| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2747582 = | 408 (0.920) | 27 (0.070) | 4/94 | NT | 8.5% | coding (76/291 nt) | ratB | UPF0125 family protein |
| ? | CP009273 | 2747605 = | 236 (0.630) | coding (53/291 nt) | ratB | UPF0125 family protein | |||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
GTGCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/2747657‑2747582‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgctgcaggTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCTTTC > CP009273/2747605‑2747671 GTGCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:31730023/1‑68GTGCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:13628872/1‑68GTGCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGAC > 1:3521383/1‑68 ggCAGGGAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGC < 1:3731411/66‑1 GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:24704875/67‑1 GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:26380654/67‑1 GCCAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACG < 1:18521537/67‑1 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CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:27624107/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:9677503/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:25731285/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:28579200/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:29968678/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:3275662/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:32901203/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:33411375/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:33880856/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:34285260/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:35405828/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:36086686/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:3835722/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:7010491/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:8472188/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:8781503/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:1117264/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:24809148/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:12766032/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:23630282/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:13173216/67‑1 CAGGTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCT < 1:14028315/67‑1 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GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:14134193/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:25348100/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:28077523/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:12127560/1‑68 GTAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:32235476/1‑68 GTAAAATAGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG > 1:452119/1‑68 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG < 1:20303734/67‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:18269152/65‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:32384436/65‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:27151962/65‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGC < 1:7050648/65‑1 TAAAATTGCCGTTGAGGGGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAG < 1:31990724/67‑1 TAAAATTGCCGTTCAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCA < 1:35599808/66‑1 AAAATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGT < 1:25093992/68‑1 ATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGATGCAGGcgg > 1:5227512/1‑64 ATTGCCGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGGGACGCTGCAGGTACT < 1:17129031/68‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTCCCTGCAGCGAGGGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:1228109/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:14424841/67‑1 CGTTGAGGTGGCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:19993767/67‑1 CGTTGAGGTGGCGTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTT < 1:8904284/67‑1 GCTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGAACCTGCAGCGAGGGACGCTGCAGGTACTGCTGCTCAGGTAGC < 1:14387562/67‑1 CTTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCG < 1:11454319/67‑1 TTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGC < 1:34570200/67‑1 TTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGC < 1:14785687/67‑1 TTATGCGCTACCTGAGAAGCAGTACCTGCAGCGAGGGACGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGC < 1:24362528/67‑1 cctCCTGCAGCGAGTGACGCTGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAAT < 1:4707017/64‑1 TGCAGGTTCTGCTTCTCAGGTAGCGCTTAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACC < 1:2924096/67‑1 TGCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACC > 1:5807063/1‑67 GCAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACC > 1:816078/1‑66 CAGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT > 1:23388002/1‑68 AGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT < 1:16253088/67‑1 AGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT < 1:36446417/67‑1 AGGTACTGCTTCTCAGGTAGCGCATAAGCCACCTCAACGGCAATTTTACCTGGCACTGTAAACCTCT < 1:6267964/67‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |