| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,991,416 | T→G | 7.8% | L25R (CTT→CGT) | uvrD → | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,991,416 | 0 | T | G | 7.8% | 2803.0 / 34.1 | 1033 | L25R (CTT→CGT) | uvrD | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (308/587); new base G (84/10); total (434/599) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-26 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1066 total aligned reads displayed.
GTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTTGAT > CP009273/3991349‑3991482 | gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCACCAACCt < 1:28552131/68‑1 (MQ=255) ttCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTc < 1:34873539/68‑1 (MQ=255) ttCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTc < 1:30352327/68‑1 (MQ=255) tCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCt < 1:13523801/68‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:10558987/68‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:6027566/68‑1 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCCACCTTCTGGTGc > 1:30738125/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTATGGTgg > 1:29426954/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCAGCAACCGTCGGGt > 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aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:5713486/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:18848812/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:22483934/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:39381967/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACACCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:20138213/68‑1 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:1180217/67‑1 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:37476380/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGTGCAGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:16025058/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCGGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:19859708/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCCCCCCGCAACCGTCTGGTGGTGGCGGGCGCGGGGAGTg > 1:21358657/1‑68 (MQ=25) 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ggCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGc < 1:34165420/68‑1 (MQ=255) ggCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGc < 1:7388426/68‑1 (MQ=255) ggCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGCTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGc < 1:4916973/68‑1 (MQ=255) cCCGCGCCACGCCGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGCCGCGCGTACTGGTGCa < 1:19540706‑M1/67‑1 (MQ=255) cCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCa < 1:638009‑M1/67‑1 (MQ=255) CCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCa < 1:38002209‑M1/67‑1 (MQ=255) CGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCAt > 1:24142182‑M1/1‑67 (MQ=255) CGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCAt > 1:16236083‑M1/1‑67 (MQ=255) CGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGt < 1:17284140‑M1/68‑1 (MQ=255) CGCCACGCAGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGt < 1:2992011‑M1/68‑1 (MQ=255) 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ccTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTtga > 1:9825171/1‑68 (MQ=255) | GTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTTGAT > CP009273/3991349‑3991482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |