| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 360104 = | 394 (0.890) | 567 (1.270) | 67/112 | NT | 59.0% | intergenic (‑38/+557) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | CP009273 | = 360286 | NA (NA) | intergenic (‑220/+375) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor | |||||
Only 100 of 1150 total aligned reads displayed.
ATCCAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAA > CP009273/360037‑360171 | aacagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattaa < 1:17630766‑M1/2‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAAt > 1:30458670/1‑68 (MQ=255) ccAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAAt < 1:32359116/68‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAAt > 1:7633925/1‑68 (MQ=255) acagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattaat > 1:36895947‑M1/66‑68 (MQ=255) acagataaaacgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattaat < 1:12447678‑M1/3‑1 (MQ=255) aGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAAtt > 1:10745940/1‑67 (MQ=255) gcgcCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAAtt > 1:24407480/1‑66 (MQ=255) gcgcCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAAtt > 1:15339042/1‑66 (MQ=255) taaaacgaaaggcccaggctttcgaatgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTg > 1:612836‑M1/61‑68 (MQ=255) gcCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTg > 1:8174538/1‑68 (MQ=255) ccaTCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAg < 1:11799961/68‑1 (MQ=255) ccaTCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAg < 1:13679988/68‑1 (MQ=255) acgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcgtggggaattAATTCCTGGCAg < 1:25655221‑M1/12‑1 (MQ=255) acgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAg > 1:10287613‑M1/57‑68 (MQ=255) acgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAg < 1:26219711‑M1/12‑1 (MQ=255) cgacaggcccaggctatcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGt > 1:35365256‑M1/56‑68 (MQ=255) cgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGt > 1:30837167‑M1/56‑68 (MQ=255) cgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGt > 1:35132957‑M1/56‑68 (MQ=255) cgaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGt > 1:11564686‑M1/56‑68 (MQ=255) cgaaaggcccaggctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGt > 1:17099868‑M1/56‑68 (MQ=255) ccaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGt > 1:22270039‑M1/56‑68 (MQ=255) caTCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGt < 1:29304898/68‑1 (MQ=255) caTCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGt < 1:24985363/68‑1 (MQ=255) caTCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGt < 1:34548991/68‑1 (MQ=255) gaaaggcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGtt > 1:34067125‑M1/55‑68 (MQ=255) aTCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGtt < 1:33536191/68‑1 (MQ=255) ccAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTa > 1:7934742/1‑68 (MQ=255) ccAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTa < 1:28315135/68‑1 (MQ=255) ggcccagtctttcgactgagggggtcgttttatttgatgcctggggaattATTTCCGGGCAGTTTATg < 1:31585760‑M1/18‑1 (MQ=255) gcccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATg < 1:5355708‑M1/18‑1 (MQ=255) cccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggc < 1:4762594‑M1/20‑1 (MQ=255) cccagtctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATg > 1:23523020‑M1/49‑66 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATggcg > 1:33848598/1‑68 (MQ=255) gCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTACTGGCAGTTTATggcg > 1:29566934/1‑68 (MQ=255) tctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg < 1:29029973‑M1/25‑1 (MQ=255) tctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg < 1:15919749‑M1/25‑1 (MQ=255) tctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg < 1:19398814‑M1/25‑1 (MQ=255) tctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg < 1:4969660‑M1/25‑1 (MQ=255) ctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATggcgggcg < 1:12028330‑M1/25‑1 (MQ=255) ctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt > 1:21221565‑M1/43‑68 (MQ=255) ctttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTAGTGGCTGTTTATggcgggcg < 1:34903213‑M1/25‑1 (MQ=255) atttcgactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt > 1:6440850‑M1/43‑68 (MQ=255) gcgccGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt < 1:8471828/64‑1 (MQ=255) gCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGt < 1:5716360/67‑1 (MQ=255) tCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCt < 1:5182091/68‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattATTTAAAGGGAGTTTATGGCGCGCgtccgg < 1:21589877‑M1/30‑3 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:36384044‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:13413977‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:23244238‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc > 1:14145773‑M1/38‑68 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTACTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:20248639‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTACTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTg < 1:12672493‑M1/30‑1 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgccgggggaataAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc > 1:19952577‑M1/38‑68 (MQ=255) gactgagcctttcgttttatttgatgcatggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCctc < 1:11168800‑M1/30‑2 (MQ=255) cGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:10031257/68‑1 (MQ=255) actgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGc < 1:26774966‑M1/31‑1 (MQ=255) ctgagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTACTGGAAGTTTATGGCGGGCGTCCTgcca < 1:16484320‑M1/33‑2 (MQ=255) gagcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGc > 1:31171055‑M1/34‑68 (MQ=255) gcctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGcc < 1:30197914‑M1/36‑1 (MQ=255) cctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCa < 1:28723761‑M1/37‑1 (MQ=255) cctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCa < 1:22576845‑M1/37‑1 (MQ=255) ctttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCa > 1:14556173‑M1/30‑66 (MQ=255) tttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:15639843‑M1/29‑68 (MQ=255) tttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAccc > 1:36537984‑M1/29‑68 (MQ=255) gCTGTCAAACATGAGAATTCCGCTCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAc > 1:8949114/1‑66 (MQ=255) gCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCAAc > 1:27396047/1‑66 (MQ=255) gCTGTCAAACATGACAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGAGTCCTGCCCGCCAccc > 1:16755216/1‑68 (MQ=255) ttcgttttatttgatgcctggggaattATTTGCTGGCAGGTTATGGCGGGGGTCCTGCCGGCCACCCt > 1:24145200‑M1/28‑68 (MQ=255) ttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCt > 1:20818794‑M1/28‑68 (MQ=255) ttcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCt > 1:23815195‑M1/28‑68 (MQ=255) tcgttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCt < 1:19736741‑M1/41‑1 (MQ=255) tGTAAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCt < 1:27935017/67‑1 (MQ=255) ggTCAAACATGATAATTCCCAGCCCCATTACCTGCCATTTTTTGGCGGGCGCCCTGCCCGCCACCCt < 1:35635385/66‑1 (MQ=12) gttttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCg < 1:16182039‑M1/44‑1 (MQ=255) tttatttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCgg < 1:15121048‑M1/45‑1 (MQ=255) aaaCATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCggg < 1:29919644/68‑1 (MQ=255) tatttgttgcctgtgtaataAATTCCTGTCAGTTTATGTCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGcc > 1:3273563‑M1/21‑68 (MQ=255) aCATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGcc > 1:13094018/1‑68 (MQ=255) aCATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGcc < 1:26523120/68‑1 (MQ=255) tttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGt < 1:18153249‑M1/50‑1 (MQ=255) ttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt > 1:33278013‑M1/18‑68 (MQ=255) ttgatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt > 1:19062493‑M1/18‑68 (MQ=255) tGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGtt < 1:3773472/68‑1 (MQ=255) gatgcctgggtaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:31797346‑M1/16‑68 (MQ=255) gatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:25981929‑M1/16‑68 (MQ=255) gatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:9323092‑M1/16‑68 (MQ=255) gatgcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc > 1:22817022‑M1/16‑68 (MQ=255) gaATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc < 1:4097917/67‑1 (MQ=255) gaATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc < 1:18634377/67‑1 (MQ=255) gaATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc < 1:17365228/67‑1 (MQ=255) gaATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGc < 1:21909466/67‑1 (MQ=255) gcctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTc < 1:27035695‑M1/56‑1 (MQ=255) aTTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTc > 1:18381426/1‑68 (MQ=255) cctggggaattAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTc < 1:36087268‑M1/56‑1 (MQ=255) tCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt < 1:7132039/68‑1 (MQ=255) tCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt < 1:6719775/68‑1 (MQ=255) tCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt < 1:25226147/68‑1 (MQ=255) tCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGt < 1:27622785/68‑1 (MQ=255) aaTTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCaaa < 1:9656980/68‑1 (MQ=37) | ATCCAGCGCCACCATCCAGTGCAGGAGCTCCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCCGATCCCCAATTCCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAA > CP009273/360037‑360171 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |