| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 699831 = | 339 (0.810) | 23 (0.060) | 8/96 | NT | 8.4% | coding (432/1947 nt) | nagE | fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components |
| ? | CP009273 | 699861 = | 209 (0.580) | coding (462/1947 nt) | nagE | fused N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme: IIC, IIB, and IIA components | |||||
Only 100 of 415 total aligned reads displayed.
TGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCT > CP009273/699795‑699928 | tgtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCgg < 1:17566458/68‑1 (MQ=255) tccactcgccgcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGt < 1:16105137‑M2/3‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTTGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:4461583/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:22480129/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:6807392/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:169838/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:31574319/68‑1 (MQ=255) gtgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:14803561/68‑1 (MQ=255) gagCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt < 1:15149917/66‑1 (MQ=255) tgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt > 1:21350706/1‑67 (MQ=255) tgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt > 1:26467589/1‑67 (MQ=255) tgCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGt > 1:32339577/1‑67 (MQ=255) gCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTAc < 1:32210006/68‑1 (MQ=255) gCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTAc > 1:33199927/1‑68 (MQ=255) gCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTAc < 1:5232695/68‑1 (MQ=255) cactcgccgcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGt < 1:8442718‑M2/3‑1 (MQ=255) ccGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACa > 1:34430841/1‑68 (MQ=255) tcgccgcctgcatggatagcgtgctgtaccGGCGGCCCTTTTTGGGTTCGTCTGGCCGCCGGGACAg < 1:16718943‑M1/37‑1 (MQ=255) gATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGc < 1:15812200/68‑1 (MQ=255) gATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGc < 1:10436418/68‑1 (MQ=255) cgccgcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTACAGCa < 1:3517176‑M2/9‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCa < 1:17800302/67‑1 (MQ=255) ttGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc > 1:31799023/1‑68 (MQ=255) tGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCAc > 1:952106/1‑67 (MQ=255) gcctgcatggatagcgtgctgtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTACAGCACGCt < 1:11289774‑M2/13‑1 (MQ=255) gcctgcatggatagcgtgcggtaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTACAGCACGCt < 1:32582955‑M2/13‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:511167/67‑1 (MQ=255) cACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCt < 1:22929285/67‑1 (MQ=255) ctgcatggaaagcgcgctgaaccggcggccagacgaaaccaaaaatggccgccGGTACAGCACGCTAt < 1:18968642‑M2/15‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTa > 1:30829995/1‑67 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:12043313/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:25890339/68‑1 (MQ=255) aCCGGATTCTTCTGCCTGGGGCGGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTAt < 1:31201505/68‑1 (MQ=255) ccGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATc < 1:16361778/68‑1 (MQ=255) ccGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATc < 1:21911375/68‑1 (MQ=255) catggaaagcgtgctgaaccggcggccagacgtaaccaaaaatggccgccGGTACAGCACGCTATcc < 1:28815494‑M2/17‑1 (MQ=255) aTTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCACTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCAt > 1:20633913/1‑67 (MQ=255) ttcttcTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATg < 1:30327304/67‑1 (MQ=255) ttctGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAgg < 1:6061363/68‑1 (MQ=255) ttctGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAgg < 1:19855405/68‑1 (MQ=255) tctGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAggc > 1:2381646/1‑68 (MQ=255) tGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAggcgg < 1:26352934/68‑1 (MQ=255) gtgctgtaccGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCCCGCTATCCATGCCgggggc < 1:5819433‑M1/58‑1 (MQ=255) tgctgtaccGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGgcggcg < 1:26221790‑M1/59‑1 (MQ=255) tgctgtaccGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCGATCCATGCAGgcggcg < 1:6442823‑M1/59‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATcc > 1:24573620/1‑55 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:32139381/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa < 1:10137836/68‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:7095864/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:4222704/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:14434388/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:15625663/1‑68 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa < 1:22031143/68‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGa > 1:25628137/1‑68 (MQ=255) tGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAg < 1:29005224/68‑1 (MQ=255) tGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAg < 1:8500789/68‑1 (MQ=255) ggTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGt > 1:13698798/1‑68 (MQ=255) ggTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGt > 1:18915216/1‑68 (MQ=255) tGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTgg > 1:34186064/1‑68 (MQ=255) tGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTgg > 1:13161103/1‑68 (MQ=255) accGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGa < 1:4014374‑M1/65‑1 (MQ=255) cGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATc < 1:10857211‑M1/67‑1 (MQ=255) CGGGCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCgta < 1:26882918‑M1/68‑2 (MQ=255) CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:29658268‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:30580204‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:6510243‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:20001982‑M1/68‑1 (MQ=255) CGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGtt < 1:12267702‑M1/68‑1 (MQ=255) GGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGttt > 1:28620582‑M1/1‑68 (MQ=255) GGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGttt > 1:22611438‑M1/1‑68 (MQ=255) GGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGttt > 1:22298954‑M1/1‑68 (MQ=255) ggTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcgc > 1:15999763/1‑68 (MQ=255) gTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcgc > 1:25341987/1‑67 (MQ=255) ttACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcgcg < 1:9095182/67‑1 (MQ=255) tACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcgcgc < 1:34018109/67‑1 (MQ=255) tACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGgcgcgc < 1:843085/67‑1 (MQ=255) cggcTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTgg < 1:31062908/65‑1 (MQ=255) cGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTgg < 1:20476326/68‑1 (MQ=255) cGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTgg < 1:27440997/68‑1 (MQ=255) cGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTgg < 1:18557591/68‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGtt < 1:33800774/68‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:23538270/67‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:28313822/67‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:29230278/67‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:14246147/67‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGt < 1:32866514/67‑1 (MQ=255) gccgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCg > 1:29893896‑M2/7‑68 (MQ=255) ccgccGGTACAGCACGCTATCTATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCgg > 1:23314059‑M2/6‑68 (MQ=255) ccgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCgg > 1:29489837‑M2/6‑68 (MQ=255) ccgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCg < 1:9236971‑M2/62‑1 (MQ=255) cgccGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGt < 1:23990091‑M2/64‑1 (MQ=255) cGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCgg < 1:19668371‑M2/63‑1 (MQ=255) cGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCTGTAt < 1:4930773‑M2/66‑1 (MQ=255) cGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTAt < 1:5710392‑M2/66‑1 (MQ=255) cGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTAt < 1:25215657‑M2/66‑1 (MQ=255) cGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTAt < 1:20898330‑M2/66‑1 (MQ=255) cGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTAt < 1:18746489‑M2/66‑1 (MQ=255) cGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATc < 1:19061501‑M2/67‑1 (MQ=255) cGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTCGGTTCCGGTAt < 1:32693454‑M2/66‑1 (MQ=255) ggTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCt > 1:16897971/1‑68 (MQ=255) | TGTGCCGATTGCCACCGGATTCTTCTGCCTGGTGCTGGCGGCCATTTTTGGTTACGTCTGGCCGCCGGTACAGCACGCTATCCATGCAGGCGGCGAGTGGATCGTTTCTGCGGGCGCGCTGGGTTCCGGTATCT > CP009273/699795‑699928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |