| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,176,299 | A→G | 12.5% | N341S (AAC→AGC) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,176,299 | 0 | A | G | 12.5% | 2423.4 / 256.5 | 815 | N341S (AAC→AGC) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (292/420); new base G (44/58); total (336/479) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 861 total aligned reads displayed.
TCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTG > CP009273/4176232‑4176366 | aaCAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCt < 1:11849313/68‑1 (MQ=255) aaCAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCt < 1:26811888/68‑1 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCt > 1:18726495/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCt > 1:25045618/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCt > 1:10934482/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCt > 1:19564393/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCt > 1:21674823/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCt > 1:36143914/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCt > 1:34596156/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCt > 1:1347604/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCt > 1:28809697/1‑66 (MQ=255) aaGCGTCCGCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGGCAGAACCTGCt < 1:37936096/68‑1 (MQ=255) aGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTc > 1:29931012/1‑68 (MQ=255) cGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCgg > 1:26333964/1‑68 (MQ=255) cGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCgg > 1:21293685/1‑68 (MQ=255) gTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCg < 1:32289675/66‑1 (MQ=255) gTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCg < 1:28253725/66‑1 (MQ=255) gTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGt > 1:18470144/1‑68 (MQ=255) ccTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTa < 1:36653558/67‑1 (MQ=255) tctGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGc < 1:3767852/68‑1 (MQ=255) ctGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCg < 1:27518198/68‑1 (MQ=255) tGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCgt < 1:17738676/68‑1 (MQ=255) tGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCgt < 1:15730228/68‑1 (MQ=255) aaTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCgtgt < 1:771292/67‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTg < 1:1044053/68‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTg < 1:32953088/68‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTg < 1:37337869/68‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTg < 1:12072751/68‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGGCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTg < 1:8851648/68‑1 (MQ=255) tCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTg > 1:32658776/1‑67 (MQ=255) ggCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGactact < 1:19250205/68‑1 (MQ=255) ggCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGactact < 1:21031157/68‑1 (MQ=255) cATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGt < 1:16465957/67‑1 (MQ=255) tGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGt < 1:35944318/68‑1 (MQ=255) tGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGt < 1:4411055/68‑1 (MQ=255) tGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGt < 1:14750319/68‑1 (MQ=255) gATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGtt < 1:10046055/68‑1 (MQ=255) tCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTc < 1:12412265/67‑1 (MQ=255) taaGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGt < 1:2863781/67‑1 (MQ=255) aaaGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCTTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGt > 1:9396451/1‑68 (MQ=255) aaaGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGt < 1:30389172/68‑1 (MQ=255) aaGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTa < 1:22599730/68‑1 (MQ=255) aGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa < 1:38260442/68‑1 (MQ=255) ggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa > 1:33382527/1‑67 (MQ=255) ggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa > 1:24214740/1‑67 (MQ=255) ggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa > 1:6214406/1‑67 (MQ=255) ggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa > 1:5223671/1‑67 (MQ=255) ggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa > 1:3377834/1‑67 (MQ=255) ggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa > 1:13871293/1‑67 (MQ=255) gTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATc > 1:6650585/1‑68 (MQ=255) tAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATc < 1:31486878/67‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:23330785/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:12812812/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:3866512/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:22086143/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:14291123/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:23677625/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:25406831/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:16244790/68‑1 (MQ=255) aCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCg > 1:18975694/1‑68 (MQ=255) aCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCg > 1:8200550/1‑68 (MQ=255) aCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCg < 1:20212851/68‑1 (MQ=255) aCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCg < 1:39585508/68‑1 (MQ=255) aCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCg > 1:20607620/1‑68 (MQ=255) aCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCg > 1:35070203/1‑68 (MQ=255) aCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCg < 1:23985305/68‑1 (MQ=255) aGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTGGGTAAGCGTGTTGACTACTACGGTCGTTCTGTAATCACCGTa > 1:26617798/1‑68 (MQ=255) aGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTa > 1:5539839/1‑68 (MQ=255) aGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTa > 1:2588971/1‑68 (MQ=255) gTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAgg > 1:34149213/1‑67 (MQ=255) gTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTGTGTAATCACCGTAgg > 1:29342818/1‑67 (MQ=255) gTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAgg < 1:35459514/67‑1 (MQ=255) gTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAgg < 1:8659237/67‑1 (MQ=255) gTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAgg > 1:7985415/1‑67 (MQ=255) gTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAgg > 1:49024/1‑67 (MQ=255) gTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAgg < 1:4666020/67‑1 (MQ=255) tcttttCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGTTCGTTCTGTAATCACCGTAGGt < 1:18054892/64‑1 (MQ=255) tCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGt < 1:11697825/67‑1 (MQ=255) tCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGt < 1:36901662/67‑1 (MQ=255) 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ttCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCAt > 1:15151925/1‑67 (MQ=255) tCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATa > 1:20377905/1‑67 (MQ=255) tCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATa > 1:11421427/1‑67 (MQ=255) tCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATAc < 1:17112453/68‑1 (MQ=255) ccGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATAcc < 1:30181469/68‑1 (MQ=255) cAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCg < 1:38987392/68‑1 (MQ=255) cAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCg < 1:9095147/68‑1 (MQ=255) aCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGt < 1:31833797/65‑1 (MQ=255) aCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGt < 1:27828309/65‑1 (MQ=255) aCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGt < 1:14103578/65‑1 (MQ=255) aCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCt < 1:30943405/67‑1 (MQ=255) | TCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTG > CP009273/4176232‑4176366 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |