| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3487124 | NA (NA) | 16 (0.040) | 7/96 | NT | NA | noncoding (8/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 3487134 | NA (NA) | noncoding (18/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
TCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3487053‑3487124‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gccggacgACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTGA < CP009273/3487134‑3487068 TCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCG > 1:17490409/1‑68TCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCG > 1:17424458/1‑68TCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCG > 1:26203641/1‑68 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:279897/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:30799291/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:31512140/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:29065820/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:28052665/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:31797375/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:26132309/68‑1 CCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG < 1:25315488/68‑1 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTGATTTATTGCTCATGCCGG > 1:8036590/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGA < 1:32723139/68‑1 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:5137447/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:34044929/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:3400929/1‑67 CTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGG > 1:26395261/1‑67 TGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGAC > 1:5017849/1‑68 TGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGAC > 1:26695804/1‑68 TGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGAC > 1:5883114/1‑68 TGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCGCATTAATTGCTCATGCCGGAC > 1:24685034/1‑68 GTTAGGTTTCGTTCGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:24975776/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:17396714/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:14199160/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:20747085/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:13429399/68‑1 GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:10002693/68‑1 GTTAGGTTTCGGCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:5434746/68‑1 TTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:18118451/1‑67 TTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:18877571/1‑67 ACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCGTTAGTGCCGTCCGGGATGAGCATTTAATGAG > 1:16944004/1‑68 ACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAG > 1:11187150/1‑68 CCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGGAATTAATGAGA > 1:8271173/1‑68 ACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCA > 1:25531797/1‑68 CCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGTCGACGATTGTGCCGGCCGGGATGCGCAAGTAATGAGAGGTCAG > 1:23043478/1‑68 CCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAG > 1:4981997/1‑68 TAATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTAT > 1:9834390/1‑68 ATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTTATGAGAGGTCAGGGTGTTAT > 1:13254655/1‑66 ATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTAT > 1:1498469/1‑66 ATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTAT > 1:12776374/1‑66 ATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTAT > 1:6584523/1‑66 ATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTAT > 1:19188313/1‑66 ATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTAT > 1:28869068/1‑66 ATTGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTAT > 1:13271813/1‑66 TGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTG > 1:23088777/1‑68 TGCTCATGCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTG > 1:3657481/1‑68 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGCCGGTG > 1:2928595/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:33626113/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:33301650/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:5891575/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:12709698/1‑67 GCCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTG > 1:2363443/1‑67 CCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGAC > 1:14621179/1‑68 CCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGAC > 1:26296661/1‑68 CCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGAC > 1:149759/1‑68 CCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGAC > 1:34509115/1‑68 CCGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGAC > 1:23349180/1‑68 CGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG < 1:4463552/68‑1 CGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG < 1:3708958/68‑1 CGGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG < 1:11149200/68‑1 GGACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGG < 1:2743794/68‑1 GGACGACGATAGTGCCGCCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGG < 1:5920822/68‑1 ACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGATGGC < 1:847361/67‑1 ACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGC < 1:15253091/67‑1 ACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG > 1:25462064/1‑65 ACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG > 1:22686860/1‑65 ACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG > 1:17459908/1‑65 ACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG > 1:17534124/1‑65 ACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG > 1:26413797/1‑65 ACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG > 1:29660710/1‑65 ACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG > 1:1828673/1‑65 ACGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACG > 1:1828689/1‑65 CGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTG > 1:14467801/1‑68 CGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTG > 1:22536426/1‑68 CGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTG > 1:5312738/1‑68 CGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTG > 1:34025162/1‑68 CGACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGCTGACGGCTG > 1:1597925/1‑68 GACGATAGTGCCTGCCGGCATGAGCAAAAAATGAGCGGGCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTta < 1:15360881/68‑3 GACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTGA < 1:17848661/68‑1 GACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTGA < 1:4469652/68‑1 GACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTGA < 1:3137376/68‑1 TCCTGTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3487053‑3487124‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gccggacgACGATAGTGCCGTCCGGCATGAGCAATTAATGAGAGGTCAGGGTGTTATGCTGACGGTGACGGCTGA < CP009273/3487134‑3487068 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |