| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,991,405 | A→C | 9.3% | P21P (CCA→CCC) | uvrD → | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,991,405 | 0 | A | C | 9.3% | 2903.8 / 54.7 | 1036 | P21P (CCA→CCC) | uvrD | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (325/593); new base C (108/8); total (433/603) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-35 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1050 total aligned reads displayed.
GCCAATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCG > CP009273/3991339‑3991472 | gCCAATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCAc > 1:21440104/1‑68 (MQ=255) aaTGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgca < 1:33971896/68‑1 (MQ=255) aaTGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgca < 1:11850582/68‑1 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcagc > 1:32674133/1‑68 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcagc > 1:30513850/1‑68 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACccagc > 1:22049343/1‑68 (MQ=255) gACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCgcagca > 1:8386922/1‑67 (MQ=255) gACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcagca > 1:37230475/1‑67 (MQ=255) gACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcagca > 1:34711870/1‑67 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:29877432/67‑1 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:6751866/67‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:33223162/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt > 1:16749449/1‑68 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCCCGCCACCCAGCAAccg > 1:5359039/1‑67 (MQ=255) ttCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCtt < 1:25275598/67‑1 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGt > 1:5009089/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTATGGTgg > 1:29426954/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCAGCAACCATGAGGTGc > 1:22950892/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:39485306/1‑66 (MQ=255) 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cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcggg < 1:320984/68‑1 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcggg < 1:27956952/68‑1 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcgg < 1:38845679/67‑1 (MQ=255) tAATTACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCa < 1:11183711/68‑1 (MQ=255) tAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCa < 1:10045192/68‑1 (MQ=255) tAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCa < 1:38585620/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:14431422/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:23303071/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:35877045/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:19062801/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:7442762/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:13041976/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:31468316/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:36976101/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:14091524/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:28406064/68‑1 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCGCCCCCCCGCACCAACCATATGGTGGGGGGGGGCGCCGGCAGTg > 1:8790076/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAggg > 1:10561013/1‑66 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:22496298/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:16205619/1‑68 (MQ=255) 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aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCCGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:36398726/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCGGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:37831251/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCACCCAGCAACCTTCTTGTGCGGGGGGGCGCGGGGAGTGGTaac > 1:12747657/1‑66 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCCCGCCACGCAGCAACCGTCAGGTGGTGGCGGGGGCGGGCAGTGGTAAg > 1:27079096/1‑67 (MQ=255) aGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAc > 1:933919/1‑67 (MQ=255) gcgcAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCAGGGGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcg < 1:5752060/65‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCCAACTTCTGGTGCTGGCGGGCGGGGGGAGGGGTAAGAcgcg > 1:25915170/1‑67 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:38251214/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:31746363/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:20781394/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:24791828/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgc < 1:18759295/66‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcg < 1:8146833/65‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcg < 1:9078514/65‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcg < 1:29234430/65‑1 (MQ=255) gAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGC‑ACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:30881389/68‑1 (MQ=255) cgCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:6072482/66‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:13792925/67‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:15291899/67‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGGTGGAGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:7145491/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTTGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:35079244/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:36121065/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:34499627/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:15968920/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:7711593/68‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:28781934/68‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:23763084/68‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:18442739/68‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:17920979/68‑1 (MQ=255) actgcCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:3418801‑M1/63‑1 (MQ=255) actgcCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGGACTgg < 1:17333919‑M1/63‑1 (MQ=255) tGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGt < 1:9785299/67‑1 (MQ=255) ggCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGc < 1:20457342/68‑1 (MQ=255) gCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGc < 1:26504230/67‑1 (MQ=255) gCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGc < 1:19503013/67‑1 (MQ=255) GCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCg > 1:1479122‑M1/1‑68 (MQ=255) CGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTG‑TGCATCGTa < 1:12363578‑M1/68‑1 (MQ=255) GCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGt > 1:17594897‑M1/1‑67 (MQ=255) CCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTa < 1:10789073‑M1/67‑1 (MQ=255) CACGCGGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATc < 1:35477506‑M1/68‑1 (MQ=255) aCGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCg < 1:4145387/68‑1 (MQ=255) | GCCAATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCG > CP009273/3991339‑3991472 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |