| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,264,289 | T→C | 7.1% | Y79Y (TAT→TAC) | ssb → | single‑stranded DNA‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,264,289 | 0 | T | C | 7.1% | 2401.6 / 110.4 | 702 | Y79Y (TAT→TAC) | ssb | single‑stranded DNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (185/465); new base C (24/26); total (209/493) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
Only 100 of 734 total aligned reads displayed.
GCGTTGTGCTGTTCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAG > CP009273/4264222‑4264356 | gcgTTGTGCTGTTCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTtat < 1:28464834/68‑1 (MQ=255)gcgTTGTGCTGTTCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCACAGGTTtat < 1:25493972/68‑1 (MQ=255) gTTGTGCTGTTCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTtata > 1:26171070/1‑67 (MQ=255) gTTGTGCTGTTCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTtata < 1:30099517/67‑1 (MQ=255) ttGTGCTGTTCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATc > 1:22998732/1‑68 (MQ=255) tgtgCTGTTCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATc < 1:29772525/67‑1 (MQ=255) gCTGTTCGGCAAGCTCGCGGAAGTGGCAGGTGAATGTCTGCGCAAGGGCGCGCAGGTCTACATCTAAg > 1:5280042/1‑68 (MQ=255) gCTGTTCGGCAAGCTCGCGGAAGTGGCAGGTGAATGTCTGCGCAAGGGCGCGCAGGTCTACATCGAAg > 1:7932004/1‑68 (MQ=255) gCTGTTCGGCAAGCTCGCGGAAGTGGCAGGTGAATGTCTGCGCAAGGGCGCGCAGGTCTACATCGAAg > 1:33790334/1‑68 (MQ=255) gCTGTTCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAg > 1:32279241/1‑68 (MQ=255) gCTGTTCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAg > 1:11792699/1‑68 (MQ=255) tGTTCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAgg < 1:19387025/67‑1 (MQ=255) tGTTCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAgg < 1:24264270/67‑1 (MQ=255) tGTTCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAgg < 1:17533649/67‑1 (MQ=255) tGTTCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAgg < 1:2773895/67‑1 (MQ=255) tCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCa > 1:37682510/1‑67 (MQ=255) tCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCa > 1:7032223/1‑67 (MQ=255) ggCAAGCTCGCGGAAGTGGCAGGTGAATGTCTGCGCAAGGGCGCGCAGGTCTACATCGAAGGTCAGCt < 1:13658903/68‑1 (MQ=255) ggCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCt < 1:9382417/68‑1 (MQ=255) aaaCTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCg > 1:12476605/1‑68 (MQ=255) aaaCTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCg > 1:11963280/1‑68 (MQ=255) aaaCTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCg > 1:18476076/1‑68 (MQ=255) aaaCTGGCAGAAGTGGCGAGCCAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCg > 1:2402302/1‑68 (MQ=255) aaCTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGt < 1:1991268/68‑1 (MQ=255) aCTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTa < 1:4601829/68‑1 (MQ=255) tGGCAGACGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:21620620/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:29164908/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:30438930/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:30854485/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:3164794/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:6341505/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:26843463/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:15998704/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:19228818/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:13245577/68‑1 (MQ=255) ggAAGTGGCAGGTGAATGTCTGCGCAAGGGCGCGCAGGTCTACATCGAAGGTCAGCTTCGCACCCGTa < 1:15020192/67‑1 (MQ=255) ggAAGTGGCAGGTGAATGTCTGCGCAAGGGCGCGCAGGTCTACATCGAAGGTCAGCTTCGCACCCGTa < 1:6744971/67‑1 (MQ=255) ggAAGTGGCAGGTGAATGTCTGCGCAAGGGCGCGCAGGTCTACATCGAAGGTCAGCTTCGCACCCGTa < 1:12802691/67‑1 (MQ=255) aaGTGGCAGGTGAATGTCTGCGCAAGGGCGCGCAGGTCTACATCGAAGGTCAGCTTCGCACCCGTag < 1:20788828/67‑2 (MQ=255) aaGTGGCAGGTGAATGTCTGCGCAAGGGCGCGCAGGTCTACATCGAAGGTCAGCTTCGCACCCGTa > 1:14491297/1‑66 (MQ=255) aGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTa < 1:17072412/65‑1 (MQ=255) aGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTa < 1:4282567/65‑1 (MQ=255) aGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTa < 1:23254199/65‑1 (MQ=255) aGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTa < 1:7578157/65‑1 (MQ=255) aGTGGCAGGTGAATGTCTGCGCAAGGGCGCGCAGGTCTACATCGAAGGTCAGCTTCGCACCCGTagc < 1:5512511/67‑3 (MQ=255) gTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATg > 1:8180586/1‑68 (MQ=255) ggCGAGCGTATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATgg < 1:1423193/67‑1 (MQ=255) ggCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATgg < 1:38936190/67‑1 (MQ=255) ggCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGGCAGCTGCGTACCCGTAAATgg < 1:21175552/67‑1 (MQ=255) gagcgaATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATAACGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCg < 1:16285581/68‑1 (MQ=255) gcgaATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGa < 1:32011018/67‑1 (MQ=255) gcgaATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGa > 1:31142316/1‑67 (MQ=255) gcgaATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGa < 1:10227975/67‑1 (MQ=255) atatCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTAAATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCaa < 1:3447559/67‑1 (MQ=255) tCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCg > 1:25160136/1‑68 (MQ=255) cTGCGTAACGGTGCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:26484179/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:14091223/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:206797/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:8862934/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:8667750/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:2737423/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:393003/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:36138951/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:25830269/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:33179218/68‑1 (MQ=255) aaaGGTTGTCAGGTTTATATCGAAGGGCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGa < 1:33944968/68‑1 (MQ=255) aaaGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAgg < 1:7262833/67‑1 (MQ=255) aaaGGTTCTCAGGGTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGa < 1:3265054/68‑1 (MQ=255) aaGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGa > 1:28243511/1‑67 (MQ=255) aGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATc < 1:18127548/68‑1 (MQ=255) aGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATc < 1:5696882/68‑1 (MQ=255) aGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATc < 1:20527780/68‑1 (MQ=255) aGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATc < 1:22296363/68‑1 (MQ=255) aGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATc < 1:10394404/68‑1 (MQ=255) aGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATc < 1:3816317/68‑1 (MQ=255) aGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGGCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATc < 1:108227/68‑1 (MQ=255) ggTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATc > 1:1788090/1‑67 (MQ=255) ggTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATc > 1:4839093/1‑67 (MQ=255) ggTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATc > 1:19644845/1‑67 (MQ=255) 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atatCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGaa < 1:29321227/68‑1 (MQ=255) | GCGTTGTGCTGTTCGGCAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAG > CP009273/4264222‑4264356 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |