MQ=255) gcgTTTTTGTCATGGCCTTGGGCCCGCTTTGTTACAGACTGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTg < 1:9404487/68‑1 (MQ=255) gTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTgg < 1:34606395/67‑1 (MQ=255) tGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCg < 1:28317009/68‑1 (MQ=255) tGTCATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCg > 1:10349447/1‑68 (MQ=255) cATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCgag < 1:27899132/67‑1 (MQ=255) cATGGCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCgag < 1:12998630/67‑1 (MQ=255) ggCCTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGagaaga < 1:19037619/68‑1 (MQ=255) cTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAagag > 1:19789266/1‑67 (MQ=255) | GCAAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGC > CP009273/66659‑66792 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |