| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1070341 = | NA (NA) | 10 (0.030) | 3/94 | NT | NA | noncoding (1/28 nt) | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 1070369 = | NA (NA) | intergenic (+33/+7) | rutR/putA | rut operon transcriptional repressor for/fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1070415‑1070341‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > CP009273/1070369‑1070435 TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTC < 1:22507076/68‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTC < 1:34605211/68‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTC < 1:33172430/68‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:22944099/67‑1TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT < 1:8369012/67‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:466366/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:22190929/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:22916325/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:26944769/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCC < 1:33944843/68‑1 GCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCT > 1:31904943/1‑66 aGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCT > 1:12159935/2‑67 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTC < 1:18383166/68‑1 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCT < 1:18213264/67‑1 CGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCT < 1:9662664/67‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:32047864/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:13480665/68‑1 TGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGG < 1:27800027/68‑1 TGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGT < 1:768869/68‑1 TGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGT < 1:12201025/68‑1 CTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCA < 1:17551594/67‑1 CTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCA < 1:26889284/67‑1 CTATAGGTTAAACAGGGAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCA < 1:25449835/67‑1 TAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAA < 1:24778147/68‑1 TAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAA < 1:5167313/68‑1 TAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAA < 1:21813590/68‑1 TAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAA < 1:19001867/68‑1 accGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGT < 1:1675545/65‑1 TCCTCCTGCTACCTGTATAACCTATAGTCATTAACCTGGGGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACA < 1:22032026/68‑1 TCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACA < 1:2018245/68‑1 TCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACA < 1:8488289/68‑1 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:9211283/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:10198714/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:8250560/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:13722372/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:13773141/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:14193443/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:15209908/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:17194962/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:18148635/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:26855473/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:19195921/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:8882428/1‑66 CCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACAGCCAGCGGCAGCGGTATTCAC > 1:12346213/1‑66 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGGGTTACCGCCAGGGGCAGCGGTATTCACACT < 1:26575684/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:28974595/68‑1 CTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACT < 1:9934823/68‑1 TCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTC > 1:2726139/1‑68 CCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCA < 1:33031176/68‑1 CCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCA < 1:12227961/68‑1 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:8398950/1‑68 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:11119655/1‑68 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC < 1:6870705/68‑1 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC > 1:3472914/1‑68 GGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC < 1:19328723/68‑1 GGCTACCTGCCTACCCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGC < 1:25172303/68‑1 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:2980777/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:29443041/1‑68 GCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCG > 1:2342009/1‑68 CTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > 1:3656065/1‑68 CTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > 1:21872970/1‑68 CTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > 1:12911368/1‑68 TGCCGCTGGCGGTAACGCCAGCTTAATGACTATAGGTTAAACAGGTAGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1070415‑1070341‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcctccggcTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGCCAGCGGCAGCGGTATTCACACTCAGCGA > CP009273/1070369‑1070435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |