| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,554,355 | G→T | 10.2% | intergenic (+98/‑372) | yffL → / → yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,554,355 | 0 | G | T | 10.2% | 671.8 / 12.2 | 262 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (106/123); new base T (9/24); total (115/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
TCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTA > CP009273/2554288‑2554420 | tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:31450237/68‑1 (MQ=255)tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:20091240/68‑1 (MQ=255)tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:4975981/68‑1 (MQ=255)tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:4301946/68‑1 (MQ=255)tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:3530446/68‑1 (MQ=255)tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:16351379/68‑1 (MQ=255)tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:31581627/68‑1 (MQ=255) tttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTCCCGtt > 1:25802825/1‑68 (MQ=255) gCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 1:17677480/68‑1 (MQ=255) ccTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg > 1:19961504/1‑68 (MQ=255) ccTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTAAAAATTTGCCTTAAAgg > 1:17860087/1‑68 (MQ=21) cTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTAAAggg > 1:6025452/1‑67 (MQ=21) cTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt > 1:28757294/1‑68 (MQ=255) aaTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:17485652/68‑1 (MQ=255) aaTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:36681933/68‑1 (MQ=255) aTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:18966890/68‑1 (MQ=255) aTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:465047/68‑1 (MQ=255) aTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGCGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:1098118/68‑1 (MQ=255) aTTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:2974450/68‑1 (MQ=21) ttCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc > 1:32412353/1‑68 (MQ=255) ttCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc > 1:10156963/1‑68 (MQ=255) tCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCTGTTAAGGTGGTTCa > 1:6114338/1‑68 (MQ=18) tCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGAGGGTCa > 1:21063792/1‑68 (MQ=18) tCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCa > 1:27398670/1‑68 (MQ=255) tCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCa > 1:26886384/1‑68 (MQ=255) cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTTGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa < 1:13496956/68‑1 (MQ=255) tGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg > 1:24640622/1‑68 (MQ=255) gAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt < 1:38560242/68‑1 (MQ=255) ttCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTg > 1:17523560/1‑67 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTGTGGTGGGTCAATAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:21557166/68‑1 (MQ=17) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTggc > 1:17085469/1‑66 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:26171538/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:25307029/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:32892976/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:30167055/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:35533234/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:12722185/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:896773/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:9632446/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGGCAAAAGTAGca > 1:18309761/1‑67 (MQ=17) tCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAAGGTGGGTCAATAGTTGcc > 1:23797480/1‑68 (MQ=17) tCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:28859182/68‑1 (MQ=255) tCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:27802205/68‑1 (MQ=255) cAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:8488866/68‑1 (MQ=255) cAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:20958067/68‑1 (MQ=255) cAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:38845818/68‑1 (MQ=255) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTTTGGTGGGTAAAAATTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAATTTGACggt > 1:7195049/1‑66 (MQ=9) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt > 1:27167593/1‑68 (MQ=255) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGtt > 1:1915202/1‑68 (MQ=255) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGCAGtt > 1:15560542/1‑68 (MQ=17) gTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAATAGTTGCCGTTa > 1:20270046/1‑68 (MQ=255) tGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGACGTTaa > 1:18016562/1‑68 (MQ=255) tGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 1:3345793/65‑1 (MQ=255) tGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 1:36964998/67‑1 (MQ=255) ggggTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 1:7801524/64‑1 (MQ=255) ggcAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:15098740/58‑1 (MQ=255) aaaaGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:2055572/68‑1 (MQ=18) aaaaGGTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:37344315/68‑1 (MQ=255) aaaaGGTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:10711795/68‑1 (MQ=255) aaaGTAGCCGTTAGGGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 1:19484462/68‑1 (MQ=255) aGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGCTCa > 1:1360066/1‑68 (MQ=255) aGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGCGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGACa > 1:30394611/1‑68 (MQ=18) aGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAAGGTGGGTCAAAATTTGCAGTTAAGGTGGGTCa > 1:872143/1‑68 (MQ=21) gTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaa > 1:36337201/1‑68 (MQ=255) ccGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTGAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt < 1:1662593/68‑1 (MQ=18) ttctgggggGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 1:27270315/65‑1 (MQ=14) ttggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa < 1:2320454/67‑1 (MQ=255) gtggtgGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa > 1:6564037/1‑68 (MQ=255) tggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAg > 1:8807353/1‑68 (MQ=255) tggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAg > 1:5850177/1‑68 (MQ=255) gttggGTCAAAAGATGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAg < 1:26419789/65‑1 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa < 1:31141586/66‑1 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAg < 1:3407786/67‑1 (MQ=255) tggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTaa > 1:22171919/1‑68 (MQ=255) tggGTAAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa < 1:3369566/67‑1 (MQ=255) tggGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa < 1:6871603/67‑1 (MQ=255) tggCTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTa < 1:37725789/67‑1 (MQ=255) gggTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAg > 1:25201544/1‑68 (MQ=255) gttaaaaGTTGCCGTTAATGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:25574615/64‑1 (MQ=255) gtaaaaaGATGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:22691083/64‑1 (MQ=18) gTCAATAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:33655470/67‑1 (MQ=255) gTCAATAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:34933105/67‑1 (MQ=18) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:21295497/67‑1 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:32351629/67‑1 (MQ=255) gTCAAAAGTAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:6394753/67‑1 (MQ=255) cgcAAACGTAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 1:11852658/65‑1 (MQ=18) cAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAAtt < 1:38145784/68‑1 (MQ=255) cAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAAtt < 1:29668756/68‑1 (MQ=255) cAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAAtt < 1:816888/68‑1 (MQ=255) cAAAAGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAAtt < 1:28427290/68‑1 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct < 1:16862736/68‑1 (MQ=255) aaaGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGATGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct < 1:23934564/68‑1 (MQ=255) aaaCTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct < 1:14942738/68‑1 (MQ=255) aaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct > 1:12048374/1‑67 (MQ=255) acctGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctac < 1:29187133/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctac < 1:4313659/68‑1 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct > 1:39392802/1‑66 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct > 1:13199389/1‑66 (MQ=255) gTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctact > 1:7946824/1‑68 (MQ=255) gCCTTTAATGTGGGTCAAAAGTAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt < 1:14693612/67‑1 (MQ=21) | TCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTA > CP009273/2554288‑2554420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |