| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3701786 | 115 (0.280) | 7 (0.020) | 5/88 | NT | 7.2% | intergenic (‑721/+190) | dppA/proK | dipeptide transporter/tRNA‑Pro |
| ? | CP009273 | = 3701789 | NA (NA) | intergenic (‑724/+187) | dppA/proK | dipeptide transporter/tRNA‑Pro | |||||
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
CCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTCGCCCTGCGGGC > CP009273/3701738‑3701856 | gcagGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGaa > 1:4292104‑M2/5‑68 (MQ=255) GGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTg < 1:11583122‑M2/68‑1 (MQ=255) GAGGTTCTCATCCTCTTGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGGTTTTCGAATTTgg > 1:16537036‑M2/1‑68 (MQ=255) GAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCTGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTgg > 1:33519156‑M2/1‑68 (MQ=255) GAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTgg > 1:28295729‑M2/1‑68 (MQ=255) GAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTgg > 1:32486897‑M2/1‑68 (MQ=255) GAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTgg > 1:31452017‑M2/1‑68 (MQ=255) GAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTgg > 1:20125415‑M2/1‑68 (MQ=255) AGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTgg < 1:24677573‑M2/67‑1 (MQ=255) AGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTgg > 1:28822592‑M2/1‑67 (MQ=255) AGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTgg > 1:12088724‑M2/1‑67 (MQ=255) AGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATCCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTgg > 1:12266391‑M2/1‑67 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTTGTc > 1:22676358‑M2/1‑68 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTc > 1:7468338‑M2/1‑68 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTc > 1:31689512‑M2/1‑68 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTc > 1:15943936‑M2/1‑68 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTc > 1:15769395‑M2/1‑68 (MQ=255) GGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTc > 1:6867607‑M2/1‑68 (MQ=255) TCTCATCCTCCTGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:23543651‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGGTTCAGATGCAAATAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:4344624‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:23148401‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:2914260‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:27475240‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:26469397‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:24001218‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:30728688‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:25716767‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:10410440‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:32180533‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:3294825‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:33677853‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:34679057‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:3749864‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:4106318‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:4504358‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:4920607‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:5105948‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:5772112‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:7157854‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:7728088‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:7906314‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:8093655‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:8669500‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:9768700‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:13159290‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt > 1:19138482‑M2/1‑68 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:18338163‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:1813508‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:17091599‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:19811927‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:14928247‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:13857603‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:21271308‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:11020678‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:10702922‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:21463487‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:10071075‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:22866744‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGAGCTGCAGAGGCAAAAAAGCCTGCTCGTTCAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:23421639‑M2/68‑1 (MQ=255) TCTCATCCTCATGACCTGCAGATGCCAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGt < 1:25098889‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTTAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:6437342‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:12936372‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:989203‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:14455842‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:34172133‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:927806‑M2/68‑1 (MQ=255) CTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTg < 1:20903237‑M2/68‑1 (MQ=255) gcagCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc > 1:2718602/4‑67 (MQ=18) gCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc < 1:13421065/67‑1 (MQ=33) gCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc > 1:3272312/1‑67 (MQ=33) gCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc > 1:11694578/1‑67 (MQ=33) gCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc > 1:13565740/1‑67 (MQ=33) gCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc > 1:27388234/1‑67 (MQ=33) gCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc > 1:34198087/1‑67 (MQ=33) gCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc > 1:2691619/1‑67 (MQ=33) gCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc < 1:2033632/67‑1 (MQ=33) gCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTAc > 1:14593854/1‑67 (MQ=33) tGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTc > 1:26102155/1‑67 (MQ=37) tGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTc > 1:12390490/1‑67 (MQ=37) gCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGc < 1:8544747/68‑1 (MQ=40) aTGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACt > 1:19317584/1‑68 (MQ=255) tGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACtt < 1:9839022/68‑1 (MQ=255) tGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACt > 1:27902043/1‑67 (MQ=255) tGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACt < 1:12635661/67‑1 (MQ=255) tGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACt > 1:2189231/1‑67 (MQ=255) tGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACt < 1:5530893/67‑1 (MQ=255) tGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACt > 1:17296281/1‑67 (MQ=255) aaaaGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTg > 1:18984784/1‑67 (MQ=255) aaaGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTg > 1:22157013/1‑66 (MQ=255) gCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTc > 1:13276531/1‑67 (MQ=255) gCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTc > 1:15535405/1‑67 (MQ=255) gCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTc > 1:16650530/1‑67 (MQ=255) gCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTc > 1:29605633/1‑67 (MQ=255) gCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTc > 1:33329424/1‑67 (MQ=255) gCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTc > 1:30097768/1‑67 (MQ=255) gCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTc > 1:30508370/1‑67 (MQ=255) gCCTGCTCGTTGAGCAGGCGTTTCGAAGTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCTCCACTTCGTGGCTc > 1:18505859/1‑67 (MQ=18) ccTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTCg > 1:22317190/1‑67 (MQ=255) gcgcGTTGCGCAGGCTTTTCGAATTTGGGCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTCGCCCt < 1:16917574/65‑1 (MQ=21) gCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTCGCCCt < 1:25852337/68‑1 (MQ=255) | CCCCGGAGGTTCTCATCCTCATGAGCTGCAGATGCAAAAAAGCCTGCTCGTTGAGCAGGCTTTTCGAATTTGGTCGGTGATAGAGGATTACTCGCCACTTCGTGGCTCGCCCTGCGGGC > CP009273/3701738‑3701856 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |