| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1070341 = | NA (NA) | 6 (0.020) | 5/94 | NT | NA | noncoding (1/28 nt) | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP93 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | 1070369 = | NA (NA) | intergenic (+33/+7) | rutR/putA | rut operon transcriptional repressor for/fused DNA‑binding transcriptional regulator/proline dehydrogenase/pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 651 total aligned reads displayed.
TTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGC > CP009273/1070274‑1070407 | tttttCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATg < 1:23861864/68‑1 (MQ=255) cgctgagtgtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGc > 1:26630313‑M1/67‑68 (MQ=255) cgctgagtgtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGc > 1:8772791‑M1/67‑68 (MQ=255) cgctgagtgtgaataccgctgccgctgccttttacgccagcttaatgactatcggttaaacaggtaGc > 1:34743287‑M1/67‑68 (MQ=255) tttCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGcc < 1:11217534/68‑1 (MQ=255) tttCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGcc < 1:13745795/68‑1 (MQ=255) gctgagtgtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGcc > 1:33083620‑M1/66‑68 (MQ=255) gctgagtgtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGcc < 1:31597398‑M1/3‑1 (MQ=255) ttCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCg > 1:13907985/1‑68 (MQ=255) ctgagtgtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCg < 1:29808613‑M1/4‑1 (MQ=255) tgagtgtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCgg < 1:26883565‑M1/5‑1 (MQ=255) tcaatcaaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCgg < 1:33894493/68‑1 (MQ=255) tcaatcaaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCgg > 1:10075527/1‑68 (MQ=255) tgtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGc > 1:17062535‑M1/60‑61 (MQ=255) tcaaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCggagga > 1:7638467/1‑68 (MQ=255) gtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCggagg > 1:14206827‑M1/59‑66 (MQ=255) gtgaataccgctgccgctggcggtaacgccagcttaatgactataggttaaacaggtaGCCggagg > 1:36552834‑M1/59‑66 (MQ=255) caaACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGgaggag < 1:7230632/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:21458580/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:5976246/68‑1 (MQ=255) aaaCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGaggagg < 1:12037705/68‑1 (MQ=255) aCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGATGtt < 1:19180350/68‑1 (MQ=255) aCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGtt < 1:5555228/68‑1 (MQ=255) aCGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGtt < 1:30076753/68‑1 (MQ=255) tGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTaa < 1:9152933/67‑1 (MQ=255) aaaCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTGGTAACAtc < 1:22601858/68‑1 (MQ=255) aaCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAtcc < 1:36983500/68‑1 (MQ=255) aaCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAt > 1:35641417/1‑66 (MQ=255) aCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAtcc > 1:31205837/1‑67 (MQ=255) aCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAtcc > 1:27777540/1‑67 (MQ=255) aCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAtcc > 1:19525438/1‑67 (MQ=255) aCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAtcc > 1:19967954/1‑67 (MQ=255) aCGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAtcc > 1:8977016/1‑67 (MQ=255) gTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACAtcctcc < 1:16034942/68‑1 (MQ=255) gCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCgg < 1:28687302/68‑1 (MQ=255) gCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCgg < 1:32913096/68‑1 (MQ=255) ggATTATTATTGAGGGGATTCGCCCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTAcc > 1:6767368/1‑68 (MQ=255) ggATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGATGTTACAACCTCCTCCGGcatc < 1:952644/67‑4 (MQ=21) ggATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTa > 1:3507351/1‑66 (MQ=255) ggATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGGTGTAACATCCTCCGGcatc < 1:4057013/67‑4 (MQ=255) attattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCt < 1:32224176/67‑1 (MQ=255) attattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCt < 1:25402171/67‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:17845028/68‑1 (MQ=255) ttattattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGt < 1:27277940/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:10801930/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa < 1:2816953/68‑1 (MQ=255) tattGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTa > 1:20848607/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:26366436/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:5033178/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:28987770/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:20500766/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:7384965/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTaa > 1:17587832/1‑67 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:12757313/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:11661447/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:15849330/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:7874781/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:11426129/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:22979907/68‑1 (MQ=255) attGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAc < 1:16721622/68‑1 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:16593994/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:31323794/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:12953386/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:33720961/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:29247318/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:1249311/1‑68 (MQ=255) tGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCt > 1:2112280/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:30496423/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:15266839/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:4254637/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtata > 1:10334579/1‑68 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtat < 1:21932272/67‑1 (MQ=255) ggggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCtat < 1:217188/67‑1 (MQ=255) gggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAg > 1:19014319/1‑68 (MQ=255) ggATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAAACTATAg > 1:10593824/1‑67 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGGCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:18595579/67‑1 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:13446434/67‑1 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:35344494/67‑1 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:8259230/67‑1 (MQ=255) gATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGt < 1:25933081/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:24920049/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:4800410/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:3146334/67‑1 (MQ=255) aTTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTc < 1:32453155/67‑1 (MQ=255) ttCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTAACTGTTTAACCTATAGTCAt > 1:25241290/1‑68 (MQ=255) gACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTaa < 1:18276428/68‑1 (MQ=255) aCCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTaa > 1:6347978/1‑67 (MQ=255) ccACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTaa > 1:17462738/1‑66 (MQ=255) tAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCg < 1:34471263/67‑1 (MQ=255) acaggtaGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGt < 1:34089582‑M1/61‑1 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:30824388/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:37114353/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:14597541/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:36256253/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:24147383/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:15463456/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCAAAAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:24559853/1‑68 (MQ=255) gATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCACCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:29563911/1‑68 (MQ=255) aTGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTAcc > 1:16908691/1‑67 (MQ=255) tGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCg < 1:18704112/67‑1 (MQ=255) | TTTTTCAATCAAACGGTTGAAAACGTGCAGCGGATTATTATTGAGGGGATTCGACCACGTTAAAGATGCCGGAGGAGGTTGTAACATCCTCCGGCTACCTGTTTAACCTATAGTCATTAAGCTGGCGTTACCGC > CP009273/1070274‑1070407 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |