| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3618995 | NA (NA) | 9 (0.030) | 6/92 | NT | NA | noncoding (47/82 nt) | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | CP009273 | = 3619028 | NA (NA) | noncoding (80/82 nt) | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP260 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
GTTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCAccgatgcgta‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3618931‑3618995‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGATAAGGC < CP009273/3619028‑3618954 GTTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCG > 1:31201561/1‑68GTTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCG > 1:9404807/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:13384009/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:5671835/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:21753097/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:719878/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:3709500/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:1564181/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:7850318/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:7929416/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:28619603/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:2286184/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:29414217/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:30482146/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:11970647/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:11739914/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:26460203/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA > 1:19546879/1‑68 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACC < 1:100812/66‑1 TTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACC < 1:28060016/66‑1 TTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAACCAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA < 1:23408317/67‑1 TTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA < 1:5692148/67‑1 TTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA < 1:17046298/67‑1 TTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA < 1:382674/67‑1 TTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA < 1:16233278/67‑1 TTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA < 1:18343215/67‑1 TTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA < 1:22780028/67‑1 TTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA < 1:34365916/67‑1 TTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGA < 1:8412845/67‑1 TTGGGTGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATG < 1:31522626/68‑1 TTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATG < 1:23000647/68‑1 TTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATG < 1:25551025/68‑1 TTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATG < 1:9704042/68‑1 TTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATG < 1:34116178/68‑1 TTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATG < 1:15687356/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:25626126/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:9566783/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:1475269/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:28410020/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:3746036/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:34486787/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:29137830/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:20886707/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:32982414/68‑1 TGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGC < 1:19731631/68‑1 GGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGT > 1:27268321/1‑68 GGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGT > 1:14242261/1‑68 GGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGT > 1:8616152/1‑68 GGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGT > 1:8843719/1‑68 GGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGT < 1:32102974/67‑1 GGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGT < 1:27349153/67‑1 GGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGTA < 1:24748452/67‑1 AACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGTAAGCTTATAGGG > 1:17251090/1‑66 AACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGTAAGCTTATAGGG > 1:21922947/1‑66 AACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGTAAGCTTATAGGG > 1:1528235/1‑66 GCCTTATACGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGAGTAGTAAGCGTATAGGCACTAC > 1:26141263/1‑68 TCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAAATGCACCGATGCGTAAGCTTATAGGGCCTACGCATCG > 1:33579730/1‑68 CCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGTAAGGTTATAGGGACTACGCATCGG > 1:19252883/1‑68 AACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGTAAGCTTTTAGGGAGTACGCAGCGGGGCAAGTTtt > 1:27727859/1‑66 AACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTAT > 1:16757148/1‑68 ACAACTAAAATTCAATAAATTGCACCGATGCGAAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTTTT > 1:19862216/1‑68 ACCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATGTTAGTTGTTTTTAGGCCG > 1:8740940/1‑68 CCGATGGGTAAGCTTATAGGGACAAGGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTTGTTCTTTTTAGGCCG < 1:18105453/67‑1 CCGATGCGTAAGCTTTTAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:12267396/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGGCTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:18691993/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:1875707/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:5263270/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:34517318/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:25042382/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:202500/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:20468482/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:20904110/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:7099715/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG < 1:22214804/68‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:26920589/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:11056092/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGG > 1:2321561/1‑68 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCG < 1:31390363/67‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCG < 1:16620987/67‑1 CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCG < 1:15374110/67‑1 cgtTGCGTAAGCTTTTAGGGACTAGGAATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTTGGCCGGA < 1:10190125/65‑1 CGATGCGTAAGGTTATAGGGAGTACGGATCGGTGCTATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGA < 1:18680561/68‑1 CGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGA < 1:17715631/68‑1 CGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGA < 1:235668/68‑1 CGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGA < 1:10540942/68‑1 CGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGA < 1:26780802/68‑1 CGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGA < 1:12908599/68‑1 CGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGA < 1:28532633/68‑1 CGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGA < 1:21703451/68‑1 CGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGA < 1:21669869/68‑1 CGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGA < 1:32229866/68‑1 CGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGA < 1:18768736/68‑1 CGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGA < 1:33567126/68‑1 TGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGA < 1:16011324/65‑1 GCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGATAAG > 1:7494307/1‑68 GCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGATAAG > 1:22231295/1‑68 CGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGATAAG > 1:7237188/1‑67 CGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGATAAG > 1:22756235/1‑67 GTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGATAAGGC < 1:27875334/68‑1 GTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGATAAGGC < 1:11448942/68‑1 GTTTTGGGGGTCAGTTCATAAACGCCTTATCCGGCCTAAAAACAACTAAAATTCAATAAATTGCAccgatgcgta‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3618931‑3618995‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGATGCGTAAGCTTATAGGGACTACGCATCGGTGCAATTTATTGAATTTTAGTTGTTTTTAGGCCGGATAAGGC < CP009273/3619028‑3618954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |