| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 4559156 = | 678 (1.630) | 6 (0.020) | 4/96 | NT | 1.1% | pseudogene (342/921 nt) | yjiP | pseudogene, transposase_31 family protein |
| ? | CP009273 | 4559196 = | 518 (1.450) | pseudogene (382/921 nt) | yjiP | pseudogene, transposase_31 family protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 772 total aligned reads displayed.
CTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTG > CP009273/4559090‑4559221 | cTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCg < 1:1246900/67‑1 (MQ=255) ttccgtgcggtagtcgggtcggcaaattcgtccagccagcacagggaccaggggtaaggactacgGCt < 1:14106796‑M1/3‑1 (MQ=255) ttccgtgcggtagtcgggtcggcaaattcgtccagccagcacagggaccaggggtaaggactacgGCt < 1:13771965‑M1/3‑1 (MQ=255) ttccgtgcggtagtcgggtcggcaaattcgtccagccagcacagggaccaggggtaaggactacgGCt < 1:12185159‑M1/3‑1 (MQ=255) tCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTAc < 1:5412426/68‑1 (MQ=255) tCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTAc < 1:16047038/68‑1 (MQ=255) cGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTAcc < 1:1551809/68‑1 (MQ=255) cGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTAcc < 1:4740038/68‑1 (MQ=255) gCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCg > 1:2045618/1‑68 (MQ=255) tGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTg < 1:27388378/68‑1 (MQ=255) gATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTgg < 1:3736217/68‑1 (MQ=255) tGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTc > 1:23191680/1‑68 (MQ=255) cgcTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCa > 1:5630357/1‑67 (MQ=255) gcTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATc < 1:30606635/68‑1 (MQ=255) tCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt > 1:11559850/1‑68 (MQ=255) tCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt > 1:30130815/1‑68 (MQ=255) tCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt < 1:3425210/68‑1 (MQ=255) tCCATGGCAGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGAt > 1:23518492/1‑68 (MQ=255) tGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTa < 1:27664683/68‑1 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt > 1:6999569/1‑68 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt < 1:29429818/68‑1 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt > 1:14486449/1‑68 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAt > 1:19304937/1‑68 (MQ=255) ggCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTCGTCATCCCGATGCTAt > 1:14959281/1‑68 (MQ=255) cGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAtt < 1:32647793/67‑1 (MQ=255) cGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAtt < 1:34772190/67‑1 (MQ=255) ggTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTAtttt > 1:27082712/1‑68 (MQ=255) ggTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGGCATCCCGATGCTAtttt < 1:22997719/68‑1 (MQ=255) tGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCAc > 1:24441952/1‑68 (MQ=255) tGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCAc > 1:2207882/1‑68 (MQ=255) gTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACg < 1:2688802/68‑1 (MQ=255) gTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACg < 1:28989065/68‑1 (MQ=255) gTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACg < 1:32426338/68‑1 (MQ=255) gTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACg < 1:18708378/68‑1 (MQ=255) aGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGt > 1:28593568/1‑68 (MQ=255) cgcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTa > 1:27225323/1‑67 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTa < 1:32102043/66‑1 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTa < 1:6057603/66‑1 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAg > 1:30289627/1‑67 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAg > 1:8528879/1‑67 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAg > 1:15230773/1‑67 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAg > 1:15705917/1‑67 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAg > 1:16970472/1‑67 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAg > 1:31237650/1‑67 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAg > 1:24006286/1‑67 (MQ=255) gcCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGc < 1:19745871/68‑1 (MQ=255) cATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGcc < 1:18202018/67‑1 (MQ=255) ataGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAg > 1:3987555/1‑68 (MQ=255) ataGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCGATTTTATCACGGTAGCCGTAg > 1:22830106/1‑68 (MQ=255) taGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGt < 1:21815259/68‑1 (MQ=255) taGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGt < 1:10648842/68‑1 (MQ=255) taGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGt < 1:26339198/68‑1 (MQ=255) taGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGt < 1:19029567/68‑1 (MQ=255) agagCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGt > 1:4305233/1‑67 (MQ=255) agagCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGt > 1:9845354/1‑67 (MQ=255) agagCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGt > 1:17284208/1‑67 (MQ=255) agagCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTc < 1:7387168/68‑1 (MQ=255) agagCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTc < 1:25325901/68‑1 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCTTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:33030615/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTcc < 1:2932813/66‑1 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTcc < 1:9107695/66‑1 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:30935033/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:10008910/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:31794799/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:31376707/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:21095534/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:30508720/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:28140874/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:24944349/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:1772651/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:4963408/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:20080443/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:20886180/1‑68 (MQ=255) gCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGAAGTCCtt > 1:33169585/1‑68 (MQ=255) cATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCtt > 1:10327000/1‑67 (MQ=255) aTGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTa > 1:31591862/1‑67 (MQ=255) aTGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTa > 1:26255345/1‑67 (MQ=255) aTGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTa > 1:16327956/1‑67 (MQ=255) aTGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTa > 1:18429016/1‑67 (MQ=255) tGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc < 1:33517267/68‑1 (MQ=255) tGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc < 1:8903724/68‑1 (MQ=255) tGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc < 1:7848534/68‑1 (MQ=255) tGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc < 1:25743661/68‑1 (MQ=255) tGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc < 1:12693257/68‑1 (MQ=255) ggtaaggactacgGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc < 1:21413961‑M1/53‑1 (MQ=255) ggtaaggactacgGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc < 1:1333807‑M1/53‑1 (MQ=255) aTAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcc > 1:16624455/1‑66 (MQ=255) tAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTAcccc < 1:24172402/67‑1 (MQ=255) aaaCGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTg < 1:9508065/68‑1 (MQ=255) cGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTc < 1:11265540/68‑1 (MQ=255) cGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTc < 1:11802082/68‑1 (MQ=255) gCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTGCTTACCCCTGGTcc > 1:6555810/1‑68 (MQ=255) cccgCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTCGTCCTTACCCCTGGTc > 1:2601929/4‑66 (MQ=255) cAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTccc < 1:22435696/67‑1 (MQ=255) ccGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCtgt > 1:13183349/1‑67 (MQ=255) cGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCtgtg < 1:29894127/67‑1 (MQ=255) cGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCtgt < 1:8234694/66‑1 (MQ=255) cGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCtgt < 1:33817216/66‑1 (MQ=255) cGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCtgt < 1:11121013/66‑1 (MQ=255) cGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCtg < 1:2334287/65‑1 (MQ=255) | CTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTG > CP009273/4559090‑4559221 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |