| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 802,799 | C→G | 8.7% | intergenic (‑62/+90) | ybhC ← / ← ybhB | acyl‑CoA thioesterase, lipoprotein/kinase inhibitor homolog, UPF0098 family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 802,799 | 0 | C | G | 8.7% | 364.0 / 19.5 | 104 | intergenic (‑62/+90) | ybhC/ybhB | acyl‑CoA thioesterase, lipoprotein/kinase inhibitor homolog, UPF0098 family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (60/35); new base G (7/2); total (67/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CACAGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGC > CP009273/802735‑802866 | cacaGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTg > 1:1007155/1‑68 (MQ=255) acaGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTg > 1:6481223/1‑67 (MQ=255) acaGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTg > 1:8933471/1‑67 (MQ=255) caGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc > 1:20806442/1‑66 (MQ=255) caGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc > 1:3968466/1‑66 (MQ=255) ttGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc < 1:11070910/64‑3 (MQ=255) ttGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc < 1:13526687/64‑3 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCtt > 1:15923387/4‑68 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCtt > 1:2751175/4‑68 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCtt > 1:22985026/4‑68 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCtt > 1:19311077/4‑68 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCtt < 1:19322633/65‑1 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCtt > 1:31827770/4‑68 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCt < 1:8889072/64‑1 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCt < 1:9474214/64‑1 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCt < 1:20246580/64‑1 (MQ=255) agCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTa > 1:7248975/2‑68 (MQ=255) cTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAg > 1:10189267/1‑68 (MQ=255) ttttttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTaa < 1:3362096/66‑1 (MQ=255) ttttttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTaa < 1:18564970/66‑1 (MQ=255) ttttttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTaa < 1:8015220/66‑1 (MQ=255) ttttttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAg < 1:7440017/67‑1 (MQ=255) ttttttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAg < 1:16815023/67‑1 (MQ=255) ttttttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAg < 1:4855205/67‑1 (MQ=255) ttttttATACTAACTTCAGCGAAACGGGAATGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAg < 1:12165340/67‑1 (MQ=255) tttttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTg < 1:26729300/68‑1 (MQ=255) tttttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTg < 1:12393812/68‑1 (MQ=255) tttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGAt < 1:21630763/68‑1 (MQ=255) tttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGAt > 1:3694556/1‑68 (MQ=255) tttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGAt < 1:232871/68‑1 (MQ=255) tttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGAt < 1:32174547/68‑1 (MQ=255) tttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGAt < 1:19385497/68‑1 (MQ=255) tttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGAt > 1:18782226/1‑68 (MQ=255) tttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGAt < 1:30884665/68‑1 (MQ=255) tttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGAt < 1:31135899/68‑1 (MQ=255) tttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGAt < 1:10447083/68‑1 (MQ=255) ttATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATa < 1:27616084/68‑1 (MQ=255) tataCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATa > 1:25234887/1‑67 (MQ=255) tataCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATa > 1:33325502/1‑67 (MQ=255) tataCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATa > 1:24123386/1‑67 (MQ=255) ataCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATAct < 1:8941476/68‑2 (MQ=255) ataCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATAcc < 1:19051025/68‑1 (MQ=255) ataCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATAcc > 1:15482299/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATGCCTTTAAGTGATACCAg > 1:25045877/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:29513199/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:9798600/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg < 1:29709580/68‑1 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:31493101/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:30462711/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:33408361/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:34342043/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:34389269/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:34506213/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:3490572/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:57086/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:6373641/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:7779990/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:780279/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:7869262/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:28688569/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:11511666/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:12733324/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:15097582/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg < 1:15242243/68‑1 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:17223084/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:18327931/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:2141433/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:21548255/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:22342072/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:22627996/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:29068123/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:27916664/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:25663412/1‑68 (MQ=255) aCTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAg > 1:2573664/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:16741616/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:7041/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:7459792/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:7518404/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:15327970/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:28114825/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:28440694/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:1480810/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:8171526/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:12924759/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:30287780/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:10351985/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:10190044/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc < 1:16778016/68‑1 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:25047966/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:26395682/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc < 1:20085142/68‑1 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:5652447/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:20942648/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:21895215/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc < 1:21972538/68‑1 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:32260404/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:32528104/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:34122118/1‑68 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc < 1:230491/68‑1 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGc > 1:24458247/1‑68 (MQ=255) | CACAGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGC > CP009273/802735‑802866 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |