| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 222376 = | NA (NA) | 7 (0.020) | 4/98 | NT | NA | noncoding (131/2904 nt) | rrlH | 23S ribosomal RNA of rrnH operon |
| ? | CP009273 | 222394 = | NA (NA) | noncoding (149/2904 nt) | rrlH | 23S ribosomal RNA of rrnH operon | |||||
Only 100 of 1021 total aligned reads displayed.
TTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACACACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/222449‑222376‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acacactATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGG > CP009273/222394‑222460 TAGATGTTTCCGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTACCCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAAC > 1:26133528/1‑68 TAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATTGATTCAGTTAATGATAGAGTGTCGAAAa > 1:10022510/1‑67 TAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAAC > 1:15148384/1‑68 TAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAAC > 1:22345132/1‑68 TAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAAC > 1:22958819/1‑68 TAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAAC > 1:19374722/1‑68 TAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAAC > 1:27198938/1‑68 TAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAAC < 1:29945662/68‑1 TAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAAC > 1:5570973/1‑68 TAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAAC > 1:6161522/1‑68 TAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAAC > 1:12299196/1‑68 AGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACA < 1:5227762/68‑1 AGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACA < 1:11189893/68‑1 AGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACA < 1:17518120/68‑1 AGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACA < 1:34777358/68‑1 AGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAAC > 1:33522573/1‑67 AGATGTATCATTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCTGTTAATGATAGTGTGTCGAAACA < 1:13904628/68‑1 GATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:9772630/1‑68 GATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:10828725/1‑68 GATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:5038691/1‑68 GATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:24602936/1‑68 GATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:72171/1‑68 GATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:29377184/1‑68 GATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:33957978/1‑68 GATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:16126804/1‑68 GATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACA > 1:31473702/1‑67 TGTTTCAGTTCCGGCGGTTCGGCTCATTAACCTATGGTTTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC < 1:17852884/66‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTTATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:31746057/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTGAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:9522798/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACACA < 1:26976314/67‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACACA < 1:31265093/67‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACACA < 1:25871482/67‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACACA < 1:10373944/67‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACACA < 1:15460106/67‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACACA < 1:14925181/67‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACACA < 1:14330065/67‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:14663227/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC < 1:17056526/66‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:27382003/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC < 1:28444538/66‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:29036358/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:1646423/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC < 1:15795237/66‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:20725099/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:11416994/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:8964325/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC < 1:33690917/66‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC < 1:9216526/66‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:13554902/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC < 1:6022091/66‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:6451436/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:6923243/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:7547850/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC < 1:26573968/66‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:24335780/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:20017666/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:22166313/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:21997739/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:21433545/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:1849061/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:1805561/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGGCGAAACAC < 1:2808007/66‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGAGTGTCGAAACACA < 1:1902076/67‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTAAGTTAAAGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:30648387/1‑66 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTAGGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACgc > 1:23823333/1‑64 TGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGACTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC < 1:12500654/66‑1 TGTTTCAGTTCCCCCGGATCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:12931223/1‑66 GTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:7747677/1‑65 GTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:21122281/1‑65 GTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:20408285/1‑65 GTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACAC > 1:29605854/1‑65 CTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACACACTATCATTAACTGAATCCATAGG < 1:30391241/68‑1 acgCACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCCGGGGAACTGAAACATCTAAGTAC > 1:25093120/4‑67 ACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTAC > 1:28620736/1‑67 ACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTAC > 1:28877089/1‑67 CACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACC > 1:18260472/1‑67 CACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACC < 1:27690009/67‑1 CACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACC > 1:25544161/1‑67 CACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACC > 1:16714323/1‑67 CACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACC < 1:1196746/67‑1 CACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACC > 1:22671489/1‑67 CACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACC > 1:4669511/1‑67 CACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACC < 1:4282398/67‑1 CACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACC > 1:23334867/1‑67 CACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACC < 1:2359732/67‑1 CACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACC > 1:32908109/1‑67 ACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCC > 1:13355748/1‑68 ACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCC > 1:3858955/1‑68 ACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCC > 1:19828505/1‑68 ACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCC > 1:32563500/1‑68 ACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCC > 1:8701315/1‑68 ACACTAACATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCC > 1:8092300/1‑68 atTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAAAATCTAAGTACCCCGA > 1:34204586/3‑68 ACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGTGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGA > 1:3334425/1‑68 ACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGA > 1:11683035/1‑68 ACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGA < 1:2094379/68‑1 CTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAG < 1:32062099/68‑1 CTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAG > 1:8385501/1‑68 TATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGG < 1:24187883/68‑1 TATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGG > 1:34481498/1‑68 TTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACACACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/222449‑222376‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acacactATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCCCGAGG > CP009273/222394‑222460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |