| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 221943 = | NA (NA) | 65 (0.190) | 14/94 | NT | NA | noncoding (76/77 nt) | ileV | tRNA‑Ile |
| ? | CP009273 | 221964 = | NA (NA) | intergenic (+20/‑23) | ileV/alaV | tRNA‑Ile/tRNA‑Ala | |||||
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
AGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/222018‑221943‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcaaatttgAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGA > CP009273/221964‑222030 AGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTG < 1:34056272/68‑1 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:22953024/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:22048529/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:8578738/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:21575098/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:6410502/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:21017888/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:5518088/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:19203758/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:26568758/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:27227251/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:34628827/1‑68 GCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC > 1:1451671/1‑68 AGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAA > 1:1024328/1‑68 AGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGC < 1:10132039/66‑1 GGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAA > 1:28208241/1‑68 GGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAA > 1:2495536/1‑68 CGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATT > 1:14216321/1‑68 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TAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGC < 1:172070/66‑1 TAAAACCTCTTCAAATTTGCCGCCCAAATTAGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGC < 1:7561368/66‑1 TAAAACCTCATCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGC < 1:1598588/66‑1 AAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAG < 1:17615682/68‑1 AAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAG < 1:20579364/68‑1 ACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCT < 1:24721120/68‑1 ACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCT < 1:15135637/68‑1 AATTTGCCGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCG < 1:28975723/68‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:17887047/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:1074751/67‑1 CAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGC < 1:26280252/67‑1 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TGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGG < 1:31314376/68‑1 TGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGG > 1:17378721/1‑68 GAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGA < 1:12410316/68‑1 GAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGA < 1:34499537/68‑1 GAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGA < 1:1153783/68‑1 AGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/222018‑221943‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcaaatttgAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGA > CP009273/221964‑222030 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |